Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,804,755 | C→T | 7.1% | V105I (GTC→ATC) | PP_4233 ← | oxidoreductase small subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,804,755 | 0 | C | T | 7.1% | 163.8 / 2.7 | 56 | V105I (GTC→ATC) | PP_4233 | oxidoreductase small subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/29); new base T (2/2); total (25/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
TGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTG > NC_002947/4804614‑4804900 | tgtgGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTc < 7:202221/149‑1 (MQ=255) cGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATc > 8:128965/1‑149 (MQ=255) aGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCgg > 6:103135/1‑149 (MQ=255) gCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGa < 2:62986/148‑1 (MQ=255) gATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCa < 1:117959/149‑1 (MQ=255) ctccACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCg < 6:162964/148‑1 (MQ=255) ccACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGcc > 5:247632/1‑149 (MQ=255) ccACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGAGCGGGGTGAGCGTCAGGTTGCCGGcc > 8:290027/1‑149 (MQ=255) cttcttCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTGGATGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGtctttct > 5:311398/1‑149 (MQ=255) cttcttCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTGGATGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGtctttct > 5:307338/1‑149 (MQ=255) ttcttcAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGtctttctt > 6:302648/1‑149 (MQ=255) cttcAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGtctttctt < 2:147988/147‑1 (MQ=255) cttcAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGAACGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTg < 6:82448/148‑1 (MQ=255) ttcAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTgg > 4:132136/1‑148 (MQ=255) tcAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCa > 7:192042/1‑149 (MQ=255) cAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCAt > 8:84188/1‑149 (MQ=255) aaCGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATg < 5:131433/149‑1 (MQ=255) aaCGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATg < 6:247632/149‑1 (MQ=255) aCGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATgg < 2:24746/149‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCtt < 8:192042/149‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTc > 8:26269/1‑149 (MQ=255) gcgcTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGa < 7:128965/149‑1 (MQ=255) ggCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTg < 6:278677/148‑1 (MQ=255) gCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCg < 7:26269/149‑1 (MQ=255) ccGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCg > 6:313613/1‑148 (MQ=255) ccGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCg > 6:231785/1‑148 (MQ=255) caccaGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTGGATGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACcttct < 6:307338/149‑1 (MQ=255) caccaGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGATGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACcttct < 6:311398/149‑1 (MQ=255) ccaGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGaa < 5:190258/141‑1 (MQ=255) ccaGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGaa > 6:190258/1‑141 (MQ=255) ggTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGa < 5:313613/149‑1 (MQ=255) tAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAg < 7:111628/149‑1 (MQ=255) ggCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAAt > 5:164279/1‑149 (MQ=255) aTTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATgcg > 8:17117/1‑149 (MQ=255) tGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCa > 2:194371/1‑149 (MQ=255) aCGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGaa > 3:234398/1‑137 (MQ=255) aCGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGaa < 4:234398/137‑1 (MQ=255) aGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTg < 5:231785/149‑1 (MQ=255) tGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCAc < 1:53830/140‑1 (MQ=255) tGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCAc > 2:53830/1‑140 (MQ=255) cgcAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTg > 5:105699/1‑149 (MQ=255) gTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCa < 3:132136/149‑1 (MQ=255) gCTGCACTGGAAGGCGAACAGGCCGACGAACGTCCGCTGGAGCGGGGGGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTAGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCatt < 3:224901/148‑3 (MQ=255) cTGCACTGGAATTCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGTTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTTGCATGGCCTTCGATGCTGCGAACCTTCTTGCGCTCGAAg < 6:98708/117‑1 (MQ=255) gCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCTGCAGGTTGCAGGCCGCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTAGATGGAGCGAACCTAATTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGTTGATGCAGGTGCTCActtctt > 8:132117/1‑149 (MQ=255) gCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGTCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGACTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCActtctt > 2:238114/1‑149 (MQ=255) tGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACGGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCt > 6:185310/1‑149 (MQ=255) aaGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGt < 5:185310/149‑1 (MQ=255) aGGCGAACAGGGCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTg < 7:290027/149‑1 (MQ=255) gAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGaa > 1:97162/1‑102 (MQ=255) gAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGaa < 2:97162/102‑1 (MQ=255) aGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCggg < 7:84188/149‑1 (MQ=255) ggTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCgggg < 7:17117/149‑1 (MQ=255) gTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGt > 8:27230/1‑149 (MQ=255) tCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGtt < 6:164279/149‑1 (MQ=255) tCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGtt < 5:302648/149‑1 (MQ=255) cgacgaACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCgacaacc > 1:79277/1‑143 (MQ=255) | TGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTG > NC_002947/4804614‑4804900 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |