| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,864,669 | C→T | 5.6% | E494E (GAG→GAA) | cadA‑III ← | cadmium translocating P‑type ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,864,669 | 0 | C | T | 5.6% | 276.7 / 3.5 | 89 | E494E (GAG→GAA) | cadA‑III | cadmium translocating P‑type ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/41); new base T (3/2); total (46/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
CTGGCGAACACAGCCCCAGCTCCTCGACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTCTTGTC > NC_002947/5864524‑5864812 | cTGGCGAACACAGCCCCAGCTCCTCGACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCg < 5:187105/149‑1 (MQ=255) tGGCGAACACAGCCCCAGCTCCTCGACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGAAATCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCg > 7:260181/1‑148 (MQ=255) gCGAACACAGCCCCAGCTCCTCGACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGc > 5:250829/1‑148 (MQ=255) aGCCCCAGCTCCTCGACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGcgcg > 1:208356/1‑149 (MQ=255) aGCCCCAGCTCCTCGACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGcgcg > 2:260575/1‑149 (MQ=255) gCCCCAGCTCCTCGACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGTCCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCgg < 5:261878/149‑1 (MQ=255) cccAGCTCCTCGACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGa > 3:255081/1‑149 (MQ=255) ccAGCTCCTCGACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGac < 8:130062/149‑1 (MQ=255) gCTCCTCGACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCg < 4:71868/131‑1 (MQ=255) gCTCCTCGACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCg > 3:71868/1‑131 (MQ=255) ctcctcGACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCg < 8:149415/149‑1 (MQ=255) ctcGACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGggt < 4:255081/149‑1 (MQ=255) ctcGACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGggt > 6:276843/1‑149 (MQ=255) gACCAGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGACGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGggtg < 7:65946/147‑1 (MQ=255) 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aGGCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGACCACCCggtgtcccgc < 6:250829/149‑7 (MQ=255) ggCGGTGGTTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGaa > 3:186611/1‑149 (MQ=255) tggtTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTc > 4:34588/1‑149 (MQ=255) tggtTGCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTc < 8:260181/149‑1 (MQ=255) gCCCAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGccc < 4:186611/148‑1 (MQ=255) cAAGTGGTAGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAGTTCGGCaagc < 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aGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCg < 7:139273/98‑1 (MQ=255) aGACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCg > 8:139273/1‑98 (MQ=255) gACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCGTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCa < 2:208356/149‑1 (MQ=255) cTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGCACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAgg > 5:8677/1‑149 (MQ=255) tCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAg < 1:30719/147‑1 (MQ=255) tCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAg > 2:30719/1‑147 (MQ=255) aCCGGCAATGTCGCCACGCACGGCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGaa < 7:277317/121‑1 (MQ=255) aCCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCtt > 5:211509/1‑149 (MQ=255) cGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTgc < 5:313221/149‑1 (MQ=255) aaTGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTgc < 3:169541/145‑1 (MQ=255) aaTGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAACGCTTgc > 4:169541/1‑145 (MQ=255) ggACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACgg < 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tacgcacgccacgcCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTg < 2:18844/135‑1 (MQ=255) cacgcacgccacgcCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGacac > 6:95164/1‑94 (MQ=255) cacgcacgccacgcCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGacac < 5:95164/94‑1 (MQ=255) cacgcacgccacgcCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTc > 7:268974/1‑148 (MQ=255) cacgccacgcCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGaa > 3:106164/1‑147 (MQ=255) gccacgccCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAgcg > 5:247376/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |