New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1710487 | 41 (0.840) | 3 (0.060) | 3/252 | NT | 6.9% | coding (1106/2628 nt) | ppc | phosphoenolpyruvate carboxylase |
? | NC_002947 | = 1710525 | 41 (0.870) | coding (1144/2628 nt) | ppc | phosphoenolpyruvate carboxylase |
CAGCAACCAACCGGCCGGTGCCGACGTGCTGGTGGACAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGACTGGGATGAGGAGCAGCGCATCGCGTTCCTCCAGGCCGAGCT > NC_002947/1710377‑1710670 | cAGCAACCAACCGGCCGGTGCCGACGTGCTGGTGGACAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCt > 2:153181/1‑149 (MQ=255) aGCAACCAACCGGACGGTGACGACGTGCTGGTGGACAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTt < 2:192936‑M2/149‑2 (MQ=255) accGGCCGGTGCCGACGTGCTGGTGGACAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCGGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTtcggc < 5:264615‑M2/145‑6 (MQ=255) accGGCCGGTGCCGACGTGCTGGTGGACAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTtcggc > 6:264615‑M2/1‑140 (MQ=255) cggccggTGCCGACGTGCTGGTGGACAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTtcggc > 7:13797‑M2/1‑138 (MQ=255) cggccggTGCCGACGTGCTGGTGGACAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTtcggc < 8:13797‑M2/143‑6 (MQ=255) cggTGCCGACGTGCTGGTGGACAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTgg < 5:236888/149‑1 (MQ=255) ccGACGTGCTGGTGGACAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGgccg < 1:192936/148‑1 (MQ=255) cGACGTGCTGGTGGACAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGgccgcc > 3:212022/1‑149 (MQ=255) ggACAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGc > 4:143309/1‑148 (MQ=255) gACATCCGCGAGCTGATCGGGCCTCTGGCGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGGTATCGCCGATGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGTT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCa < 6:190427/149‑1 (MQ=255) gACAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGc > 8:185045/1‑147 (MQ=255) gACAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCa < 3:143309/149‑1 (MQ=255) aCAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAg < 5:138986/149‑1 (MQ=255) ccGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACg > 5:302072/1‑149 (MQ=255) tCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCAc > 7:187309/1‑149 (MQ=255) gccgcTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTg < 3:14423/149‑1 (MQ=255) gAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATgcgc < 4:212022/148‑1 (MQ=255) gAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATgcgc < 7:185045/148‑1 (MQ=255) gAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATgcg < 4:250155/147‑1 (MQ=255) cTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGAc > 2:58961/1‑149 (MQ=255) tgtgCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTGGACTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGa > 1:91459/1‑149 (MQ=255) cTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCgaga < 6:302072/149‑1 (MQ=255) cAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAAc > 5:198354/1‑149 (MQ=255) aGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAAcc < 1:58961/149‑1 (MQ=255) aCTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGAt > 4:112782/1‑148 (MQ=255) cACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTAcct < 6:198354/149‑1 (MQ=255) cACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTAcct > 7:48665/1‑149 (MQ=255) aCGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTAcctg > 3:120283/1‑149 (MQ=255) aCGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTAcctg < 3:112782/149‑1 (MQ=255) tGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGAt < 5:198226/131‑1 (MQ=255) tGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGAt > 6:198226/1‑131 (MQ=255) tATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGc > 7:211804/1‑149 (MQ=255) cGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACg < 1:153181/149‑1 (MQ=255) gATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTtcggcgatcacgcccataccgcattcgtgcagtgactggtagcacagctccagcggcgcgatcagctcgcggttgtccaccagcacgtcggcaccggccggt < 2:275937‑M2/149‑103 (MQ=255) gCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGACTg > 7:91877/1‑149 (MQ=255) ccGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTtcggcgatcacgcccataccgcattcgtgcagtgactggtagcacagctccagcggcgcgatcagctcgcggttgtccaccagcacgtcggcaccggccggttggtt < 5:31114‑M2/149‑108 (MQ=255) cGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGTTGACCTtcggcgatcacgcccataccgcattcgtgcagtgactggtagcacagctccagcggcgcgatcagctcgcggttgtccaccagcacgtcggcaccggccggttggtt < 1:205420‑M2/149‑108 (MQ=255) cGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGACTgg > 7:19628/1‑148 (MQ=255) gAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGACTgg < 7:96805/147‑1 (MQ=255) gAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGACTgg > 8:96805/1‑147 (MQ=255) aGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGACTGGGAt < 4:120283/149‑1 (MQ=255) gggCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGACTGGGATga > 7:192910/1‑149 (MQ=255) ggCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGACTGGGATgag < 8:91877/149‑1 (MQ=255) aCTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGACTGGGATGAGGAGCAGCGCATc > 8:285796/1‑149 (MQ=255) gCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGACTGGGATGAGGAGCAGCGCATCGCGTtc < 2:91459/148‑1 (MQ=255) gtcgtGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGACTGGGATGAGGAGCAGCGCATCGCGTtcctc < 8:19628/149‑1 (MQ=255) tcgtGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGACTGGGATGAGGAGCAGCGCATCGCGTtcctcc < 7:285796/149‑1 (MQ=255) gtGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGAc > 2:156297/1‑116 (MQ=255) gtGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGAc < 1:156297/116‑1 (MQ=255) aCCTtcggcgatcacgcccataccgcattcgtgcagtgactggtagcacagctccagcggcgcgatcagctcgcggttgtccaccagcacgtcggcaccggccggttggttgctggtcaaggccgaatgcgcccatgcgcgtgtcgcac > 1:275937‑M2/1‑4 (MQ=255) | CAGCAACCAACCGGCCGGTGCCGACGTGCTGGTGGACAACCGCGAGCTGATCGCGCCGCTGGAGCTGTGCTACCAGTCACTGCACGAATGCGGTATGGGCGTGATCGCCGAGGGGCCGCTGCTCGACTG‑‑CTTGCGTCGTGCGGT‑GACCTTCGGCCTGTTCCTGGGCCGCCTGGACGTACGCCAGGACGCTGCCCGCCACCGTGATGCGCTGACCGAGATAACCGATTACCTGGGCCTGGGGCGTTACGCCGACTGGGATGAGGAGCAGCGCATCGCGTTCCTCCAGGCCGAGCT > NC_002947/1710377‑1710670 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |