| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,141,208 | C→A | 8.0% | V118V (GTG→GTT) | PP_4525 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,141,208 | 0 | C | A | 8.0% | 179.1 / 4.2 | 58 | V118V (GTG→GTT) | PP_4525 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/28); new base A (3/2); total (28/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 | |||||||||||
TCAGTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTCGCGCAAGGCGGACAT > NC_002947/5141066‑5141351 | tCAGTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGc < 1:261171/149‑1 (MQ=255) aGTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCAGAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCgg < 4:189418/149‑1 (MQ=255) tACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGt < 6:236240/149‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTaa < 8:217845/149‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTGAACCTGcaagt < 8:256664/147‑5 (MQ=255) ccAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTGAACCTGcaagt > 7:256664/1‑143 (MQ=255) aGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGa > 1:63753/1‑149 (MQ=255) aGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGa < 2:301970/149‑1 (MQ=255) gCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTgg > 8:67339/1‑149 (MQ=255) gCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTg < 1:9520/148‑1 (MQ=255) ccTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATACAGCGTGTGGTTCAAAAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTCCTGCACGCACTTGCAGATTCACATGCGGGTAAGACAgg > 4:264825/2‑149 (MQ=255) cTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTTGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGt < 3:45421/149‑1 (MQ=255) gCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAg > 4:64359/1‑148 (MQ=255) gCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAgcgcgc < 8:209646/133‑1 (MQ=255) gCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAgcgcgc > 7:209646/1‑133 (MQ=255) cccGGCAAGGCTCGGTGGCACGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAACCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGATCAACTGCGGGTAAGACAGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGt > 5:112596/1‑149 (MQ=255) ggCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTggg < 8:268377/149‑1 (MQ=255) cAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTc < 3:64359/149‑1 (MQ=255) cAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTGCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTc < 5:185575/149‑1 (MQ=255) gCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCt < 5:87174/148‑1 (MQ=255) ccGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCg < 8:249864/124‑1 (MQ=255) ccGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCg < 8:245304/124‑1 (MQ=255) ccGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCg > 7:249864/1‑124 (MQ=255) ccGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCg > 7:245304/1‑124 (MQ=255) cGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCGAGTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTACACCTGCGGGTAACACTGGTGAAAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGtcatga > 1:83840/1‑143 (MQ=255) cacaAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATgg > 8:133641/1‑149 (MQ=255) cacaAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATgg > 2:26239/1‑149 (MQ=255) acaAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGt > 8:1229/1‑149 (MQ=255) acaAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGCGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCCCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGt > 5:298050/1‑149 (MQ=255) 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cTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCca > 3:154247/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCTCGCAGTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGAGTGGTGTTTGCGCGGCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGGCGTGCTTTA‑‑CATGGTccc < 8:185517/117‑1 (MQ=255) ttCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTCCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCCCCAGCAACGCCCGCAAGTGGCTCCCCGCCGTGCTGTA‑‑CATCGAccc > 7:185517/1‑117 (MQ=255) cAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCcacg > 4:28361/1‑148 (MQ=255) gccg‑cTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCa > 2:273460/1‑149 (MQ=255) gccg‑cTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGAGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTccc < 8:65246/119‑1 (MQ=255) gccg‑cTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGAGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTccc > 7:65246/1‑119 (MQ=255) ccg‑cTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAg < 3:28361/149‑1 (MQ=255) cg‑cTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAgc < 8:285788/149‑1 (MQ=255) cacgcacTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTcgc < 6:290813/147‑1 (MQ=255) acTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTTGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAATTGGGGCGCCGCCGTGGTGTACTCCAGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTCGCGCAAg < 1:249822/149‑1 (MQ=255) ttGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTCGCGCAAGGCg > 3:52280/1‑148 (MQ=255) ccgCAGGTGAACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTtcgtcgt < 1:64083/138‑2 (MQ=255) ccgCAGGTGAACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTtcgtcgt > 2:64083/3‑139 (MQ=255) gCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTCGCGCAAGGCGGa < 1:273460/148‑1 (MQ=255) gCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTCGCGCAAGGCGGa < 5:249804/148‑1 (MQ=255) aGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTCGCGCAAGGCGGACa > 6:112059/1‑148 (MQ=255) aGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTCGCGCAAGGCGGACAt < 4:154247/149‑1 (MQ=255) | TCAGTACCAGTTGCTCATCGCACAGCGGCACGCCATCCAGCCCGGCAAGGCTCGGTGGCCCGTCCACAAGAGCAGCATCCAGGGTGTGGTTCAACAGCCCTTCAAGCAACTCGCCG‑CTGGGTGCTGCACGCACTTGCAGGTTCACCTGCGGGTAAGACTGGTGATAGCGCGCCAGCAACGCCGGCAAGTGGGTCGCCGCCGTGCTGTA‑‑CATGGTCCCCAGCACGAAGTCCCCAGCCGGCTGACCGCCACGCACGGCGCCCAGCGCTTCGTCGCGCAAGGCGGACAT > NC_002947/5141066‑5141351 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |