Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 478,795 | G→A | 7.5% | A225V (GCG→GTG) | cca ← | multifunctional tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase/phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 478,795 | 0 | G | A | 7.5% | 153.7 / 2.4 | 53 | A225V (GCG→GTG) | cca | multifunctional tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase/phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/24); new base A (2/2); total (27/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 |
ATTACCCTGCGCCAGGCATTCCCCGGTCAGCATGGCCAGTTCCTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGTTGCACTTCCATCAGCGCGCGCTCGATTTCCTTCCAGCTGCG > NC_002947/478647‑478943 | ataccccTGCGCCAGGCATGCCCCGGTCAGATTGGCAAGTGCCTGGCCCTCTCGCGGGGCCTGCTGGCGCGGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGAACCCCCCTCAACCGCCTGGCCCCGCGCAGGTTCTGCGGTTGTTGGTgcg < 4:188139/145‑1 (MQ=255) aTTACCCTGCGCCAGGCATTCCCCGGTCAGCATGGCCAGTTCCTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTgcg > 3:214902/1‑149 (MQ=255) gcCAGGCATTCCCCGGTCAGCATGGCCAGTTCCTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTg > 6:44682/1‑149 (MQ=255) gcCAGGCATTCCCCGGTCAGCATGGCCAGTTCCTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTg < 5:145571/149‑1 (MQ=255) gcCAGGCATTCCCCGGTCAGCATGGCCAGTTCCTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTg < 4:214902/149‑1 (MQ=255) ccAGGCATTCCCCGGTCAGCATGGCCAGTTCCTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGc > 5:36101/1‑149 (MQ=255) cATTCCCCGGTCAGCATGGCCAGTTCCTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAg < 3:1644/149‑1 (MQ=255) aTTCCCCGGTCAGCATGGCCAGTTCCTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAgc > 6:9399/1‑149 (MQ=255) gCATGGCCAGTTCCTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTc < 5:9399/149‑1 (MQ=255) cATGGCCAGTTCCTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTcc > 5:298766/1‑149 (MQ=255) aTGGCCAGTTCCTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCACCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCg > 6:307062/1‑149 (MQ=255) ccAGTTCCTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAg > 8:40843/1‑149 (MQ=255) ttCCTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGt > 3:192665/1‑149 (MQ=255) ccTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTc < 1:118666/148‑1 (MQ=255) gCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGa < 5:44682/149‑1 (MQ=255) ctctCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCt < 3:38686/149‑1 (MQ=255) ctcGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTcc < 6:169000/129‑1 (MQ=255) ctcGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTcc > 5:169000/1‑129 (MQ=255) gcgGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAg < 7:40843/147‑1 (MQ=255) ggTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCACCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGgcag < 5:307062/149‑1 (MQ=255) gTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGgcagc < 3:169964/149‑1 (MQ=255) ttCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTc < 2:307278/137‑1 (MQ=255) ttCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTc > 1:307278/1‑137 (MQ=255) gcgcTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCa < 8:130933/149‑1 (MQ=255) cgcTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAg > 5:302005/1‑149 (MQ=255) gTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAg > 8:105260/1‑144 (MQ=255) gTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAg < 7:105260/144‑1 (MQ=255) tttGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGcc > 2:202595/1‑105 (MQ=255) tttGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACgcgc > 4:221936/1‑149 (MQ=255) aTGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCAcc > 8:233852/1‑149 (MQ=255) aTGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCAcc > 4:285556/1‑149 (MQ=255) tGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTgaag > 6:123856/1‑148 (MQ=255) gCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAAt < 2:126639/149‑1 (MQ=255) gCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAAt < 3:285556/149‑1 (MQ=255) cAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATa > 5:40355/1‑149 (MQ=255) aaCCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTcaagaaaa > 3:103734/1‑146 (MQ=255) aaCCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATAc > 7:70116/1‑149 (MQ=255) ccGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTTAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCg > 5:103064/1‑149 (MQ=255) ccGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCg > 5:183525/1‑149 (MQ=255) cGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCgg < 2:162143/149‑1 (MQ=255) cAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGtt < 6:36101/149‑1 (MQ=255) aaCAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGTTg < 8:70116/149‑1 (MQ=255) aggcaggcCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAg < 2:160280/83‑1 (MQ=255) aggcaggcCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAg > 1:160280/1‑83 (MQ=255) aggcaggcCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGTTGCAc > 4:93347/1‑149 (MQ=255) aggcaggcCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGTTGCAc < 4:192665/149‑1 (MQ=255) gcaggcCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGTTGCACtt < 6:40355/149‑1 (MQ=255) aggcCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGTTGCACTTcc < 6:298766/149‑1 (MQ=255) gcACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGTTGCACTTCCATCAgcgcg > 2:308683/1‑149 (MQ=255) ttCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGTTGCACTTCCATCAGCGCGCGCTc > 8:101854/1‑149 (MQ=255) cGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGTTGCACTTCCATCAGCGCGCGCTCGAttt > 1:224381/1‑149 (MQ=255) ttCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGTTGCACTTCCATCAGCGCGCGCTCGATttccttcc < 6:103064/149‑1 (MQ=255) cGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGTTGCACTTCCATCAGCGCGCGCTCGATTTCCTTCCa < 3:221936/148‑1 (MQ=255) gTGCACCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCtt < 6:270697/96‑1 (MQ=255) gTGCACCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCtt > 5:270697/1‑96 (MQ=255) cgccgccgcCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGTTGCACTTCCATCAGCGCGCGCTCGATTTCCTTCCAGCTg < 6:183525/148‑1 (MQ=255) gccgccgccTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGTTGCACTTCCATCAGCGCGCGCTCGATTTCCTTCCAGCTgcg > 2:22419/1‑149 (MQ=255) | ATTACCCTGCGCCAGGCATTCCCCGGTCAGCATGGCCAGTTCCTGGCACTCTCGCGGTGCCTTCAGGCGCTGGTTGACGGCTTTGATCGATGTCGGTGGCAACCCCCGCAACAGGCAGGCCCAGCGCACGTTCAGCGGTTGTTCGTGCGCCGCCGCCTGCTCCAGCGCCGCCAATGTCCGGGAGCCGTCATCGAGCTCAGGCAGCAGCTCCTGCAGGGCCCCACACGCGCTCAGCACCTTGAAGAATACCTGCGGTTGCACTTCCATCAGCGCGCGCTCGATTTCCTTCCAGCTGCG > NC_002947/478647‑478943 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |