| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5594119 | 23 (0.470) | 6 (0.160) | 5/206 | NT | 20.0% | intergenic (‑66/+79) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| ? | NC_002947 | = 5594156 | 30 (0.780) | intergenic (‑103/+42) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase | |||||
TGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCT > NC_002947/5593973‑5594265 | tGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGCGCGGGCTTGCCCGCGAaca > 4:253472/1‑149 (MQ=255) aaaaCAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACAcc > 7:746/1‑149 (MQ=255) aaCAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCTCGAACACCgg < 5:210724/149‑1 (MQ=255) gAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGt < 3:123943/149‑1 (MQ=255) gCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGc < 1:170447/149‑1 (MQ=255) cGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATg > 7:217859/1‑149 (MQ=255) aaTGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTg > 6:190843/2‑128 (MQ=255) aaTGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTg < 5:190843/127‑1 (MQ=255) ggggATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTTCCCGCCAACACCGGCAAAGACGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcc < 8:280779‑M2/149‑5 (MQ=255) tgaTTGGATGGTCGGTAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcg > 6:119893‑M2/2‑143 (MQ=255) ggATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCTTACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcg > 6:214541‑M1/1‑108 (MQ=255) aTTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcggg < 2:158702‑M2/149‑9 (MQ=255) ttGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCTTACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgg < 5:214541‑M1/149‑45 (MQ=255) gATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaa > 1:158702‑M2/1‑137 (MQ=255) gATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaa > 8:217859‑M2/1‑137 (MQ=255) tGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcc > 8:746‑M2/1‑135 (MQ=255) tCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggcgttgccggtgttcgcgggcaagcccgc > 2:78043‑M1/1‑95 (MQ=255) tggctggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGAAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggt < 4:211009‑M2/148‑29 (MQ=255) gctggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCTAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAg < 4:235192/149‑1 (MQ=255) tggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgg < 3:18720‑M1/123‑45 (MQ=255) tggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgg > 4:18720‑M1/1‑79 (MQ=255) ggTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtat < 1:78043‑M1/149‑73 (MQ=255) atggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGtt > 2:181001/1‑147 (MQ=255) atggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGAATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGAAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTa < 2:55967/149‑1 (MQ=255) atggccatggccGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACCCC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCTAACACCGGCAACGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGttt < 3:253472/148‑1 (MQ=37) gCAGGAGTGATGTTAAGTGGAATACACC‑‑ACCCTGTCGGAGCGGGCTTGCCCGCCAAAACCCGCAAAGCCGGGGCCAAGCACCCCAGGGCTTCATTCGAGGCCAACCCCCCTCCCAAAGCGAAAAGATCAGCGGGTAAGAAATTGTGGt > 8:165268/1‑148 (MQ=255) aGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCAATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACa < 7:280779/149‑1 (MQ=255) aGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGCGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAgct > 7:215166/1‑149 (MQ=255) aaGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCtt > 2:210557/1‑149 (MQ=255) aTACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacc < 1:78043‑M2/149‑78 (MQ=255) 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ttGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCAt < 4:82742/149‑1 (MQ=255) cccGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagttctctcccgaccatccaat < 2:158702‑M1/149‑142 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGcc > 7:227692/1‑149 (MQ=255) cccGCGAACACCGGAAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCACACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGc < 3:211009/148‑1 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcaccca > 4:18720‑M2/1‑44 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcaccca < 3:18720‑M2/123‑80 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtaaggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagttctctcccgaccatccaa < 5:214541‑M2/149‑106 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCt > 1:39667/1‑149 (MQ=255) cgcgAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagttctctaccgaccatccaatca > 6:119893‑M1/1‑6 (MQ=255) ggaAgcaagcactgcggtgcatggcaccgtctttgccggtgttggcgggaaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagttctctcccgaccatccaatcccc < 8:280779‑M1/148‑146 (MQ=255) cgAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtaaggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagttctctcccgaccatccaatcc > 6:214541‑M2/1‑41 (MQ=255) gAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCt > 2:48788/1‑149 (MQ=255) gAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCt < 8:227692/149‑1 (MQ=255) | TGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACC‑‑ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCT > NC_002947/5593973‑5594265 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |