Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 378,809 | C→T | 8.9% | K202K (AAG→AAA) | gbcA ← | glycine‑betaine dioxygenase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 378,809 | 0 | C | T | 8.9% | 124.1 / 2.9 | 45 | K202K (AAG→AAA) | gbcA | glycine‑betaine dioxygenase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/21); new base T (2/2); total (22/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 |
GCGGCCACATGGTCCTTGAATTCCTGGCTGGCGCGCGGGTCGTTGGTGTCGTCCCACTCCAGCAGGGTTTGCAGCAGTTCCGGGTGCGAACCGTTGCAGTGGTAGCACTCGCGGTTGTTTTCCAGCACCAGTTTCCAGTTGGCCTTTTCCATCAAGGTAGTTTGCACCGCCACCTTGGTGTTCTCCATGTCGTACGGTTCCATGTAATGGTCCAGGGTGGCCAGGAACTCGTCGATGGCAGGCGGGTTTTCCGCCAGGCTGATGAAGATGTAGCCGCCGGCCACCTTCACGT > NC_002947/378666‑378957 | gcggcCACATGGTCCTTGAATTCCTGGCTGGCGCGCGGGTCGTTGGTGTCGTCCCACTCCAGCAGGGTTTGCAGCAGTTCCGGGTGCGAACCGTTGCAGTGGTAGCACTCGCGGTTGTTTTCCAGCACCAGTTTCCAGTTGGCCtttt < 5:153763/148‑1 (MQ=255) gcggcCACATGGTCCTTGAATTCCTGGCTGGCGCGCGGGTCGTTGGTGTCGTCCCACTCCAGCAGGGTTTGCAGCAGTTCCGGGTGCGAACCGTTGCAGTGGTAGCACTCGCGGTTGTTTTCCAGCACCAGTTTCCAGTTGGCCtttt > 6:153763/1‑148 (MQ=255) cggcCACAAGCTCCTTGAATTCCTGGCCGGCGCGCGGGTCGTTGGTGGCGTCCCACTCCAGCAGGGTTTGCAGCAGTTCCGGGTGCGAACCGTTGCAGTGGTAGCCCTCGCGGTTGTTTTCCAGCACCAGTTTCCAGTTGGCCTTTTcc < 8:235203/149‑1 (MQ=255) gcCACATGGTCCTTGAATTCCTGGCTGGCGCGCGGGTCGTTGGTGTCGTCCCACTCCAGCAGGGTTTGCAGCAGTTCCGGGTGCGAACCGTTGCAGTGGTAGCACTCGCGGTTGTTTTCCAGCACCAGTTTCCAGTTGGCCTTTTCCa > 4:222562/1‑148 (MQ=255) caTGGTCCTTGAATTCCTGGCTGGCGCGCGGGTCGTTGGTGTCGTCCCACTCCAGCAGGGTTTGCAGCAGTTCCGGGTGCGAACCGTTGCAGTGGTAGCACTCGCGGTTGTTTTCCAGCACCAGTTTCCAGTTGGCCTTTTCCATCAAg < 3:222562/149‑1 (MQ=255) cTTGAATTCCTGGCTGGCGCGCGGGTCGTTGGTGTCGTCCCACTCCAGCAGGGTTTGCAGCAGTTCCGGGTGCGAACCGTTGCAGTGGTAGCACTCGCGGTTGTTTTCCAGCACCAGTTTCCAGTTGGCCTTTTCCATCAAGGTAGttt > 6:254827/1‑149 (MQ=255) cTTGAATTCCTGGCTGGCGCGCGGGTCGTTGGTGTCGTCCCACTCCAGCAGGGTTTGCAGCAGTTCCGGGTGCGAACCGTTGCAGTGGTAGCACTCGCGGTTGTTTTCCAGCACCAGTTTCCAGTTGGCCTTTTCCATCAAGGTAGttt < 5:254827/149‑1 (MQ=255) ttCCTGGCTGGCGCGCGGGTCGTTGGTGTCGTCCCACTCCAGCAGGGTTTGCAGCAGTTCCGGGTGCGAACCGTTGCAGTGGTAGCACTCGCGGTTGTTTTCCAGCACCAGTTTCCAGTTGGCCTTTTCCATCAAGGTAGTTTGCACCg > 7:6328/1‑149 (MQ=255) ctggctggCGCGCGGGTCGTTGGTGTCGTCCCACTCCAGCAGGGTTTGCAGCAGTTCCGGGTGCGAACCGTTGCAGTGGTAGCACTCGCGGTTGTTTTCCAGCACCAGTTTCCAGTTGGCCTTTTCCATCAAGGTAGTTTg < 6:256240/141‑1 (MQ=255) 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cAGTTGGCCTTTTCCATCAAGGTAGTTTGCACCGCCACCTTGGTGTTCTCCATGTCGTACGGTTCCATGTAATGGTCCAGGGTGGCCAGGAACTCGTCGATGGCAGGCGGGTTTTCCGCCAGGCTGATGAAGATGTAGCCGCCGGCCAc > 8:202125/1‑149 (MQ=255) aGTTGGCCTTTTCCATCAAGGTAGTTTGCACCGCCACCTTGGTGTTGTCCATGTCGTACGGTTCCATGTAATGGTCCAGGGAGGCCAGGATCTCGTCGATGGCAGGCGGGTTTTCCGCCAGGCTGATGAAGATCTAGCCGACGGCCAcc > 8:178705/1‑149 (MQ=255) aGTTGGCCTTTTCCATCAAGGTAGTTTGCACCGCCACCTTGGTGTTCTCCATGTCGTACGGTTCCATGTAATGGTCCAGGGTGGCCAGGAACTCGTCGATGGCAGGCGGGTTTTCCGCCAGGCTCATGAAGATGTAGCCGCCGGCCAcc > 8:174146/1‑149 (MQ=255) tGGCCTTTTCCATCAAGGTAGTTTGCACCGCCACCTTGGTGTTCTCCATGTCGTACGGTTCCATGTAATGGTCCAGGGTGGCCAGGAACTCGTCGATGGCAGGCGGGTTTTCCGCCAGGCTGATGAAGATGTAGCCGCCGGCCACCtt > 4:239359/1‑148 (MQ=255) gCCTTTTCCATCAAGGTAGTTTGCACCGCCACCTTGGTGTTCTCCATGTCGTACGGTTCCATGTAATGGTCCAGGGTGGCCAGGAACTCGTCGATGGCAGGCGGGTTTTCCGCCAGGCTGATGAAGATGTAGCCGCCGGCCACCttcac < 4:259926/149‑1 (MQ=255) cTTTTCCATCAAGGTAGTTTGCACCGCCACCTTGGTGTTCTCCATGTCGTACGGTTCCATGTAATGGTCCAGGGTGGCCAGGAACTCGTCGATGGCAGGCGGGTTTTCCGCCAGGCTGATGAAGATGTAGCCGACGGCCACCttcacgt > 6:172387/1‑149 (MQ=255) | GCGGCCACATGGTCCTTGAATTCCTGGCTGGCGCGCGGGTCGTTGGTGTCGTCCCACTCCAGCAGGGTTTGCAGCAGTTCCGGGTGCGAACCGTTGCAGTGGTAGCACTCGCGGTTGTTTTCCAGCACCAGTTTCCAGTTGGCCTTTTCCATCAAGGTAGTTTGCACCGCCACCTTGGTGTTCTCCATGTCGTACGGTTCCATGTAATGGTCCAGGGTGGCCAGGAACTCGTCGATGGCAGGCGGGTTTTCCGCCAGGCTGATGAAGATGTAGCCGCCGGCCACCTTCACGT > NC_002947/378666‑378957 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |