| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,071,883 | C→G | 9.8% | L214F (TTG→TTC) | pstB‑II ← | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,071,883 | 0 | C | G | 9.8% | 233.5 / 14.6 | 82 | L214F (TTG→TTC) | pstB‑II | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/28); new base G (5/3); total (51/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.27e-01 | |||||||||||
ACAGGGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTGACCTC > NC_002947/6071735‑6072029 | aCAGGGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCTGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTTCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTc < 7:128754/149‑1 (MQ=255)aCAGGGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTc < 1:35467/149‑1 (MQ=255) tatcggtatcCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTGAAGGTc < 8:151099/149‑1 (MQ=255) 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cgcgGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGa < 8:218452/126‑1 (MQ=255) cgcgGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGa > 7:218452/1‑126 (MQ=255) gtgtAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTc < 6:57998/149‑1 (MQ=255) gtgtAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTc > 5:15804/1‑149 (MQ=255) ccGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCaa < 8:1178/129‑1 (MQ=255) ccGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCaa > 7:1178/1‑129 (MQ=255) acGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCaa < 2:77599/149‑1 (MQ=255) cgcgCCGGTTGCTTCATGTTGTGGGTCAGGATGACGATGGTGTAGTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCAGCTCCGGCTcg < 2:158097/141‑2 (MQ=255) cgcgCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTcc > 1:158097/1‑141 (MQ=255) gcgcCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTc > 3:39299/1‑133 (MQ=255) gcgcCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTc < 4:39299/133‑1 (MQ=255) gcgcCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATg < 6:15804/149‑1 (MQ=255) cgccgcTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATgg > 8:150536/1‑149 (MQ=255) gcATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATg < 7:150536/149‑1 (MQ=255) cATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGa > 8:62115/1‑149 (MQ=255) gttgtGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGAc > 7:21815/1‑147 (MQ=255) ttgtGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAg < 7:62115/149‑1 (MQ=255) 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< 5:10984/145‑1 (MQ=255) acgatgGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGcc > 3:253674/1‑149 (MQ=255) gatgGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCAc > 5:94866/1‑149 (MQ=255) gatgGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCAc > 5:99037/1‑149 (MQ=255) gtACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCTAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGa > 6:235895/1‑147 (MQ=255) aCTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAgg > 1:127250/1‑149 (MQ=255) cTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCTAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGc < 5:235895/149‑1 (MQ=255) cTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGc > 6:6052/1‑149 (MQ=255) ttGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGcc > 7:227115/1‑149 (MQ=255) ttGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGcc > 7:10882/1‑149 (MQ=255) ttGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGACGAGCACGGTTCGTAAAGCACCAGCACATCCGGCTCCACGGCAATCTTGCGCGCTATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCTGACAggac > 1:53472/1‑147 (MQ=255) 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aTTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAgcgc < 2:277514/145‑1 (MQ=255) aTTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAgcgc > 1:277514/1‑145 (MQ=255) gATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTg > 2:101967/1‑147 (MQ=255) aTCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAg > 5:59587/1‑149 (MQ=255) aTCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAg > 4:155987/1‑149 (MQ=255) 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< 8:107399/135‑1 (MQ=255) ttcttcGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGt > 2:89580/1‑149 (MQ=255) gatctcGACCTTGAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGt > 8:173309/5‑149 (MQ=255) tctcGACCTTGAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTcc > 3:206810/3‑149 (MQ=255) cttcGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTcc > 5:50305/1‑149 (MQ=255) ttcGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCAACGGCAATGGTGCGCGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGAGGTCCt > 6:262828/1‑149 (MQ=255) ctcGACCTTGAAGGTCGAGATTGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCt > 2:102530/2‑149 (MQ=255) ctcGACCTTGAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGa < 1:28758/88‑1 (MQ=255) ctcGACCTTGAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGa > 2:28758/2‑89 (MQ=255) aCCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTGAc > 7:224931/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTGACCTc > 2:275201/1‑149 (MQ=255) | ACAGGGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTGACCTC > NC_002947/6071735‑6072029 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |