Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,472,538 | A→G | 8.1% | M94T (ATG→ACG) | rsfS ← | ribosomal silencing factor RsfS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,472,538 | 0 | A | G | 8.1% | 134.4 / 2.7 | 49 | M94T (ATG→ACG) | rsfS | ribosomal silencing factor RsfS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/23); new base G (2/2); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 |
CCTTATTCGCGGTCTTTGAGCTTGTCGGAGTACTCGTGGGCATGGTCCGGGCTGTGGTGCTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCTGGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCTTCACGGACCTTTTCGGCCATCGCGTTGATCTGGCGGTTGGAGGTACCGGTG > NC_002947/5472397‑5472684 | ccTTATTCGCGGTCTTTGAGCTTGTCGGAGTACTCGTTGGCATGGTCCGGGCTTTGGTGCTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCa < 8:293304/148‑1 (MQ=255) aTTCGCGGTCTTTGAGCTTGTCGGAGTACTCGTGGGCATGGTCCGGGCTGTGGTGCTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGAt < 2:23334/148‑1 (MQ=255) tttGAGCTTGTCGGAGTACTCGTGGGCATGGTCCGGGCTGTGGTGCTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGtt > 1:286960/1‑147 (MQ=255) tGAGCTTGTCGGAGTACTCGTGGGCATGGTCCGGGCTGTGGTGCTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAg < 2:102772/148‑1 (MQ=255) tGTCGGAGTACTCGTGGGCATGGTCCGGGCTGTGGTGCTTGTCATCGGCGGAACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGAAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTAGAGGTCcag > 4:44979/1‑148 (MQ=255) gTCGGAGTACTCGTGGGCATGGTCCGGGCTGTGGTGCTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCcagc < 8:212650/148‑1 (MQ=255) gTCGGAGTACTCGTGGGCATGGTCCGGGCTGTGGTGCTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCcag < 3:129302/147‑1 (MQ=255) gTCGGAGTACTCGTGGGCATGGTCCGGGCTGTGGTGCTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCcag < 6:33321/147‑1 (MQ=255) tCGTGGGCATGGTCCGGGCTGTGGTGCTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTc > 3:230198/1‑149 (MQ=255) 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gtggtgCTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTAATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGActtctt > 1:264356/1‑149 (MQ=255) tggtgCTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCttcttc < 3:51509/149‑1 (MQ=255) tggtgCTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCttcttc < 1:146146/149‑1 (MQ=255) gtgCTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCAc < 4:230198/149‑1 (MQ=255) cTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTc > 1:120653/1‑129 (MQ=255) 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6:15490/149‑1 (MQ=255) acaGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCt > 5:304006/1‑117 (MQ=255) acaGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCt < 6:304006/117‑1 (MQ=255) aCGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGc < 1:136931/95‑1 (MQ=255) aCGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGc > 2:136931/1‑95 (MQ=255) gCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCTGGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCt < 2:31428/134‑1 (MQ=255) gCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCTGGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCt > 1:31428/1‑134 (MQ=255) 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cAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCTGGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCTTCACGGACCTTTTCGGCCATCGCGTTGATCTGGCGGTTg < 6:3394/149‑1 (MQ=255) acgacgTCATCGTGCACATGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCTGGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCTTCACGGACCTTTTCGGCCATCGCGTTGATCTGGCg > 5:88028/6‑142 (MQ=255) acgacgTCATCGTGCACATGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCTGGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCTTCACGGACCTTTTCGGCCATCGCGTTGATCTGGCg < 6:88028/137‑1 (MQ=255) cggTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCTGGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCTTCACGGACCTTTTCGGCCATCGCGTTGATCTGGCGGTTGGAGGTa > 7:520/1‑149 (MQ=255) gTCATCGTGCACATGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCTTGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCTTCACGGACCTTTTCGGCCATCGCGTTGATCTGGCGGTTGGAg < 6:145316/144‑1 (MQ=255) gTCATCGTGCACATGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCTGGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCTTCACGGACCTTTTCGGCCATCGCGTTGATCTGGCGGTTGGAg > 5:145316/1‑144 (MQ=255) gTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCTGGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCTTCACGGACCTTTTCGGCCATCGCGTTGATCTGGCGGGTGGAGGTAc < 1:307664/148‑1 (MQ=255) gTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCTGGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCTTCACGGACCTTTTCGGCCATCGCGTTGATCTGGCGGATGGAGGTAc > 2:307664/1‑148 (MQ=255) atcatGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCTCCCAGTGGCTGGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCTTCACGGACCTTTTCGGCCATCGCGTTGATCTGGCGGTTGGAGGTACCGGt < 2:264356/149‑1 (MQ=255) atcatGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCTGGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCTTCACGGACCTTTTCGGCCATCGCGTTGATCTGGCGGTTGGAGGTACCGGt > 6:149320/1‑149 (MQ=255) tcatGAGCACGATGACGTCTTGCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCTGGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCTTCACGGACCTTTTCGGCCATCGCGTTGATCTGGCGGTTGGAGGTACCGGTg < 3:204973/149‑1 (MQ=255) | CCTTATTCGCGGTCTTTGAGCTTGTCGGAGTACTCGTGGGCATGGTCCGGGCTGTGGTGCTTGCCATCGGCGGCACGGCTTTGCTCGGCACCCTGCCACAGACGCTCAAGGTCGTAGAACTGGCGGGCAGCGGCGGTCATCATGTGCACGATGACGTCGTTCAGGTCCAGCAGCACCCAGTCGCTGTCGCCCTTGCCTTCTTCACCCAGTGGCTGGGCGCCCTTGGCCTTGACTGCTTCACGGACCTTTTCGGCCATCGCGTTGATCTGGCGGTTGGAGGTACCGGTG > NC_002947/5472397‑5472684 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |