Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,013,846 | T→G | 22.7% | intergenic (+51/+59) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,013,846 | 0 | T | G | 22.7% | 58.0 / 12.6 | 37 | intergenic (+51/+59) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/20); new base G (5/3); total (13/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.25e-01 |
AGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCC > NC_002947/6013698‑6013977 | aGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGt > 1:204644/1‑149 (MQ=255) aGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGt > 7:138690/1‑149 (MQ=255) gcCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGaa < 4:138203/149‑1 (MQ=255) cGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCtgtg < 2:204644/149‑1 (MQ=255) gAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGc < 3:149449/149‑1 (MQ=255) gACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCtgt > 1:175136/1‑142 (MQ=255) gACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCtgt < 2:175136/141‑1 (MQ=255) ccAGGGTTACCGCGTTGAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTgg < 8:3398/149‑1 (MQ=255) aGGGTTACCGCGTTGAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGa < 5:259517/149‑1 (MQ=25) ttACCGCGTTGAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCgg < 1:296415/149‑1 (MQ=21) ccGCGTTGAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGc < 8:138690/148‑1 (MQ=255) cgcgTTTAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGt < 5:108302/149‑1 (MQ=255) cgcgTTGAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCGGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAACCGCGACACCTGCTGCGCGGGCACGCCCGTTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGt < 1:239058/149‑1 (MQ=255) cgTTGAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCACCCCCAGCTTCAGCACACGGCTCCAAACCAGTGCCGTACCTGAGCGACCCGGCGTGc > 3:272273/1‑149 (MQ=255) tCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCCCTACCACCGGTGCAGCACAGGTGTGGAACGCGGTGGCGTAACGGTGGGAGCGGGCGTGGCcgcgca > 7:42416/1‑147 (MQ=255) gCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGcc < 2:183399/148‑1 (MQ=255) tGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCt < 3:98128/149‑1 (MQ=255) gTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGACCGCCCGCTCCCACAGGGTCAGCCCAGGGATCGCAAGCGGTGGCGGACCTGTGTGTGCGGGCGTGGCCGCGAAAGGCCGCAAACCgtttt > 8:136333/1‑148 (MQ=255) gCTCGAATGTGGTGTGGTCAGCTTCCTCGAAAAAACCCGACACCTGCTACGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCt < 7:136333/149‑1 (MQ=37) cgggACGGGGGTGTGGCCAGCTTCATCCAAAAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCCCCGGGGCAGCACAGGCCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTg < 7:249297/147‑1 (MQ=25) ggtgtggtCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGc > 8:278437/1‑108 (MQ=14) ggtgtggtCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGc < 7:278437/108‑1 (MQ=14) tgttCAGCTTCATCTAATAAACGCTACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACGGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGcc < 8:42416/146‑1 (MQ=38) ggtCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGGCGCCCCGGGCTGGCACGCGGTGGCGGTCCTGTGGGGGCGGGCGGGCCCGCGAATGGGCGCCACCCGGTTATATGGTTGGCGGCAGccc > 2:83753/1‑149 (MQ=19) cTTCATCGAATAACCGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGc < 1:97220/146‑1 (MQ=255) cTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTACCACAGGTGCAGCAAAGGTATCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCATTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaa > 7:1146/1‑149 (MQ=38) cTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACCCCCCCAACCACACGTGCCGCACAGGTCTAGCACCCGGTGGCGGACCGGTGGGAGCGGGGGGGCCCGCGCAAGGCCGCAACCCGTTTATCTGGTTTGCGCccccccccccca > 8:171760/1‑147 (MQ=255) aTCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaacaa > 3:194494/1‑148 (MQ=255) aTCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCAGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaacaa > 5:143646/1‑148 (MQ=255) acCTGCTTCGCGGGCACGGGCGCTCCCTCTGGTGCAGCACAGGTCTCGATCGCTGTGCCGTACCTGTGTGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCTCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGtt < 4:272273/149‑1 (MQ=38) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTcttctt < 4:194494/149‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc < 7:75076/149‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc < 7:40251/149‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc > 8:75076/1‑149 (MQ=255) gcccACCGGTGCAGCCCAGGTCTCGACCGCTGTGCCGTACCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGc < 1:128476/148‑1 (MQ=255) cccACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcc > 5:94799/1‑149 (MQ=21) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc < 3:141745/149‑1 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcc < 7:171760/148‑1 (MQ=255) acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcccc > 4:171637/1‑148 (MQ=255) | AGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCG‑CTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCC > NC_002947/6013698‑6013977 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |