Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,985,761 | G→A | 8.9% | V10M (GTG→ATG) | PP_5245 → | AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,985,761 | 0 | G | A | 8.9% | 157.4 / 5.0 | 56 | V10M (GTG→ATG) | PP_5245 | AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/26); new base A (2/3); total (27/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
CAAACCTGAATTGTTGTTAATTGTGCGCTGCTGGCCCTGGGCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACGGCAATATCGGCTGCTGACCTTGGCCGAGGGGCAAGCAGTGGTACGC > NC_002947/5985613‑5985901 | cAAACCTGAATTGTTGTTAATTGTGCGCTGCTGGACCTGGGCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCcaccgcaccg > 2:49256/1‑149 (MQ=255) ccTGAATTGTTGTTAATTGTGCGCTGCTGGCCCTGGGCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGc < 1:224254/149‑1 (MQ=255) aaTTGTTGTTAATTGTGCGCTGCTGGCCCTGGGCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATg < 1:49256/149‑1 (MQ=255) ttgttgTTAATTGTGCGCTGCTGGCCCTGGGCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGt > 4:27595/1‑149 (MQ=255) ttgttAATTGTGCGCTGCTGGCCCTGGGCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCATGGCCACGGTGc < 3:290352/148‑1 (MQ=255) tgCGCTGCTGGCCCTGGGCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGAt < 8:275322/149‑1 (MQ=255) cgcTGCTGGCCCTGGGCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCATGGc > 2:107885/1‑128 (MQ=255) cgcTGCTGGCCCTGGGCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCATGGc < 1:107885/128‑1 (MQ=255) tgGCCCTGGGCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTAct > 6:152882/1‑149 (MQ=255) gCCCTGGGCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTActgc > 2:208423/1‑149 (MQ=255) cccTGGGCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTActgct < 6:4946/149‑1 (MQ=255) ccTGGGCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTActgctg > 3:16051/1‑149 (MQ=255) ggCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGa < 4:265580/147‑1 (MQ=255) ggCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGAt < 4:4453/148‑1 (MQ=255) ggCGGTGTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGAt < 7:269822/148‑1 (MQ=255) ttttGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCAc > 7:231640/1‑149 (MQ=255) ccGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCAt > 6:37175/1‑108 (MQ=255) ccGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCAt < 5:37175/108‑1 (MQ=255) gATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAAc < 1:191326/119‑1 (MQ=255) gATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAAc > 2:191326/1‑119 (MQ=255) gATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTccc < 8:231640/149‑1 (MQ=255) tACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCAt < 7:256517/149‑1 (MQ=255) ttAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGAt > 5:294367/1‑149 (MQ=255) aaGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGAt < 3:27595/147‑1 (MQ=255) gCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATtcg > 4:27106/1‑149 (MQ=255) gTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATtcg > 6:49159/1‑147 (MQ=255) gTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATtcg < 5:49159/147‑1 (MQ=255) ttCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCAAGGATGCATTCGCCATCGCCaa > 5:313639/1‑149 (MQ=255) aGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGATAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCATGGCCACGGTGCGGt < 5:133646/88‑1 (MQ=255) aGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAAcc < 6:251742/148‑1 (MQ=255) aGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAACAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCATCGCCACCGTGCGGt > 6:133646/1‑88 (MQ=255) gCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCgg < 5:152882/149‑1 (MQ=255) cTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGt < 3:292115/149‑1 (MQ=255) cTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCt > 3:131484/1‑149 (MQ=255) ggCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTg > 7:207312/1‑149 (MQ=255) gCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGc > 4:193297/1‑149 (MQ=255) ccGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGcc > 4:224657/1‑149 (MQ=255) gCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGCGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTg < 3:27106/149‑1 (MQ=255) ccGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTgcagca > 5:157838/1‑149 (MQ=255) cgcgGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCAc > 6:171432/1‑149 (MQ=255) gcgGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACg > 2:45115/1‑149 (MQ=255) cgGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACgg > 7:109591/1‑149 (MQ=255) gTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACGGCa < 1:208423/149‑1 (MQ=255) cATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACGGCAATATc > 7:206552/1‑149 (MQ=255) cATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACGGCAATATc < 3:193297/149‑1 (MQ=255) tCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACg < 3:134844/138‑1 (MQ=255) tCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACg > 4:134844/1‑138 (MQ=255) aGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACGGCAATATCGgc > 3:247316/1‑146 (MQ=255) aGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACGGCAATATCGgc < 4:247316/146‑1 (MQ=255) aTGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATtcgccatc < 6:107844/96‑1 (MQ=255) aTGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATtcgccatc > 5:107844/1‑96 (MQ=255) cAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACGGCAATATCGGCTGCTGACCTTGGCCGAcgg > 4:56840/1‑149 (MQ=255) aCCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACGGCAATATCGGCTGCTGACCTTGGCCGAGGGGCAAGCAg < 4:131484/149‑1 (MQ=255) aCCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACGGCAATATCGGCTGCTGACCTTGGCCGAGGGGCAAGCAg > 2:213049/1‑149 (MQ=255) ccGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACGGCAATATCGGCTGCTGACCTTGGCCGAGGGGCAAGCAGTg < 4:16051/149‑1 (MQ=255) cGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACGGCAATATCGGCTGCTGACCTTGGCCGAGGGGCAAGCAGTgg < 1:213049/149‑1 (MQ=255) cGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACGGCAATATCGGCTGCTGACCTTGGCCGAGGGGCAAGCAGTgg < 3:224657/149‑1 (MQ=255) accgcaccgTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACGGCAATATCGGCTGCTGACCTTGGCCGAGGGGCAAGCAGTGGTAcgc > 2:296228/1‑149 (MQ=255) | CAAACCTGAATTGTTGTTAATTGTGCGCTGCTGGCCCTGGGCGTTTTGCCGATACCTTAAGATGCGTTTCGTATTCAGCTTCTGGCCGCTACCCGCGGTCGGCATTCAAGGCGAAAGAGGTATGCAGGAAAAACCCGCCCACCGCACCGTGGCCATGGTGCTGTTCAACGATGTGTTACTGCTGGATGTCACCGGTCCCATGGATGCATTCGCCATCGCCAACCGGTTCTTGCCTGCAGCACGGCAATATCGGCTGCTGACCTTGGCCGAGGGGCAAGCAGTGGTACGC > NC_002947/5985613‑5985901 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |