Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,319,174 | T→A | 9.1% | K67M (AAG→ATG) ‡ | ilvI ← | acetohydroxybutanoate synthase/acetolactate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,319,174 | 0 | T | A | 9.1% | 149.0 / 2.1 | 52 | K67M (AAG→ATG) ‡ | ilvI | acetohydroxybutanoate synthase/acetolactate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/24); new base A (2/3); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGGAAGGCATCGGTGCCCACCATGGTGCTAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCAGGAGAGCACCACCAGGGTACCCGTAGATGTGC > NC_002947/5319032‑5319314 | cTGGAAGGCATCGGTGCCCACCATGGTGCTAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCgg > 6:24592/1‑149 (MQ=255) gtaGGCATCGGTGGCCTGCTTGTTGTTTGGCACGTGGCCGGACAGGATGTCCATCGGTTTCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATTCCGGTATTGGCTTTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTTCCAGCACCACACCGGCATGTCCGGTg < 2:65408/146‑1 (MQ=255) gAAGGCATCGGTGCCCACCATGGTGCTAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGt < 5:24592/147‑1 (MQ=255) gAAGGCATCGGTGCCCACCATGGTGCTAGGCACCTGGCCGGACAGGAAGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGCAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTgg > 8:239182/1‑149 (MQ=255) aaGGCATCGGTGCCCACCATGGTGCTAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCAAGGCCGGTgtg < 8:102359/149‑3 (MQ=255) ggCATCGGTGCCCACCATGGTGCTAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGgcgc > 7:58711/1‑149 (MQ=255) aTCGGTGCCCACCATGGTGCTAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAg < 8:217584/149‑1 (MQ=255) tCGGTGCCCACCATGGTGTTAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCAAGGCCGGTgt < 3:262611/142‑2 (MQ=255) cccACCATGGTGCTAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGcc < 5:167410/149‑1 (MQ=255) cccACCATGGTGCTAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGcc > 4:133539/1‑149 (MQ=255) gCTAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCatat > 8:284432/1‑149 (MQ=255) tAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGcc > 3:135976/1‑136 (MQ=255) tAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGcc < 4:135976/136‑1 (MQ=255) tAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATgg > 8:204394/1‑149 (MQ=255) tAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACAACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATgg > 4:240757/1‑149 (MQ=255) ggCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATgg < 7:683/147‑1 (MQ=255) gCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGgccgc < 5:207826/147‑1 (MQ=255) ggACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCt > 2:168593/1‑149 (MQ=255) gACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTc < 7:204394/149‑1 (MQ=255) gATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGAc > 8:275655/1‑149 (MQ=255) aaTCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGAtgt > 4:216714/1‑149 (MQ=255) aaTCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGAtgt > 7:96947/1‑149 (MQ=255) aaTCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGAtgt > 2:306476/1‑149 (MQ=255) gTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCt < 1:45419/119‑1 (MQ=255) gTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCt > 2:45419/1‑119 (MQ=255) tAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCgg < 3:240757/149‑1 (MQ=255) ggCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGt < 7:284432/148‑1 (MQ=255) ggTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCtt < 8:58711/149‑1 (MQ=255) gTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCttt < 3:216714/149‑1 (MQ=255) gTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCttt < 8:278873/149‑1 (MQ=255) gCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGaa < 3:133539/149‑1 (MQ=255) ccGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGc < 5:150709/149‑1 (MQ=255) ggTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGcgt < 1:168593/149‑1 (MQ=255) gTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGcgtc < 1:306476/149‑1 (MQ=255) aTGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGcgtcgt < 7:275655/148‑1 (MQ=255) gCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTaaa > 7:179383/1‑148 (MQ=255) gTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCa < 7:239182/148‑1 (MQ=255) cAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGTTTGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCAGTAGAGca < 7:196114/149‑1 (MQ=255) cAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCAGGAGAGca < 7:159275/149‑1 (MQ=255) cAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCAGGAGAGca > 7:73309/1‑149 (MQ=255) cGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCAGGAGAGcaccac > 1:288824/1‑147 (MQ=255) gAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCAGGAGAGCACCACCAgg > 8:281074/1‑149 (MQ=255) cAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTg < 1:105359/103‑1 (MQ=255) cAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTg > 2:105359/1‑103 (MQ=255) cAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCAGGAGAGCACCACCAGGGTACCCg > 8:259080/1‑148 (MQ=255) gCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCAGGAGAGCACCACCAGGGTACCCg > 3:117626/1‑146 (MQ=255) ccacACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCAGGAGAGCACCACCAGGGTACCCGTAGAtg > 7:109342/1‑149 (MQ=255) gccacCGGCAAGGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCAGgaga > 3:49641/3‑124 (MQ=255) gccacCGGCAAGGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCAGgaga < 4:49641/122‑1 (MQ=255) gccacCGGCAAGGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCAGGAGAGCACCACCAGGGTACCCGTAGAtgt > 1:150305/3‑149 (MQ=255) cacaCCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTGGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGTACAGTGCGTCGTAAACATGCAGGAGAGCACCACCAGGGTACCCGTAGAtgt > 7:157292/1‑149 (MQ=255) cacCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCAGGAGAGCACCACCAGGGTACCCGTAGATGTGc < 8:96947/149‑1 (MQ=255) | CTGGAAGGCATCGGTGCCCACCATGGTGCTAGGCACCTGGCCGGACAGGATGACCATCGGAATCGAGTCCATGTAGGCGGTGGCAATACCGGTAATGGCATTGGTCGCGCCAGGACCGGAGGTTACCAGCACCACACCGGCCTTGCCGGTGGCGCGAGCGTAGCCGTCCGCCATATGGGTGGCCGCCTGCTCGTGACGAACCAGGATGTGTTCCACTTCCGGTTCTTTGAACAGTGCGTCGTAAACATGCAGGAGAGCACCACCAGGGTACCCGTAGATGTGC > NC_002947/5319032‑5319314 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |