Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,019,279 | A→C | 10.4% | intergenic (‑80/+65) | dadX ← / ← dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,019,279 | 0 | A | C | 10.4% | 153.0 / 8.4 | 56 | intergenic (‑80/+65) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/23); new base C (4/2); total (31/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
ACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCG > NC_002947/6019137‑6019425 | aCGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTc < 7:130865/149‑1 (MQ=255) cAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGc > 2:85497/1‑149 (MQ=255) cAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGc > 1:37536/1‑149 (MQ=255) gTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTTTGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCCCAGGTCGTGGACAGCTTTCAAAAGCggtggg > 7:179887/1‑148 (MQ=255) tAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGgtggtg > 2:282191/1‑149 (MQ=255) gTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGtt > 6:303314/1‑149 (MQ=255) gcgcAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCtgtg > 6:172594/1‑149 (MQ=255) gcgcAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCtgt < 5:200416/148‑1 (MQ=255) gcgcAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCtgt < 2:37536/148‑1 (MQ=255) aGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAg < 3:129043/149‑1 (MQ=255) ccTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCggg < 1:282191/149‑1 (MQ=255) ggAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTGCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCaa < 1:232983/149‑1 (MQ=255) gAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAg > 6:192602/1‑149 (MQ=255) aTCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCg > 5:57631/1‑136 (MQ=17) aTCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCg < 6:57631/136‑1 (MQ=17) aGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGc > 3:168071/1‑136 (MQ=255) aGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGc < 4:168071/136‑1 (MQ=255) aGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAAt < 5:172594/148‑1 (MQ=255) gggCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCtgt < 7:237866/125‑1 (MQ=255) gggCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCtgt > 8:237866/1‑125 (MQ=255) 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cGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTActgc < 6:235653/149‑1 (MQ=255) ccTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGGGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGa < 3:104289/149‑1 (MQ=255) ccTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTAGTGAACAGCTTTAAAAAGCGGTGGTGTTCCAGAGGGAGCGGGCAAGCCCGAAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTg > 5:168717/1‑148 (MQ=38) cTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAg > 1:71436/1‑149 (MQ=255) ttATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGc > 6:66092/1‑149 (MQ=255) ttATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGc > 5:243939/1‑149 (MQ=255) gtggtTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTTGCCCCACCCCCAAGTGGGGGAAAGCGTTAAAAAACGGTGGTGTTTCTGTGGGATCGGGCCACCCCCCAAATTGGCCCGGCCAGGCTGTTTAATG‑TGGTGAGCCGgcg > 2:287549/1‑149 (MQ=255) gAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGt > 4:198185/1‑149 (MQ=255) aaaTCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGt < 5:303314/148‑1 (MQ=255) cGGGGGTGGATTATTCGCGGGCTGGCCCGCCCCCCCAGGTCGGGCACCCCTTGCAAACGCGGGGGTGGTCCTGGGGGCGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGGGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTg < 4:174337/149‑1 (MQ=255) ggtggtGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTgg > 6:219869/1‑149 (MQ=255) attattCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTcc < 1:45504/149‑1 (MQ=255) ttattCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTccc > 1:56986/1‑149 (MQ=255) cgGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTAtt < 1:85497/149‑1 (MQ=255) ggcctgccccGCCCCCACCGGCCGGCCACAGATTTCAAACGCGGGGGGGTCCGGGGGGGCGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTg < 1:287549/142‑1 (MQ=255) cccGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAAc < 5:66092/149‑1 (MQ=255) cccGCTCCCACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAAc > 5:209710/1‑149 (MQ=18) cccGCTCCCACAGGAACACCACCGCTTTTAAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAAc > 3:208876/1‑149 (MQ=18) ccGCTCCCACAGGAACACCACCGCTTTTGAAAGCTGTGCACGACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGcaagaa > 1:262689/1‑142 (MQ=17) cTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGga < 6:243939/149‑1 (MQ=255) tCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACgg > 7:155684/1‑146 (MQ=255) ccACAGGTCGTGCACAGCTTTCGAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGgaga > 7:47211/1‑148 (MQ=255) ggTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCAGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATc > 5:219708/1‑147 (MQ=255) ggcGTGCATAGTTTTCAATTGCGTTGGTGTTCGTGGGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAg < 8:179887/147‑1 (MQ=255) gTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAg < 3:198185/149‑1 (MQ=255) gCACAGGTTTCAAATGCGGTGGTGTTCGTTTTGGTGGTGTCAAGCCCTCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCTCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGATATATCCAGGCCt < 6:168717/148‑1 (MQ=255) acaGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGATG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCg > 6:102292/1‑149 (MQ=255) | ACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTG‑TTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCG > NC_002947/6019137‑6019425 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |