Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,099,144 | C→T | 11.1% | R83H (CGC→CAC) | acsA‑I ← | acetyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,099,144 | 0 | C | T | 11.1% | 87.9 / 3.4 | 38 | R83H (CGC→CAC) | acsA‑I | acetyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/16); new base T (2/2); total (20/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.12e-01 |
GCGCTCTTCAAGGTGGCGGTCCAGGCAGTTGGAGGAAACGTTCAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAGGTGGCCTCGTCGGTCAGGGTAGTGGCCGCAACCTCGGGACGAACGGGATACAGTGGAGCCGCACTCATCTGTGTTACCTCGGTGTAATAGTTGTTTT > NC_002947/5098996‑5099291 | gcgcTCTTCAAGGTGGCTGTACAGGCATTTGGAGGAAACGTTCAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTcgc < 7:281740/149‑1 (MQ=255) ctctTCAAGGTGGCGGTCCAGGTGGTTGGAGGAAACGTTCAGAGTGGCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAAGGGGTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCgcgc > 7:47331/1‑148 (MQ=255) ttCAAGCTGGCGGTCCAGGCAGTTGGAGGAAACGTTCAGAGTGCCGTAGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGAACTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGAGCCAg > 2:232272/1‑148 (MQ=255) cAAGGTGGCGGTCCAGGCAGTTGGAGGAAACGTTCAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAg > 3:199085/1‑149 (MQ=255) aaGGTGGCGGTCCAGGCAGTTGGAGGAAACGTTCAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGc > 5:160035/1‑149 (MQ=255) gTGGCGGTCCAGGCAGTTGGAGGAAACGTTCAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGt < 6:103956/149‑1 (MQ=255) cAGTTGGAGGAAACGTTCAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCAc < 4:302692/149‑1 (MQ=255) ggaggaAACGTTCAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCAc < 6:38993/144‑1 (MQ=255) ggaggaAACGTTCAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCAc > 5:38993/1‑144 (MQ=255) aggaATCGTTCAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTTGTGAACGGCTTGATCCTGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGc < 1:232272/149‑1 (MQ=255) ggaAACGTTCAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCt > 6:294710/1‑149 (MQ=255) ggaAACGTTCAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCt > 5:170190/1‑149 (MQ=255) ggaAACGTTCAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCt > 7:71130/1‑149 (MQ=255) ttCAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACAt < 6:170190/149‑1 (MQ=255) cAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATg < 8:71130/148‑1 (MQ=255) cGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGGTCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAg > 8:209414/1‑149 (MQ=255) cGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAg < 6:160035/149‑1 (MQ=255) cGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAg > 1:12918/1‑149 (MQ=255) 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gAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGTGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAGGTGGCCTCGTCGGTCAGGGTAGTGGCCGCAACCTCgg > 2:300397/1‑149 (MQ=255) tCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAGGTGGCCTCGTCGGTCAGGGTAGTGGCCGCAACCTCGGGACGAACg < 2:116569/149‑1 (MQ=255) ggTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGGCCGGGGTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAGGTGGCCTCGTCGGTCAGGGTAGTGGCCGCAACCTCGGGACGAACGGGATACAGTGGa < 4:199085/148‑1 (MQ=255) aGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAGGTGGCCTCGTCGGTCAGGGTAGTGGCCGCAACCTCGGGACGAACGGGATACAGTGGAGCCGCACTCATCTGTGtt < 2:12918/149‑1 (MQ=255) tACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAGGTGGCCTCGTCGGTCAGGGTAGTGGCCGCAACCTCGGGACGAACGGGATACAGTGTAGCCGCACTCATCTGTGTTACCTCg < 5:293605/149‑1 (MQ=255) cGCTTGTCCTGCTCGTGACAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTGGTAGGTGGCCTCGTAGGTCAGGGTAGTGTCCGCAACCTCGGGACGAAAGGGATACAGTGGAGCCGCACTCATCTGTTTTACCTCgg < 5:288979/148‑1 (MQ=255) cGCTGGGCCTGCTCGTGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAGGTGGCCTCGTCGGTCAGGGTAGTGGCCGCAACCTCGGGACGAACGGGATACAGTGGAGCCGCACTCATCTGTGTTACCTCgg < 1:300397/148‑1 (MQ=255) cTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAGGTGGCCTCGTCGGTCAGGGTAGTGGCCGCAACCTCGGGACGAACGGGATACAGTGGAGCCGCACTCATCTGTGTTACCTCGGTGTAATAgt > 2:305325/1‑149 (MQ=255) tGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAGGTGGCCTCGTCGGTCAGGGTAGTGGCCGCAACCTCGGGACGAACGGGATACAGTGGAGCCGCACTCATCTGTGTTACCTCGGTGTAATAgtt > 8:43695/1‑149 (MQ=255) tCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAGGTGGCCTCGTCGGTCAGGGTAGTGGCCGCAACCTCGGGACGAACGGGATACAGTGGAGCCGCACTCATCTGAGTTACCTCGGTGTAATActagtt > 2:191614/1‑149 (MQ=255) gcgcCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAGGTGGCGTCGTCGGTCAGGCTTGTGGGCGCAACCTCGGGACGAACGGGATACAGTGGAGCCTCACTCATCTGTGTTACCTCGGTGTAATAGTTGttt < 1:97394/148‑1 (MQ=255) gcgcCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAGGTGGCCTCGTCGGTCAGGGTAGTGGCCGCAACCTCGGGACGAACGGGATACAGTGGAGCCGCACTCATCTGTGTTACCTCGGTGTAATAGTTGtttt > 5:90444/1‑149 (MQ=255) | GCGCTCTTCAAGGTGGCGGTCCAGGCAGTTGGAGGAAACGTTCAGAGTGCCGTCGGCGAACCATTTGATATCGACATGGTGGTCGTCGAAGGAGGTCTGCTTGACCTTGGTGAACGGCTTGATCCAGTCGATACGCTGGGCCTGCTCGCGCCAGAAGCCGTCCGGGTTGATCACCGATTGCTGGTACATGGCCTTGTAGGTGGCCTCGTCGGTCAGGGTAGTGGCCGCAACCTCGGGACGAACGGGATACAGTGGAGCCGCACTCATCTGTGTTACCTCGGTGTAATAGTTGTTTT > NC_002947/5098996‑5099291 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |