Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,023,226 | G→T | 8.7% | intergenic (+141/+3) | PP_5273 → / ← PP_5274 | oxidoreductase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,023,226 | 0 | G | T | 8.7% | 136.5 / 3.1 | 46 | intergenic (+141/+3) | PP_5273/PP_5274 | oxidoreductase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/21); new base T (2/2); total (23/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 |
ACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGGTCAGCTGCAGCAACGCCCTGCGGGTATGCCAGCGATGCAGCATCAGCCCCCAACGCCCCAAAC > NC_002947/6023080‑6023371 | aCTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCgt < 4:39106/148‑1 (MQ=255) cTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCgtgt < 1:281736/149‑1 (MQ=255) ttGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCgtgt > 2:261780/1‑148 (MQ=255) ttGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCgtgt > 4:295578/1‑148 (MQ=255) gAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAg > 6:40227/1‑149 (MQ=255) gAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAg > 3:195983/1‑149 (MQ=255) aaaGTCCCCATCCTTTTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCTCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGTAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAg < 7:293168/148‑1 (MQ=255) ccccATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTc > 6:220161/1‑149 (MQ=255) cccATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTc < 7:30898/148‑1 (MQ=255) ccATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTc > 2:44219/1‑147 (MQ=255) aTCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAg > 6:128837/1‑148 (MQ=255) ttGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAggg > 2:38818/1‑149 (MQ=255) tgGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAACGGttt < 7:281025/149‑1 (MQ=255) agcaACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGc < 2:108591/149‑1 (MQ=255) caACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGccc < 3:295578/149‑1 (MQ=255) cTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGaa < 2:285545/134‑1 (MQ=255) cTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGaa > 1:285545/1‑134 (MQ=255) tCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCTTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGAt > 5:207046/1‑149 (MQ=255) tCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCTTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGAt > 5:202550/1‑149 (MQ=255) cTTAAAATCTAACAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCgg < 7:270857/148‑1 (MQ=255) ttAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGc > 1:233341/1‑149 (MQ=255) aaaaTCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGc < 5:128837/147‑1 (MQ=255) aaaTCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCt < 1:44219/148‑1 (MQ=255) tCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCgtgt < 8:44835/105‑1 (MQ=255) tCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGAGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTc > 4:120753/1‑149 (MQ=255) 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acaGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGGTCAGCTgcag > 1:297403/1‑148 (MQ=255) tGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGGTCAGCTGCAGCAACGCCCTGc < 8:284311/149‑1 (MQ=255) cAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCTTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGGTCAGCTGCAGCAACGCCCTGCgg < 6:207046/149‑1 (MQ=255) cAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCTTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGGTCAGCTGCAGCAACGCCCTGCgg < 6:202550/149‑1 (MQ=255) gTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGGTCAGCTGCAGCAACGCCCTGCGGGTa > 2:26193/1‑149 (MQ=255) gTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGGTCAGCTGCAGCAACGCCCTGCGGGTATGCCAGc > 6:83782/1‑149 (MQ=255) gTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGGTCAGCTGCAGCAACGCCCTGCGGGTATGCCAGc < 2:233341/149‑1 (MQ=255) ggAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGGTCAGCTGCAGCAACGCCCTGCGGGTATGCCAGCGATgca < 5:83782/149‑1 (MQ=255) gAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGGTCAGCTGCAGCAACGCCCTGCGGGTATGCCAGCGATgcag > 2:144348/1‑149 (MQ=255) caGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGGTCAGCTGCAGCAACGCCCTGCGGGTATGCCAGCGATGCAGCATCAg > 5:128643/1‑149 (MQ=255) aTCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGGTCAGCTGCAGCAACGCCCTGCGGGTATGCCAGCGATGCAGCATCAGCCCCCAACGCCCCAAAc < 1:144348/149‑1 (MQ=255) | ACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGGTCAGCTGCAGCAACGCCCTGCGGGTATGCCAGCGATGCAGCATCAGCCCCCAACGCCCCAAAC > NC_002947/6023080‑6023371 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |