New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1047955 | 47 (0.960) | 3 (0.060) | 3/248 | NT | 6.1% | coding (423/3045 nt) | PP_0906 | RND family multidrug transporter |
? | NC_002947 | = 1047980 | 48 (1.040) | coding (398/3045 nt) | PP_0906 | RND family multidrug transporter |
CTGGTTGCCGAGGATCTCCGCCTCGGCCATGCCCGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTAAATGGAAATGATCGAGAAATTCTGCCGG > NC_002947/1047838‑1048126 | cTGGTTGCCGAGGATCTCCGCCTCGGCCATGCCCGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGcagctt < 3:69195‑M2/149‑7 (MQ=255) gTTGCCGAGGATCTCCGCCTCGGCCATGCCCGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTcc < 4:69195/148‑1 (MQ=255) cGAGGATCTCCGCCTCGGCCATGCCCGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCt > 8:205144/1‑148 (MQ=255) gAGGATCTCCGCCTCGGCCATGCCCGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCa < 2:139422/149‑1 (MQ=255) ggATCTCCGCCTCGGCCATGCCCGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGt < 7:205144/149‑1 (MQ=255) cGCCTCGGCCATGCCCGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGt > 8:223620/1‑149 (MQ=255) ccTCGGCCATGCCCGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCt > 2:63796/1‑149 (MQ=255) cTCGGCCATGCCCGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCtt > 5:225461/1‑149 (MQ=255) tCGGCCATGCCCGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCgggggttc > 8:201777/1‑144 (MQ=255) ggCCATGCCCGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTc < 2:203760/147‑1 (MQ=255) aTGCCCGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTc < 7:223620/149‑1 (MQ=255) cccGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTg < 1:20349/149‑1 (MQ=255) ccGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTgg > 7:188543/1‑149 (MQ=255) cGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTggg < 3:92940/149‑1 (MQ=255) ggCAGAGTGGCCAGCTTTGGCTGGATAACCCGTGACAGGTATTCGGTGATCTGCGTGTTGCTCATTTCCTTGCTTTAGAAGCTGACGTACCTCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTgggg < 3:76972/149‑1 (MQ=255) gCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTgggg > 2:231077/1‑148 (MQ=255) agagTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCg < 4:44184/127‑1 (MQ=255) agagTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCg > 3:44184/1‑127 (MQ=255) tGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTggg < 5:279253/141‑1 (MQ=255) tGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTggg > 6:279253/1‑141 (MQ=255) tGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCAcc > 5:20973/1‑149 (MQ=255) cTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCAt > 6:201484/1‑149 (MQ=255) aCCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGAGGGTTGCTCATTTACTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCAttgg‑cctt < 2:63992/149‑1 (MQ=255) tGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCca < 8:188543/149‑1 (MQ=255) aGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCGTGAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCcagc < 1:63796/148‑1 (MQ=255) tCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGt < 6:20973/149‑1 (MQ=255) tCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGt > 6:149147/1‑149 (MQ=255) tCGGTGAGCTGCGGGGTGGTCATTTCGTTGCTGTAGAAGGTGGCGTACATCAGCGCCGAGGCGTGGGCAGCGTCGTTGCTCAGTAGCGGGTCTTCG‑GAGTCGTGGGGTAGGTTGTTTCGGACGGCCTTGG‑CCTTGGCGAGCAGCTCGGt > 8:278475/1‑149 (MQ=255) ggTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGttt > 4:234693/1‑115 (MQ=255) ggTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGttt < 3:234693/115‑1 (MQ=255) gTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGaa > 1:294022/1‑149 (MQ=255) cGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAg < 5:149147/144‑1 (MQ=255) ggTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGAACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCg < 5:102209/149‑1 (MQ=255) gTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGc > 3:176202/1‑149 (MQ=255) tCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCcagc < 6:310452/122‑1 (MQ=255) tCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCg > 6:250629/1‑149 (MQ=255) aTTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGgc > 1:21664/1‑149 (MQ=255) aTTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGgc > 3:106845/1‑149 (MQ=255) tttCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGATGAACAGCCGGTCGCTGTCGgcg > 8:285577/1‑149 (MQ=255) tCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGgcgc < 4:176202/148‑1 (MQ=255) tGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTTG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATg > 4:246431/1‑149 (MQ=255) tGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGcagcttctacagcaaggaaatgagcaacccgcagatcaccgactacctgtcacgggttatccagcccaagctggccactctgccgggcatggccgaggcggagatcctcggc < 5:83661‑M2/148‑113 (MQ=255) gTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGcagcttctacagcaaggaaatgagcaacccgcagatcaccgactacct < 4:249593‑M2/83‑49 (MQ=255) gTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGcagcttctacagcaaggaaatgagcaacccgcagatcaccgactacct > 3:249593‑M2/1‑35 (MQ=255) gTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATgcgcg > 4:231213/1‑149 (MQ=255) gAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGGCCCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATgcgcgc < 1:231077/148‑1 (MQ=255) aGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTaa < 2:21664/149‑1 (MQ=255) cTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTAAAt < 3:231213/149‑1 (MQ=255) tGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACACCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTAAATg > 4:239718/1‑149 (MQ=255) gTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTAAATGGaaa < 6:225461/149‑1 (MQ=255) tCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTAAATGGAAATGATc < 5:201484/149‑1 (MQ=255) ccGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTAAATGGAAATGATCGAGaaa < 2:294022/149‑1 (MQ=255) ggCGTCGGCTGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTAAATGGAAATGATCGAGAAATTCt < 2:219994/149‑1 (MQ=255) gTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTAAATGGAAATGATCGAGAAATTCTGcc > 2:39518/1‑149 (MQ=255) gTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTAAATGGAAATGATCGAGAAATTCTGcc < 1:39518/149‑1 (MQ=255) tCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTAAATGGAAATGATCGAGAAATTCTGc > 6:215934/1‑147 (MQ=255) tCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTAAATGGAAATGATCGAGAAATTCTGc < 5:215934/147‑1 (MQ=255) ggCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTAAATGGAAATGATCGAGAAATTCTGCCgg < 3:246431/148‑1 (MQ=255) ggCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTAAATGGAAATGATCGAGAAATTCTGCCgg < 4:106845/148‑1 (MQ=255) | CTGGTTGCCGAGGATCTCCGCCTCGGCCATGCCCGGCAGAGTGGCCAGCTTGGGCTGGATAACCCGTGACAGGTAGTCGGTGATCTGCGGGTTGCTCATTTCCTTGCTGTAGAAGCTGACGTACATCAGCGCCGAGGCGTCGGCAGCTTCCTTGCTCAGTACCGGGTCTTCG‑GAGTCCTGGGGTAGCTTGTTTCGCACCTCATTGG‑CCTTGGCCAGCAGCTCGGTGAACAGCCGGTCGCTGTCGGCGCCAATGCGCGCGTAAATGGAAATGATCGAGAAATTCTGCCGG > NC_002947/1047838‑1048126 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |