Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,536,721 | G→A | 7.3% | G176S (GGC→AGC) | nadE → | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,536,721 | 0 | G | A | 7.3% | 158.9 / 2.5 | 55 | G176S (GGC→AGC) | nadE | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/25); new base A (2/2); total (28/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.24e-01 |
GGCGTTGAAGAACGGCTCGCCGACGTTGGTGGACTTCGTGGTGGGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGTGCCAACGGCCGACCTGGAAGACCTGGA > NC_002947/5536576‑5536869 | ggcgTTGAAGAACGGCTCGCCGACGTTGGTGGACTTCGTGGTGGGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGct > 4:83717/1‑149 (MQ=255) gTTGAAGAACGGCTCGCCGACGTTGGTGGACTTCGTGGTGGGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGAGcttct > 5:239010/1‑149 (MQ=255) ttGAAGAACGGCTCGCCGACGTTGGTGGACTTCGTGGTGGGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGcttctt < 8:68132/149‑1 (MQ=255) aagaaCGGCTCGCCGACGTTGGTGGACTTCGTGGTGGGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTAc < 5:123713/149‑1 (MQ=255) cGGCTCGCCGACGTTGGTGGACTTCGTGGTGGGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑t > 6:292802/1‑149 (MQ=255) cTCGCCGACGTTGGTGGACTTCGTGGTGGGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTg < 6:295023/149‑1 (MQ=255) cTCGCCGACGTTGGTGGACTTCGTGGTGGGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTg < 5:292802/149‑1 (MQ=255) cTCGCCGACGTTGGTGGACTTCGTGGTGGGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTg > 5:77760/1‑149 (MQ=255) tCGCCGACGTTGGTGGACTTCGTGGTGGGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAAAGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTgg > 3:163502/1‑149 (MQ=255) gCCGACGTTGGTGGACTTCGTGGTGGGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGt > 6:184805/1‑148 (MQ=255) gACTTCGTGGTGGGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGa > 6:156480/1‑149 (MQ=255) gACTTCGTGGTGGGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGa > 6:175281/1‑149 (MQ=255) ggtggGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGt > 6:147392/1‑133 (MQ=255) 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cgcacCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTg > 5:50397/1‑144 (MQ=255) cgcacCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTg < 6:50397/144‑1 (MQ=255) cgcacCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTgaa < 1:3796/149‑1 (MQ=255) ccGGATGGTCGCCCAGTACACCTTCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAAt > 7:47362/1‑148 (MQ=255) ggATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAg < 1:135251/149‑1 (MQ=255) gCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGc < 6:274282/149‑1 (MQ=255) cccAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCTGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCa < 5:41854/139‑1 (MQ=255) cccAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCCGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCa > 6:41854/1‑139 (MQ=255) ccAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTg > 8:59448/1‑127 (MQ=255) ccAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTg < 7:59448/127‑1 (MQ=255) aGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGAtt > 5:271936/1‑149 (MQ=255) tACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGAAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTgc > 1:242951/1‑149 (MQ=255) acCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTgcgcg > 8:244521/1‑149 (MQ=255) ctcgcgcCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGt < 6:67911/104‑1 (MQ=255) cTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTc > 3:159380/1‑149 (MQ=255) cTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGCGCAATCGCCCGCACCtga < 5:156480/149‑3 (MQ=255) cgcCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTg > 8:283125/1‑149 (MQ=255) gcAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGa < 5:184805/149‑1 (MQ=255) gcAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGa < 3:83717/149‑1 (MQ=255) cAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAg > 4:148130/1‑149 (MQ=255) tCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCAc < 7:283125/149‑1 (MQ=255) tGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGAT‑GTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACtgg > 5:211878/1‑149 (MQ=255) tGATCGGTACCGTCGACGCGGCCGTGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGGGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGAAGTCACtggt < 4:163502/148‑1 (MQ=255) tCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGaa < 4:159380/149‑1 (MQ=255) ccGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAGTTTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGt > 1:63325/1‑149 (MQ=255) ccGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGTg > 7:175631/1‑149 (MQ=255) ccGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGAGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGt < 8:26330/148‑1 (MQ=255) cgcgGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGTGCCAACgg > 6:238961/1‑149 (MQ=255) gcgGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGTGCCAACGGc > 8:57755/1‑149 (MQ=255) gcgGCCGAGGCAGTAATGAGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGTGCCAACGGc < 6:239010/149‑1 (MQ=255) cAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGTGCCAACGGcc > 3:270881/1‑140 (MQ=255) cAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGTGCCAACGGcc < 4:270881/140‑1 (MQ=255) tAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCGGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGTGCCAACGGCCGACCTGGatgcc > 2:248682/1‑145 (MQ=255) tAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGTGCCAACGGCCGACCTGGAAGAc < 3:148130/149‑1 (MQ=255) aTGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGTGCCAACGGCCGACCTGGaa > 6:231310/1‑144 (MQ=255) aTGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGTGCCAACGGCCGACCTGGaa < 5:231310/144‑1 (MQ=255) aTGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGTGCCAACGGCCGACCTGGAAGACCt < 2:63325/149‑1 (MQ=255) ggCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGTGCCAACGGCCGACCTGGAAGACCTGGa < 8:47362/149‑1 (MQ=255) | GGCGTTGAAGAACGGCTCGCCGACGTTGGTGGACTTCGTGGTGGGCAACGTCAAGGCACGCACCCGGATGGTCGCCCAGTACACCATCGCTGGCGCCCGCGCAGGTCTGGTGATCGGTACCGACCACGCGGCCGAGGCAGTAATGGGCTTCTTTACCAAG‑TTTGGTGATGGTGCCTGCGACCTCGCGCCGTTGAGTGGGCTGGTGAAGAATCAGGTGCGGGCGATTGCGCGCAGCTTCGGTGCGCCGGAGTCACTGGTGGAAAAGGTGCCAACGGCCGACCTGGAAGACCTGGA > NC_002947/5536576‑5536869 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |