Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,096,289 | A→C | 9.7% | P159P (CCT→CCG) | argT ← | lysine/arginine/ornithine ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,096,289 | 0 | A | C | 9.7% | 149.8 / 6.3 | 59 | P159P (CCT→CCG) | argT | lysine/arginine/ornithine ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/28); new base C (3/3); total (28/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 |
GGCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAG > NC_002947/5096142‑5096437 | ggCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTaa < 5:107834/148‑1 (MQ=255) ggCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAg > 4:49974/1‑149 (MQ=255) gTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGca > 8:221951/1‑149 (MQ=255) gTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGca > 4:62687/1‑149 (MQ=255) tCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTATATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGcac < 6:206645/149‑1 (MQ=255) gTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGcaccac > 8:151175/1‑149 (MQ=255) gAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑gg > 3:278176/1‑149 (MQ=255) cGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCAc < 7:16949/149‑1 (MQ=255) cTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTg < 2:282643/149‑1 (MQ=255) cGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGgcg > 5:225941/1‑149 (MQ=255) cGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGgc < 6:267717/148‑1 (MQ=255) aCGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCTTACGGcacccaga < 2:172329/132‑5 (MQ=255) aCGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTCAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCTTACGGcacccaga > 1:172329/1‑128 (MQ=255) cgcgAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCa < 3:62687/149‑1 (MQ=255) gcgAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAg > 1:897/1‑149 (MQ=255) gAAGCCCTTGCCGGCTTCAGTCTTGAGGAACCCATCTTCCAGCAGGTGGGCGTCAGCCACAGGGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAg < 2:97217/147‑1 (MQ=255) cccTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTc < 7:221951/149‑1 (MQ=255) cGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAg < 3:49974/149‑1 (MQ=255) tCTTGCGTAAGCCATGTTCCTGCTGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCGGGCGTGGGGGCAAGCTGCAACGTCCAGGTATATTTGGTTCTGGGTGCCGTTAGGCACCAC‑GGTGGCAGCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGTAGCGGTc < 4:278176/148‑1 (MQ=255) 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gggggCGTCAGCAACAGTGCCGTCGCGGCGGCAAGCTGCAACGTCCAGTTACTTTTCGTTCTGGGGGCGGAACGCCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGa < 6:199948/146‑1 (MQ=255) gCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTTGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGAtctt < 6:111190/149‑1 (MQ=255) gCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTg < 1:188056/137‑1 (MQ=255) gCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTg > 2:188056/1‑137 (MQ=255) cGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGAtcttc < 5:236758/149‑1 (MQ=255) gTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGAtcttct > 7:188588/1‑149 (MQ=255) tCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑AGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATcttctt > 2:304336/1‑149 (MQ=255) ccACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCt > 2:188305/1‑149 (MQ=255) ccACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCt < 7:142470/149‑1 (MQ=255) cacaGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGGGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCtt < 6:225941/149‑1 (MQ=255) acaGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCttt < 1:188305/149‑1 (MQ=255) acaGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCatt < 4:65064/149‑1 (MQ=255) acaGGGCCGGCGTGGCGGCCAGCTGCACCGTCCAGGTATATTTCGTGCTGGGTGCGGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCttt < 4:288586/149‑1 (MQ=255) cggcgccCAGCTGCAAGGGCCCGGTAGTTTGCGTTCGGGGGGCGGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAg < 4:4650/148‑1 (MQ=255) ggcggcCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAg > 1:238501/1‑149 (MQ=255) gCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑AGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCt < 1:304336/149‑1 (MQ=255) gCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGc > 7:65512/1‑121 (MQ=255) gCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGc < 8:65512/121‑1 (MQ=255) cAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCa > 2:197576/1‑126 (MQ=255) cAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCa < 1:197576/126‑1 (MQ=255) cAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACg > 5:49450/1‑149 (MQ=255) cAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACg > 4:91187/1‑149 (MQ=255) aCGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACggt > 5:91596/1‑149 (MQ=255) gTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACggtgg > 7:71233/1‑149 (MQ=255) gTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGt > 3:107017/1‑149 (MQ=255) tttCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCttt > 1:45058/1‑109 (MQ=255) tttCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCttt < 2:45058/109‑1 (MQ=255) ttCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGAc > 8:154243/1‑149 (MQ=255) cgtggTGCCTTACGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGAc > 5:181171/4‑147 (MQ=255) cgtggTGCCTTACGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGAc > 8:16871/4‑147 (MQ=255) ggTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAgg < 2:238501/148‑1 (MQ=255) ggTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAg < 8:188588/147‑1 (MQ=255) ccGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTcc < 6:225671/132‑1 (MQ=255) ccGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTcc > 5:225671/1‑132 (MQ=255) ccGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGgcgcgc < 8:71233/149‑1 (MQ=255) cGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGcc < 3:91187/149‑1 (MQ=255) aGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGcc < 4:139846/145‑1 (MQ=255) aGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCgag > 3:139846/1‑146 (MQ=255) aGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAg > 1:271724/1‑149 (MQ=255) | GGCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCAC‑GGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAG > NC_002947/5096142‑5096437 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |