| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,187,177 | A→T | 9.5% | I172F (ATC→TTC) ‡ | PP_4566 → | drug/metabolite transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,187,177 | 0 | A | T | 9.5% | 169.8 / 6.1 | 61 | I172F (ATC→TTC) ‡ | PP_4566 | drug/metabolite transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/26); new base T (2/4); total (31/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
CCTTGGCCTGTTCGGCGTCGGCATCCTTAGCGGCGCCGGCCCGGTGGCACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTGGGAGGTGTGGTTGTCGTTGCTG > NC_002947/5187041‑5187317 | ccTTGGCCTGTTCGGCGTCGGCATCCTTAGCGGCGCCGGCCCGGTGGCACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGATCCAGCGGcgg < 1:225389/147‑3 (MQ=255)ccTTGGCCTGTTCGGCGTCGGCATCCTTAGCGGCGCCGGCCCGGTGGCACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGATCCAGCGGcgg < 5:266589/147‑3 (MQ=255)ccTTGGCCTGTTCGGCGTCGGCAACCTTAGCTGCGCCGGCCCGGTGGCACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGATCCAGCGGcgg < 3:201232/147‑3 (MQ=255) cTTGGCCTGTTCGGCGTCGGCATCCTTAGCGGCGCCGGCCCGGTGGCACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGa < 5:277048/149‑1 (MQ=255) gCCTGTTCGGCGTCGGCATCCTTAGCGGCGCCGGCCCGGTGGCACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGc < 6:29854/149‑1 (MQ=255) ggCGTCGGCATCCTTAGCGGCGCCGGCCCGGTGGCACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTc < 5:4908/149‑1 (MQ=255) tCGGCATCCTTAGCGGCGCCGGCCCGGTGGCACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCa < 4:252176/149‑1 (MQ=255) cATCCTTAGCGGCGCCGGCCCGGTGGCACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTgg > 3:203049/1‑149 (MQ=255) cggcgCCGGCCCGGTGGCACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGc < 7:202372/149‑1 (MQ=255) ggcgCCGGCCCGGTGGCACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCt > 7:234208/1‑149 (MQ=255) gCACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGAt > 3:201511/1‑149 (MQ=255) cACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCt > 6:35041/1‑145 (MQ=255) cACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCt < 5:35041/145‑1 (MQ=255) aCTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCACGCCTGCCTGGCGCCCACCACCTGCTACGGCAATGCCGGGTTCCTCCCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGCACAGCCGACTTACCGCCCTGGGCAGCATGCACCGCGCAAccatcatg > 2:276883/1‑141 (MQ=255) gACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGcccgt > 1:56047/1‑145 (MQ=255) cATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGAccc < 8:234208/149‑1 (MQ=255) aTGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGa < 6:169989/145‑1 (MQ=255) aTGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGa > 5:169989/1‑145 (MQ=255) ggCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCTGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGc > 8:136395/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCa > 6:198470/1‑106 (MQ=255) ccTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCa < 5:198470/106‑1 (MQ=255) gctgcAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGTCTTTTCCGGGTTCATCGCCAGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGAAAGCCGTATTTc > 4:288675/1‑99 (MQ=255) gctgcAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTc < 3:288675/99‑1 (MQ=255) ctgcAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTc < 6:51343/147‑1 (MQ=255) gcAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCttt > 4:122954/1‑95 (MQ=255) gcAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCttt < 3:122954/95‑1 (MQ=255) cAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTg > 7:263633/1‑149 (MQ=255) aGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTg > 1:78079/1‑147 (MQ=255) ggCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCATCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGa < 4:163431/80‑1 (MQ=255) ggCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCATCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGa > 3:163431/1‑80 (MQ=255) gcgcCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAgc < 4:203049/149‑1 (MQ=255) cgcCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAgcg > 3:172543/1‑149 (MQ=255) cgcCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAgcg < 8:263633/149‑1 (MQ=255) ccTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCAGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGCTGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGCGCGCAc > 1:242995/1‑149 (MQ=255) cTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCAc > 8:99420/1‑148 (MQ=255) tCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACt > 8:122570/1‑148 (MQ=255) cctgcctgGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCAcc < 4:172543/149‑1 (MQ=255) tgGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAAccg > 3:76469/1‑149 (MQ=255) ggcggcCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAAccgc > 2:216421/1‑149 (MQ=255) ccaccaCCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAAccgcccgc > 4:139595/1‑148 (MQ=255) gCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑ggggg > 2:30411/1‑149 (MQ=255) ctccGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGAGCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑ggggg < 2:242995/145‑1 (MQ=255) cGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTg > 4:81945/1‑88 (MQ=255) cGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTg < 3:81945/88‑1 (MQ=255) gCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTgg < 7:122570/149‑1 (MQ=255) ccGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTg < 3:267100/142‑1 (MQ=255) ccGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTg > 4:267100/1‑142 (MQ=255) ccGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTGGGAGgtg > 6:131584/1‑149 (MQ=255) cGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTGGGAGgtgt < 2:78079/149‑1 (MQ=255) gggTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTGGGAGGtgtg < 7:99420/149‑1 (MQ=255) ggTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGGCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTGGGAGGTGTgg < 5:230564/149‑1 (MQ=255) cTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTGGGAGgtg > 7:54439/1‑141 (MQ=255) cTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTGGGAGgtg < 8:54439/141‑1 (MQ=255) cTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTGGGAGGTGTgg < 2:255611/144‑1 (MQ=255) cTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTGGGAGGTGTgg > 1:255611/1‑144 (MQ=255) cTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTGGGAGGTGTGGttctt > 8:289186/1‑146 (MQ=255) aggccgcTGATCCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTGGGAGGTGTGGTTGt > 6:293137/3‑143 (MQ=255) aggccgcTGATCCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTGGGAGGTGTGGTTGt < 5:293137/141‑1 (MQ=255) ggccgcTGATCCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACACCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCTGGGGGGGGCTGGGAGGTGTGGTTGTCGTTgc > 4:275116/2‑149 (MQ=255) gccgcTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTGGGAGGTGTGGTTGTCGTTgctg < 4:201511/149‑1 (MQ=255) gATCAGCGGCCTGGACAGCAGACTTTCCGCAATGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGATGATGCTGACCCCGATCTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAAcc > 2:206491/1‑99 (MQ=255) | CCTTGGCCTGTTCGGCGTCGGCATCCTTAGCGGCGCCGGCCCGGTGGCACTGGACATGGCCCTGCTGCAAGGCGCCCTCGCCTGCCTGGCGGCCACCACCTGCTACGGCTTTGCCGGGTTCCTCGCCCGCCGCTGGATCAGCGGCCTGGACAGCCGTCTTTCCGCACTGGGCAGCATGCTCGGCGCAACGCTGATGCTGACCCCGCTGTTCGGCTGGAGCGCACTCACCCAACCGCCCGCCAGCT‑GGGGGGGCTGGGAGGTGTGGTTGTCGTTGCTG > NC_002947/5187041‑5187317 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |