New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2794656 | 53 (1.080) | 3 (0.060) | 3/256 | NT | 5.5% | coding (499/735 nt) | PP_2447 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 2794690 | 52 (1.090) | coding (533/735 nt) | PP_2447 | hypothetical protein |
AAGCAACTGGACGCGCTGCTGACCCAGGTGGCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGATCGCCAGCGGTGGTTGCATGCT > NC_002947/2794542‑2794823 | aaGCAACTGGACGCGCTGCTGACCCAGGTGGCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCggg > 8:50791/1‑149 (MQ=255) aGCAACTGGACGCGCTGCTGACCCAGGTGGCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGc > 1:123294‑M2/1‑148 (MQ=255) aCTGGACGCGCTGCTGACCCAGGTGGCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATg > 5:236828/1‑148 (MQ=255) ggACGCGCTGCTGACCCAGGTGGCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCAcc > 5:139242/1‑149 (MQ=255) gctgctGACCCAGGTGGCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACcggcgg > 3:258814/1‑148 (MQ=255) gctgACCCAGGTGGCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAgg > 8:47384/1‑149 (MQ=255) aCCCAGGTGGCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCggcggc > 8:177595/1‑142 (MQ=255) aCCCAGGTGGCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCggcggc < 7:177595/142‑1 (MQ=255) ccAGGTGGCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATgg > 6:273450/1‑149 (MQ=255) cAGGTGGCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGc < 7:50791/149‑1 (MQ=255) gTGGCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCAtt < 6:139242/149‑1 (MQ=255) cgCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCAt < 8:226248/145‑1 (MQ=255) cgCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCAt > 7:226248/2‑146 (MQ=255) cAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGAt < 4:258814/149‑1 (MQ=255) gCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGAGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATg > 7:186843/1‑148 (MQ=255) cAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTg > 2:58139/1‑149 (MQ=255) gTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCTTGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGc < 1:58139/149‑1 (MQ=255) tgctgcGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATgg < 5:273450/149‑1 (MQ=255) ctgcGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGga < 8:85123/149‑1 (MQ=255) ttACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATg > 3:13904/1‑115 (MQ=255) ttACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATg < 4:13904/115‑1 (MQ=255) ttACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAg > 1:186483/1‑148 (MQ=255) ttACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAg > 8:81677/1‑148 (MQ=255) ttACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGc > 8:223316/1‑149 (MQ=255) aCGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAg > 6:261182/1‑149 (MQ=255) cGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAgg < 2:186483/149‑1 (MQ=255) gAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAggg > 2:274296/1‑149 (MQ=255) aGGACGGTTGGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGTCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAgggg < 2:296497/149‑1 (MQ=255) ttCGGCCTGGTGGAGCGTGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCCTGGGAGAAGCAGGGGAGTTggg < 7:47384/149‑1 (MQ=255) cGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGc < 6:236828/148‑1 (MQ=255) cTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGc < 3:137663/149‑1 (MQ=255) gtggAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTgg < 7:81677/149‑1 (MQ=255) gtggAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGAGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCt < 8:186843/147‑1 (MQ=255) cgagcCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGc > 6:165112/1‑149 (MQ=255) gcTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCgg < 7:120752/149‑1 (MQ=255) tgtTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCg < 7:223316/149‑1 (MQ=255) ttGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCgg < 5:165112/148‑1 (MQ=255) gCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGcatagcccatcaacaccgcatagcgcggctcgctccaccaggccgaaccgtcctcgtaacgcagcagcaccgggttgcccgctgccacctgggtcagcagcgcgtccag < 2:6756‑M2/149‑110 (MQ=255) gCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGtt > 8:123891/1‑149 (MQ=255) gCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGAATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGtt > 8:274383/1‑149 (MQ=255) tGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGATc > 1:2885/1‑149 (MQ=255) gACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGAt < 1:19733/147‑1 (MQ=255) gACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGAt > 2:19733/1‑147 (MQ=255) gACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGATCg > 4:224456/1‑149 (MQ=255) ccGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGcatagcccatcaacaccgcatagcgcggctcgctccaccaggccgaaccgacctcgtaacgcagcagcaccgggttg > 3:279462‑M2/1‑33 (MQ=255) ccGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGcatagcccatcaacaccgcatagcgcggctcgctccaccaggccgaaccgacctcgtaacgcagcagcaccgggttg < 4:279462‑M2/110‑78 (MQ=255) ccGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGATc < 7:113151/146‑1 (MQ=255) ccGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGATc > 8:113151/1‑146 (MQ=255) gTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGATCGCCAg > 2:22016/1‑149 (MQ=255) cAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCg > 5:232723/1‑97 (MQ=255) cAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCg < 6:232723/97‑1 (MQ=255) aaGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGATCGCCAGCggtg < 2:2885/149‑1 (MQ=255) aaGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGATCGCCAGCggtg > 7:256903/1‑149 (MQ=255) aaGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGATCGCCAGCggtg > 6:49776/1‑149 (MQ=255) gcagcGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGATCGCCAGCgg > 8:22611/1‑145 (MQ=255) gcagcGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGATCGCCAGCgg < 7:22611/145‑1 (MQ=255) gcGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGATCGCCAGCGGTGGTTGc < 8:256903/149‑1 (MQ=255) tgctgctgcGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGATCGCCAGCGGTGGTTGCAtgct < 3:224456/149‑1 (MQ=255) cTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGtt > 7:77604/1‑115 (MQ=255) | AAGCAACTGGACGCGCTGCTGACCCAGGTGGCAGCGGGCAACCCGGTGCTGCTGCGTTACGAGGACGGTTCGGCCTGGTGGAGCGAGCCGCGCTATGCGGTGTTGATGGGCTATGACCGTTACAAGCAGCGGGTGCTGCTGCGCTCGGGCATGCACCGGCGGCAGGTGATGGCATTCGATGAATTTGCATCGGCATGGGAGAAGCAGGGGAGTTGGGCGGTGCTGGTGCAGCCACCGCGGCAACTGCCGGCCCAGGTTGATCGCCAGCGGTGGTTGCATGCT > NC_002947/2794542‑2794823 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |