New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3479266 | 45 (0.920) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 6.3% | coding (1953/2496 nt) | PP_3090 | OmpA domain‑containing protein |
? | NC_002947 | = 3479310 | 47 (1.010) | coding (1909/2496 nt) | PP_3090 | OmpA domain‑containing protein |
GGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGGCGCGGTTGTCATGGGGCAGCG > NC_002947/3479163‑3479456 | ggAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATg < 7:175012‑M2/149‑2 (MQ=255) aGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATggcc > 8:4668‑M2/1‑145 (MQ=255) gTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCggg > 1:149187/1‑148 (MQ=255) gTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTAc < 7:206123/148‑1 (MQ=255) gAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCag > 8:11009/1‑148 (MQ=255) cgcgGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCgg < 6:294168/149‑1 (MQ=255) cgcgGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCgg < 7:267445/149‑1 (MQ=255) cgcgGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCg < 8:175012/148‑1 (MQ=255) tCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCATGATTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTATTCCGGCAGGTgcgc > 7:194059/1‑149 (MQ=255) ggCTCTCGGTTCTGGTTTCTTTAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGTGGTCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCt < 8:194059/148‑1 (MQ=255) tCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCtt > 2:63055/1‑146 (MQ=255) tCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTga > 2:35191/1‑148 (MQ=255) cGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGaaa > 6:155276/1‑149 (MQ=255) ggATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAAc < 1:63055/149‑1 (MQ=255) ataGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCAt > 8:69752/1‑149 (MQ=255) taGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCa < 7:238551/147‑1 (MQ=255) aCGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTcg > 7:1824/1‑149 (MQ=255) tGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCgcgc < 2:46261/149‑1 (MQ=255) tGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGcc > 4:246013/1‑149 (MQ=255) ggcggcTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGccc > 6:219051/1‑149 (MQ=255) gcggcTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGccc < 8:1824/148‑1 (MQ=255) gcggcTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCg < 2:158390/149‑1 (MQ=255) ggcTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGga < 5:219051/149‑1 (MQ=255) cATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGc < 3:246013/149‑1 (MQ=255) cATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGc < 7:69752/149‑1 (MQ=255) cATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGACGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAg > 1:189587/1‑148 (MQ=255) aGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCAc < 2:149187/149‑1 (MQ=255) aGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCAc > 5:136753/1‑149 (MQ=255) gTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTaa < 1:35191/148‑1 (MQ=255) tCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGt < 5:124303/145‑1 (MQ=255) tCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGt > 6:124303/1‑145 (MQ=255) tCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAgt < 7:11009/149‑1 (MQ=255) tCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAgt > 2:134917/1‑149 (MQ=255) cTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAg < 2:123958/135‑1 (MQ=255) cTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAg > 1:123958/1‑135 (MQ=255) gTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTc > 8:110835/1‑147 (MQ=255) tGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAgg > 4:154181/1‑149 (MQ=255) cACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATggccggtggcaaccaggactacctgtatgccagccgccagatcacgttctatagcgaccagatccgtgatccagatgtaccgcgcatcctcgacaac < 8:152551‑M2/149‑98 (MQ=255) tggccgccGCTGGCAGC‑GAGGCCATGCACTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTATTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGCGTCGGCATGCTCGCGCTGGACCGGAGAAAGCATCACGTAAGTCTCCACGgccgc > 8:106121/8‑148 (MQ=255) ggCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCt > 3:218217/1‑149 (MQ=255) gCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCtt > 8:20532/1‑149 (MQ=255) ccTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATggccggtggcaaccaggactacctgtatgccagccgccagatcacgttctatagcgaccagatccgtga > 4:271370‑M2/1‑46 (MQ=255) ccTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATggccggtggcaaccaggactacctgtatgccagccgccagatcacgttctatagcgaccagatccgtga < 3:271370‑M2/115‑70 (MQ=255) cTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTc < 1:134917/149‑1 (MQ=255) gCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTcc < 3:154181/147‑1 (MQ=255) cAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTg > 2:82802/1‑149 (MQ=255) cAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGACCGCCTTTCCGAAATTg < 7:110835/149‑1 (MQ=255) gCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTggg > 6:271933/1‑149 (MQ=255) ctTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGgcgc > 3:121706/1‑149 (MQ=255) gCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGGCGCgg < 7:20532/148‑1 (MQ=255) cGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAAAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGGCGCGGTTg > 1:76503/1‑149 (MQ=255) ggTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGGCGCGGTTGt < 6:136753/149‑1 (MQ=255) gcgggcgATGTCCGGGGACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCTGGTCGTCATGCTCGCGCTGGCCCTGAGAATGGATCACGTAAGTGTCCAGTGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGGCGCGGTTGTCATgg < 7:106121/148‑1 (MQ=255) gcgggcgATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGGCGCGGTTGTCATg < 5:271933/147‑1 (MQ=255) gATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGGATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGGCGCGGTTGTCATGGGGCAgc < 4:284832/148‑1 (MQ=255) gATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGGCGCGGTTGTCATGGGGCAgcg > 3:284956/1‑149 (MQ=255) gATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGGCGCGGTTGTCATGGGGCAgc > 3:284832/1‑148 (MQ=255) | GGAAGGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGGCGCGGTTGTCATGGGGCAGCG > NC_002947/3479163‑3479456 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |