| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 441,610 | T→C | 12.0% | V164A (GTC→GCC) ‡ | bioF → | 8‑amino‑7‑oxononanoate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 441,610 | 0 | T | C | 12.0% | 123.4 / 8.0 | 50 | V164A (GTC→GCC) ‡ | bioF | 8‑amino‑7‑oxononanoate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/17); new base C (3/3); total (30/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.01e-01 | |||||||||||
ACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATGGCCTGGGCACCCTGGGTGCCAAAG > NC_002947/441462‑441756 | aCCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGt < 2:80780/149‑1 (MQ=255) ggCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCtg < 1:17374/149‑1 (MQ=255) ggCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTggtggt > 6:18658/1‑149 (MQ=255) cAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCCATGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCgtgt < 1:62957/149‑1 (MQ=255) cAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCgtgt < 3:253697/148‑1 (MQ=255) cATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGTGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGa > 4:235224/1‑149 (MQ=255) cTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGAc > 5:210934/1‑145 (MQ=255) cTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGAc < 6:210934/145‑1 (MQ=255) cTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTgg > 5:210956/1‑149 (MQ=255) tCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCgg > 3:154590/1‑98 (MQ=255) tCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCgg < 4:154590/98‑1 (MQ=255) gTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCTACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGcc < 7:140148/148‑1 (MQ=255) tGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGAGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCAAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TTGACAAGGCGGTCGGCAATACACTGCTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGAc > 5:215821/1‑149 (MQ=255) gCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGAc < 1:261074/148‑1 (MQ=255) ggATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGc > 2:111523/1‑149 (MQ=255) cGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGgcgc < 5:18658/149‑1 (MQ=255) gtcgCTCAGTGGCGCCCGCTTCTACCGCTACCTGCACAACCACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGCACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTgg < 6:253230/146‑1 (MQ=255) aGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCTGGGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATg > 1:71991/1‑149 (MQ=255) gtgCCCGGGTCAACCGCTACCTGCACTACGAGCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACTGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGc < 6:215821/148‑1 (MQ=255) gtgCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGcc > 2:30038/1‑149 (MQ=255) cccGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGt > 8:156180/1‑149 (MQ=255) ccGCTTCAACTGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTg > 2:307858/1‑149 (MQ=255) cTTCAACCGCTACCTGCACACCGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGccc > 5:54713/1‑149 (MQ=255) aCCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGt > 8:14859/1‑149 (MQ=255) cTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCt > 6:254368/1‑149 (MQ=255) cacaACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGa < 6:210956/148‑1 (MQ=255) ggcggctggCCAGGCT‑GGCCGGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTc > 2:259265/8‑149 (MQ=255) cT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATgg > 3:208603/1‑149 (MQ=255) at‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATgg < 1:258928/148‑1 (MQ=255) t‑GGCCAGCAGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATTGACGGTGACCTGGCCGACATGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGACCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATgg > 2:265083/1‑148 (MQ=255) ttgccgaccgcc‑TTGTCCAGGCGGCTGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATGGc > 6:57015/8‑149 (MQ=255) ccgaccgcc‑TTGTCCAGGCGGCTGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGcc < 1:144948/115‑1 (MQ=255) ccgaccgcc‑TTGTCCAGGCGGCTGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGcc > 2:144948/5‑119 (MQ=255) ccgaccgcc‑TTGTCCAGGCGGCTGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGAt > 8:83426/5‑127 (MQ=255) ccgaccgcc‑TTGTCCAGGCGGCTGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGAt < 7:83426/123‑1 (MQ=255) 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tccaGGCGGCTGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATGGCCTGGGCACCCTGGGt < 5:57015/146‑1 (MQ=255) aCAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATGGCCTGGGCACCCTGGGt < 5:254368/149‑1 (MQ=255) aaGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATGGCCTGGGCACCCTGGGTGc > 3:248969/1‑149 (MQ=255) ggCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATGGCCTGGGCACCCTGGGTGcc > 6:5505/1‑148 (MQ=255) ggCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATGGCCTGGGCACCCTGGGTGcc > 8:107672/1‑148 (MQ=255) ggCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATGGCCTGGGCACCCTGGGTGcc > 8:206435/1‑148 (MQ=255) ggCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATGGCCTGGGCACCCTGGGTGcc > 8:216980/1‑148 (MQ=255) cGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATGGCCTGGGCACCCTGGGTGCCaaa < 1:30038/149‑1 (MQ=255) ggTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATGGCCTgg > 3:73479/1‑131 (MQ=255) ggTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATGGCCTgg < 4:73479/131‑1 (MQ=255) ggTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATGGCCTGGGCACCCTGGGTGCCAAAg > 6:190995/1‑149 (MQ=255) | ACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCT‑GGCCAGCCGCC‑TGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTGGTGACCGATGGCGTGTTCAGCATGGACGGTGACCTGGCCGACCTGCCGGCGCTGGCCAATGTCGCCCGTGCCCGCGGTGCCTGGCTGATGGTCGACGACGCCCATGGCCTGGGCACCCTGGGTGCCAAAG > NC_002947/441462‑441756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |