New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4570328 = | 59 (1.210) | 4 (0.090) | 4/248 | NT | 7.6% | coding (192/2775 nt) | treY | maltooligosyl trehalose synthase |
? | NC_002947 | 4570366 = | 42 (0.910) | coding (230/2775 nt) | treY | maltooligosyl trehalose synthase |
TCGCCCAGCTGGGCATCAGCCACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGTTCTTCGACATCCAGTGGCACTCCA > NC_002947/4570219‑4570512 | tCGCCCAGCTGGGCATCAGCCACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTg > 1:292724/1‑149 (MQ=255) cccAGCTGGGCATCAGCCACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTgcgc > 7:29142/1‑149 (MQ=255) gccgtccccaggccagcaggctttgccaccaggggttgtcggcaccgcctacggccatgtggttggacaccgtgtcgaggatcagccccatgccatgctggcgcaGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCt < 4:199827‑M1/39‑1 (MQ=255) gccgtccccaggccagcaggctttgccaccaggggttgtcggcaccgcctacggccatgtggttggacaccgtgtcgaggatcagccccatgccatgctggcgcaGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCt > 3:199827‑M1/106‑144 (MQ=255) gCTGGGCATCAGCCACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAgc < 5:163202/149‑1 (MQ=255) ggCATCAGCCACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAgcatg < 4:39326/148‑1 (MQ=255) ggCATCAGCCACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAgcat < 4:57438/147‑1 (MQ=255) cATCAGCCACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAgcatggca < 6:1124/149‑1 (MQ=255) aTCAGCCACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAgcatggcat > 4:75683/1‑149 (MQ=255) tCAGCCACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAgcatggcatg > 5:146602/1‑149 (MQ=255) gCCACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATgggg > 1:59465/1‑149 (MQ=255) ccACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGc > 6:130457/1‑149 (MQ=255) cACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCACCCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCt > 4:182384/1‑149 (MQ=255) ccTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGa < 6:141195/149‑1 (MQ=255) cTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGAt < 4:46667/149‑1 (MQ=255) tGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTc < 2:292724/148‑1 (MQ=255) cTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGaca > 4:147363/1‑149 (MQ=255) gCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAgcat < 4:3954/124‑1 (MQ=255) gCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACgg < 3:75683/149‑1 (MQ=255) gCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACg < 3:209272/148‑1 (MQ=255) cccATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGgt > 3:101686/1‑149 (MQ=255) ccTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTCGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAgc > 3:287528/1‑116 (MQ=255) tCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAAc > 6:117808/1‑149 (MQ=255) tCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAAc > 5:201167/1‑149 (MQ=255) tCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAAc > 7:258957/1‑149 (MQ=255) aaGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTTCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGAGACTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACca > 2:279649/1‑149 (MQ=255) ggCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACcaca > 1:259171/1‑149 (MQ=255) gCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACAt > 5:252937/1‑149 (MQ=255) gggCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAg > 3:29337/1‑149 (MQ=255) gCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGccagcagg > 5:15927/1‑143 (MQ=255) cTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCg < 5:130457/149‑1 (MQ=255) gcgcCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGt < 6:146602/148‑1 (MQ=255) cgcCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGc < 4:101686/149‑1 (MQ=255) tACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAAccc > 8:167061/1‑149 (MQ=255) gacgTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCtg < 8:29142/149‑1 (MQ=255) gTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGc > 6:223692/1‑148 (MQ=255) gTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGc < 5:30715/148‑1 (MQ=255) gATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAg < 4:29337/149‑1 (MQ=255) aTCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGc < 5:117808/149‑1 (MQ=255) ccTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCct > 5:103946/1‑149 (MQ=255) aaCCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCTGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTgggg < 5:223692/149‑1 (MQ=255) aCCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGa > 4:212616/1‑149 (MQ=255) cGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACgg > 1:113593/1‑149 (MQ=255) agggcggcaaccaggcgctccagcgcggcctcgccgcccTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGgc < 4:199827‑M2/105‑1 (MQ=255) agggcggcaaccaggcgctccagcgcggcctcgccgcccTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGgc > 3:199827‑M2/40‑144 (MQ=255) gggcggcaaccaggcgctccagcgcggcctcgccgcccTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTc > 2:237056‑M2/39‑149 (MQ=255) GGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTcc > 4:40815‑M1/1‑149 (MQ=255) GGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCGGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTa > 8:258957‑M1/1‑149 (MQ=255) GCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTAt > 6:252937‑M1/1‑149 (MQ=255) accaggcgctccagcgcggcctcgccgcccTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCa < 1:237056‑M2/119‑1 (MQ=255) gAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGttcttc < 3:147363/147‑1 (MQ=255) gcgcCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGTTCTTCGACa > 5:129394/1‑149 (MQ=255) gcgcCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGTTCTTCGACa > 3:216313/1‑149 (MQ=255) gTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGTTCTTCGACATCCAg < 4:216313/147‑1 (MQ=255) gTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGTTCTTCGACATCCAGt < 3:182384/148‑1 (MQ=255) cgcccTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGTTCTTCGACATCCAGTGGCACt > 7:31242‑M2/6‑149 (MQ=255) cccTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGTTCTTCGACATCCAGTGGCACTc > 5:255674‑M2/4‑148 (MQ=255) ccTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGTTCTTCGACATCCAGTGGCACTCCa < 1:279649‑M2/147‑1 (MQ=255) | TCGCCCAGCTGGGCATCAGCCACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATCCTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGTTCTTCGACATCCAGTGGCACTCCA > NC_002947/4570219‑4570512 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |