Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,796,069 | G→A | 7.4% | A125V (GCA→GTA) | pvdH ← | diaminobutyrate‑2‑oxoglutarate transaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,796,069 | 0 | G | A | 7.4% | 158.8 / 2.6 | 54 | A125V (GCA→GTA) | pvdH | diaminobutyrate‑2‑oxoglutarate transaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/28); new base A (2/2); total (24/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 |
CGAGCAAGGCCCCCAGTGGCTGCTTCGGCCCATGGCTGCCCATCAGGTTCAGCGCGCCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCGGGGTGGTCAGGTCCAAGGTGTGCAGCGGCAACTCGTCAGCCAGCACC > NC_002947/4795923‑4796215 | cGAGCAAGGCCCCCAGTGGCTGCTTCGGCCCATGGCTGCCCATCAGGTTCAGCGCGCCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCa < 2:182455/149‑1 (MQ=255) cGAGCAAGGCCCCCAGTGGCTGCTTCGGCCCATGGCTGCCCATCAGGTTCAGCGCGCCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCa > 5:303318/1‑149 (MQ=255) cGAGCAAGGCCCCCAGTGGCTGCTTCGGCCCATGGCTGCCCATCAGGTTCAGCGCGCCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCa > 5:214543/1‑149 (MQ=255) gAGCAAGGCCCCCAGTGGCTGCTTCGGCCCATGGCTGCCCATCAGGTTCAGCGCGCCTTGGCTCATGCCATGGTCGGCGCCCGGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCAt < 8:195372/149‑1 (MQ=255) gAGCAAGGCCCCCAGTGGCTGCTTCGGCCCATGGCTGCCCATCAGGTTCAGCGCGCCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCAt < 6:214543/149‑1 (MQ=255) cAAGGCCCCCAGTGGCTGCTTCGGCCCATGGCTGCCCATCAGGTTCAGCGCGCCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAg > 7:130864/1‑149 (MQ=255) tGGCTGCTTCGGCCCATGGCTGCCCATCAGGTTCAGCGCGCCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGc < 6:270612/149‑1 (MQ=255) tGGCTGCTTCGGCCCATGGCTGCCCATCAGGTTCAGCGCGCCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGc < 6:107961/149‑1 (MQ=255) ttCGGCCCATGGCTGCCCATCAGGTTCAGCGCGCCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGaa > 2:44722/1‑149 (MQ=255) gCCCATGGCTGCCCATCAGGTTCAGCGCGCCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTg > 6:28161/1‑148 (MQ=255) cccATGGCTGCCCATCAGGTTCAGCGCGCCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCa > 6:30058/1‑149 (MQ=255) aTCAGGTTCAGCGCGCCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGAACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTcgcg > 4:267794/1‑149 (MQ=255) gcgcgcCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGcc < 3:267794/149‑1 (MQ=255) cgcgcCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCAcc < 7:255451/127‑1 (MQ=255) cgcgcCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCAcc > 8:255451/1‑127 (MQ=255) ttGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCggg > 4:57827/1‑147 (MQ=255) cTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGAt < 5:258325/149‑1 (MQ=255) cTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTACACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGAt < 8:120502/149‑1 (MQ=255) tCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATg > 7:63953/1‑149 (MQ=255) aTGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGcc < 5:30058/149‑1 (MQ=255) tGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAg < 1:44722/149‑1 (MQ=255) ggTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAgg > 3:224467/1‑149 (MQ=255) gTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAgg < 8:13289/148‑1 (MQ=255) gcgcCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGCGCGCCGCCTCGACGGCATCAGTGCCGGGCGGGCCACAGAACTGCACCGTGGCCTCGCGGCGCCGCGCCGCGGGCAGGATGCCGCACAGGTCCTg > 5:93176/1‑149 (MQ=255) gcgcCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGt < 3:64928/145‑1 (MQ=255) gcgcCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGt > 4:64928/1‑145 (MQ=255) gcgcCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTg > 5:81183/1‑149 (MQ=255) gcCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAg < 8:250049/141‑1 (MQ=255) gcCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAg > 7:250049/1‑141 (MQ=255) gcCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGa < 6:81183/149‑1 (MQ=255) cccTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGaa < 7:96879/137‑1 (MQ=255) cccTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGaa > 8:96879/1‑137 (MQ=255) gAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGaa < 1:28539/147‑1 (MQ=255) gAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGc > 6:44202/1‑149 (MQ=255) aaGGCCAGCACGGTGCGGCGGCCGGTTGCGGGGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCAGCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCg < 6:93176/149‑1 (MQ=255) ggCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGt < 5:44202/149‑1 (MQ=255) cACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGa < 3:57827/149‑1 (MQ=255) ggTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAgg < 5:255604/112‑1 (MQ=255) ggTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAgg > 6:255604/1‑112 (MQ=255) ctgcGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCgggg < 6:303318/148‑1 (MQ=255) ctgcGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCgggg < 8:130864/148‑1 (MQ=255) ggCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGcc < 1:267670/109‑1 (MQ=255) ggCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGcc > 2:267670/1‑109 (MQ=255) ccGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCGGGGTGGTCAg < 8:63953/149‑1 (MQ=255) cGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTACATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGTTGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCGGggtggt < 1:213442/145‑1 (MQ=255) cGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTACATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCGGggtggt > 4:207101/1‑145 (MQ=255) cGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTACATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCGGggtggt > 2:213442/1‑145 (MQ=255) cGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTACATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCGGggtggt < 3:207101/145‑1 (MQ=255) ggTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCGGGGTGGTCAGGt < 2:302323/149‑1 (MQ=255) gTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGTTGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCGGggtggt > 5:181041/1‑143 (MQ=255) gTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGTTGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCGGggtggt < 6:181041/143‑1 (MQ=255) gCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCGGGGTGGTCAGGTcc > 4:298040/1‑147 (MQ=255) cGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCGGGGTGGTCAGGTCCAAg < 4:224467/149‑1 (MQ=255) cTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCGGGGTGGTCAGGTCCAAGGTGTGCAGCGGCAACTCGTCAGCCAGCAcc > 7:240443/1‑149 (MQ=255) | CGAGCAAGGCCCCCAGTGGCTGCTTCGGCCCATGGCTGCCCATCAGGTTCAGCGCGCCTTGGCTCATGCCATGGTAGGCGCCCTGGAAGGCCAGCACGGTGCTGCGGCCGGTGGCGGTGCGCACCAGCTTGAGCGCAGCCTCGACTGCATCAGTGCCGGTCGGGCCACAGAACTGCACCTTGGCCTCGCGGCGCAGCGCCTCGGGCAGGATGCCGAACAGGTCCTGGACGAAGCGGTCCTTGACCGGGGTGGTCAGGTCCAAGGTGTGCAGCGGCAACTCGTCAGCCAGCACC > NC_002947/4795923‑4796215 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |