New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4738009 | 44 (0.900) | 7 (0.150) | 6/248 | NT | 14.8% | coding (361/1773 nt) | sdhA | succinate dehydrogenase flavoprotein subunit |
? | NC_002947 | = 4738033 | 39 (0.840) | coding (337/1773 nt) | sdhA | succinate dehydrogenase flavoprotein subunit |
CCTGGTACAGGGTGTGCAGCAGCGCGTGACCGGTACGGTCGGAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTC > NC_002947/4737907‑4738181 | ccTGGTACAGGGTGTGCAGCAGCGCGTGACCGGTACGGTCGGAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACAGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGa > 6:230312/1‑149 (MQ=255) ggTGTGCAGCAGCGCGTGACCGGTACGGTCGGAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGt < 3:175562/149‑1 (MQ=255) gtgtGCAGCAGCGCGTGACCGGTACGGTCGGAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTc > 7:273475/1‑149 (MQ=255) tgtgCAGCAGCGCGTGACCGGTACGGTCGGAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTcc < 2:220022/149‑1 (MQ=255) gtgCAGCAGCGCGTGACCGGTACGGTCGGAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTc > 1:139432/1‑147 (MQ=255) tgCAGCAGCGCGTGACCGGTACGGTCGGAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAg > 3:98007/1‑149 (MQ=255) agcagcGCGTGACCGGTACGGTCGGAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTgc > 1:6217/1‑118 (MQ=255) agcagcGCGTGACCGGTACGGTCGGAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTgc < 2:6217/118‑1 (MQ=255) gcgTGACCGGTACGGTCGGAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGAc < 2:300156/149‑1 (MQ=255) aCCGGTACGGTCGGAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCTGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAg < 5:111635/149‑1 (MQ=255) aCCGGTACGGTCGGAAGCGGCACAGGAACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAg < 1:206931/149‑1 (MQ=255) gTACGGTCGGAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCAAAGTACTTGGACTGACCAACGAACGGGCGCTGATAGAAGCGGCCGGTTTAGGTGCGCGAGAACGGCAGCCCCATGTTGTACAGTTAGAAGCCCGCCGCCgg > 1:221713/1‑149 (MQ=255) gAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCt > 6:183707/1‑148 (MQ=255) gAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCt > 4:209788/1‑148 (MQ=255) aaGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGa < 3:209788/149‑1 (MQ=255) aaGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGa < 5:183707/149‑1 (MQ=255) cacaGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATg < 7:181661/149‑1 (MQ=255) gTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTc > 5:50955/1‑149 (MQ=255) gTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTc > 2:172619/1‑149 (MQ=255) gTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTc > 3:258931/1‑149 (MQ=255) cGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGtt > 6:42175/1‑109 (MQ=255) cGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGtt < 5:42175/109‑1 (MQ=255) cGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGa < 7:224116/148‑1 (MQ=255) ggcggcCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAg < 8:273475/149‑1 (MQ=255) cTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTc < 5:102335/145‑1 (MQ=255) cTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTc > 6:102335/1‑145 (MQ=255) tACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGTTAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGa < 4:205224/147‑1 (MQ=255) aCCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATg < 8:130043/148‑1 (MQ=255) aaGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTc < 6:50955/149‑1 (MQ=255) aGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCg < 4:98007/149‑1 (MQ=255) aGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCg < 5:230312/149‑1 (MQ=255) ttGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAAcc > 7:267851/1‑149 (MQ=255) tGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGac > 8:205107/1‑105 (MQ=255) tGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGac < 7:205107/105‑1 (MQ=255) aCTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGCTGCGGCCGGTttcggtggtcagtccaaggacttcggtaaaggtggccaggccgcccgtacctgtgccgcttccgaccgtaccggtcacgcgctgctgcacaccctgtaccagggcaacctg < 6:252773‑M2/148‑112 (MQ=255) gACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTttcggtggtcagtccaaggacttcggtaaaggtggccaggccgcccgtacctgtgccgcttccgaccgtaccggtcacgcgctgctgcacaccctgtaccagggcaacctgaagg < 2:165407‑M2/149‑116 (MQ=255) gACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCATGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCAc < 8:158716/126‑1 (MQ=255) gACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCATGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCAc > 7:158716/1‑126 (MQ=255) accaccGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTTCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGAc < 4:258931/147‑1 (MQ=255) accaccGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACgg > 6:52802/1‑149 (MQ=255) caccGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTttcggtggtcagtccaaggacttcggtaaaggtggccaggccgcccgtacctgtgccgcttccgaccgtaccggtcacgcgctgctgcacaccctgtaccagggcaacctgaaggcgg < 5:61066‑M2/149‑119 (MQ=255) accGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTttcggtggtcagtccaaggacttcggtaaaggtggccaggccgcccgtacctgtgccgcttccgaccgtaccggtcacgcgctgctgcacaccctgtaccagggcaacctgaaggcggg < 5:251789‑M2/149‑120 (MQ=255) accGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCG‑tcggtggtcagtccaaggacttcggtaaaggtggccaggccgcccgtacctgtgccgcttccgaccgtaccggtcacgcgctgctgcacaccctgtaccagggcaacccgaaggcgggca < 5:127021‑M2/149‑121 (MQ=255) cGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACa < 2:221713/149‑1 (MQ=255) gggCGCTGATAGATGCGGCCGGTttcggtggtcagtccaaggacttcggtaaaggtggccaggccgcccgtacctgtgccgcttccgaccgtaccggtcacgcgctgctgcacaccctgtaccagggcaacctgaaggcgggcaccacg > 6:61066‑M2/1‑23 (MQ=255) tGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGc > 4:135432/1‑147 (MQ=255) gATGCGGCCGGTttcggtggtcagtccaaggacttcggtaaaggtggccaggccgcccgtacctgtgccgcttccgaccgtaccggtcacgcgctgctgcacaccctgtaccagggcaacctgaaggcgggcaccacgttcctcaacg > 1:165407‑M2/1‑12 (MQ=255) gCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAgtcgt < 3:135432/149‑1 (MQ=255) cGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGtcgtcg > 5:148810/1‑149 (MQ=255) tttCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGTTGTAGTCGGAACCCTTGACGATATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTc > 1:251537/1‑149 (MQ=255) tttCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTc < 2:139432/149‑1 (MQ=255) | CCTGGTACAGGGTGTGCAGCAGCGCGTGACCGGTACGGTCGGAAGCGGCACAGGTACGGGCGGCCTGGCCACCTTTACCGAAGTCCTTGGACTGACCACCGAACGGGCGCTGATAGATGCGGCCGGTTTCGGTGCGCGAGAACGGCAGACCCATGTGGTCCAGTTCGAAGACCGCAGCCGGGCCTTCCTGACACATGTATTCGATAGCGTCCTGGTCACCGATGTAGTCGGAACCCTTGACGGTATCGTACATGTGCCAGCGCCAGTCGTCGTTC > NC_002947/4737907‑4738181 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |