Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,082,737 | A→T | 7.5% | L510* (TTG→TAG) | alaS ← | alanine‑‑tRNA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,082,737 | 0 | A | T | 7.5% | 155.7 / 3.2 | 53 | L510* (TTG→TAG) | alaS | alanine‑‑tRNA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/26); new base T (2/2); total (25/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.35e-01 |
GTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCTTGTACAGGGCGATGATCTTGCCCTGGCCCTCGGTGGC > NC_002947/5082593‑5082885 | gTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCaagaa < 4:156222/149‑1 (MQ=255) gTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCgg < 2:41779/149‑1 (MQ=255) gTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACGGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGAGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATca < 1:183520/149‑1 (MQ=255) gTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATca > 6:208094/1‑149 (MQ=255) tACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATcac > 4:100170/1‑149 (MQ=255) gACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGaccac > 5:251014/1‑149 (MQ=255) cTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCgg < 3:100170/149‑1 (MQ=255) tCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCgggtccgcc > 3:44752/1‑142 (MQ=255) gACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCg > 3:244283/1‑148 (MQ=255) aTCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCTAGAAGCCgg > 8:177929/1‑106 (MQ=255) aTCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCTAGAAGCCgg > 8:173407/1‑106 (MQ=255) aTCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCTAGAAGCCgg < 7:177929/106‑1 (MQ=255) aTCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCTAGAAGCCgg < 7:173407/106‑1 (MQ=255) cAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACg > 4:9956/1‑137 (MQ=255) cAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACg < 3:9956/137‑1 (MQ=255) cAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTg < 2:305567/142‑1 (MQ=255) cAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTg > 1:305567/1‑142 (MQ=255) aGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAg > 5:252775/1‑149 (MQ=255) gcgcACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGc < 6:221356/149‑1 (MQ=255) tCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGcc > 6:187024/1‑148 (MQ=255) acGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCctcctc < 8:129776/149‑1 (MQ=255) tggtgCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTc < 8:121599/149‑1 (MQ=255) tgCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCAcc < 5:187024/149‑1 (MQ=255) gCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCAcc > 5:82242/1‑148 (MQ=255) aGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAg > 1:300327/1‑149 (MQ=255) ggAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGc < 2:300327/149‑1 (MQ=255) cgGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGAt < 5:208094/149‑1 (MQ=255) tCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTgg < 6:82242/149‑1 (MQ=255) tCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTgg < 6:198160/149‑1 (MQ=255) tCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTgg > 5:198160/1‑149 (MQ=255) ttGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGc > 3:122619/1‑102 (MQ=255) ttGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGc < 4:122619/102‑1 (MQ=255) tggtggTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTg < 3:287314/92‑1 (MQ=255) tggtggTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTg > 4:287314/1‑92 (MQ=255) ggtggtGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTgg > 5:54168/1‑145 (MQ=255) ggtggtGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTgg < 6:54168/145‑1 (MQ=255) gtggtgTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTg > 2:240445/1‑131 (MQ=255) gtggtgTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTg < 1:240445/131‑1 (MQ=255) gtgtCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCtt < 7:84273/149‑1 (MQ=255) gtgtCGCGCACGGCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCCGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCtt < 8:99904/149‑1 (MQ=255) gtggCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCtt < 5:160092/149‑1 (MQ=255) tCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACGACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCTTGTa > 1:252013/1‑149 (MQ=255) tCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCTTGt < 4:244283/148‑1 (MQ=255) gcACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGc > 4:56788/1‑108 (MQ=255) gcACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGc < 3:56788/108‑1 (MQ=255) aaGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCtt < 3:6252/134‑1 (MQ=255) aaGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCtt > 4:6252/1‑134 (MQ=255) aGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCTTGTACAGGGCGATGATc < 6:251014/149‑1 (MQ=255) gTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCTTGTACAGGGCGATGATCTTg > 5:94438/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCTTGTACAGGGCGATGATCTTGcc < 2:130169/148‑1 (MQ=255) cAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCTTGTACAGGGCGATGATCTTGcc > 1:130169/1‑148 (MQ=255) ccAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCTTGTACAGGGCGATGATCTTGCCCTGGcc > 7:143726/1‑149 (MQ=255) gCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCTTGTACAGGGCGATGATCTTGCCCTGGCCCTCGGTg > 6:19653/1‑149 (MQ=255) cAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCTTGTACAGGGCGATGATCTTGCCCTGGCCCTCGGTg < 2:252013/148‑1 (MQ=255) aagaagCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCTTGTACAGGGCGATGATCTTGCCCTGGCCCTCGGTGGc > 6:138546/1‑149 (MQ=255) | GTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCACAACGCCCTCCTCGCCTTCACCCAGCTGGTCAACGGATTGGCCGTCCTTGTACAGGGCGATGATCTTGCCCTGGCCCTCGGTGGC > NC_002947/5082593‑5082885 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |