Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 432,012 | A→G | 8.7% | F101S (TTC→TCC) | PP_0354 ← | CBS domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 432,012 | 0 | A | G | 8.7% | 126.2 / 3.1 | 46 | F101S (TTC→TCC) | PP_0354 | CBS domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/19); new base G (2/2); total (25/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.67e-01 |
ACACCGCGCAGGGCAAAATCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCTTTCACCGCAGGCG > NC_002947/431865‑432158 | acacCGCGCATGGCAAAATCCAGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGaa < 8:99736/149‑1 (MQ=255) gcgcAGGGCAAAATCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCAc < 3:188113/148‑1 (MQ=255) gcgcAGGGCAAAATCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCAc > 4:188113/1‑148 (MQ=255) gggCAAAATCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCg > 4:21751/1‑149 (MQ=255) aaacacccGAAACACATCCGACATCGAGAACACGCGGAAGAATGCGGCCTTGTTCACTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCACGGCTGCCAGCGGGGAGTGCTTCCCGCTgg < 6:69291/144‑1 (MQ=255) aaTCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGGAGTGCTTCCCGCTggca < 1:5422/149‑3 (MQ=255) aaTCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTg < 2:164187/149‑1 (MQ=255) gAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGt > 6:227961/1‑142 (MQ=255) 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aGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGttt < 7:95341/149‑1 (MQ=255) gACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTc > 2:150340/1‑149 (MQ=255) tCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGaca > 7:252868/1‑149 (MQ=255) cGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGCTCTCGACCGTGGTTTCGacac > 8:56058/1‑149 (MQ=255) agaACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACAccc < 3:21751/149‑1 (MQ=255) 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6:228892/117‑1 (MQ=255) gAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGc > 5:228892/1‑117 (MQ=255) gAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCt > 4:88657/1‑149 (MQ=255) gAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCt < 8:21332/149‑1 (MQ=255) aaGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGcc < 1:296897/146‑1 (MQ=255) aaGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGcc > 2:296897/1‑146 (MQ=255) gtCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGa > 5:30628/1‑149 (MQ=255) tCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGAc > 1:286584/1‑149 (MQ=255) ccccGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATg > 5:20503/1‑149 (MQ=255) ccGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTa < 2:286584/149‑1 (MQ=255) gCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAg > 3:251516/1‑147 (MQ=255) 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agatcaccAGCGGGGAGTGCTTCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCtt > 6:33843/7‑149 (MQ=255) accAGCGGGGAGTGCTTCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCTTTCAcc > 4:167421/2‑149 (MQ=255) gAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCTTTCACCGCAGGCg > 3:161138/1‑148 (MQ=255) | ACACCGCGCAGGGCAAAATCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCT‑TCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCTTTCACCGCAGGCG > NC_002947/431865‑432158 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |