Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 519,623 | T→G | 11.7% | S338A (TCC→GCC) | argC → | N‑acetyl‑gamma‑glutamyl‑phosphate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 519,623 | 0 | T | G | 11.7% | 157.0 / 13.9 | 60 | S338A (TCC→GCC) | argC | N‑acetyl‑gamma‑glutamyl‑phosphate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/23); new base G (5/2); total (35/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.75e-01 |
AACGTCTGCCGCATTGCCGTTCATCGTCCGCAGGGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGCGGATAATGCGCGTCATCGAGTTT > NC_002947/519476‑519763 | aaCGTCTGCCGCATTGCCGTTCATCGTCCGCAGGGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTc > 1:228145/1‑149 (MQ=255) ccGCATTGCCGTTCATCGTCCGCAGGGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCg > 6:9175/1‑149 (MQ=255) cggaTTGCCGTTCATCGTCCGGAGGGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCgg < 2:81594/146‑1 (MQ=255) aTTGCCGTTCATCGTCCGCAGGGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCtt < 1:57274/149‑1 (MQ=255) ttGCCGTTCATCGTCCGCAGGGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACACTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTtg > 2:47922/1‑149 (MQ=255) gTTCATCGTCCGCAGTGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACGTGGTCAAGGGTGCCTCCGGGCTGGCGGTGCAGAACCTCAAGATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTGCCATGCCGGCTTGCTGcc < 4:82794/149‑1 (MQ=255) cATCGTCCGCAGGGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGt > 7:215962/1‑148 (MQ=255) tCGTCCGCAGGGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGcgc > 5:80238/1‑132 (MQ=255) tCGTCCGCAGGGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGcgc < 6:80238/134‑3 (MQ=255) tCGTCCGCAGGGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAg < 4:67467/149‑1 (MQ=255) tCCGCAGGGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGgcc > 7:245470/1‑149 (MQ=255) cGCAGGGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCGTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGgccgc > 2:76368/1‑149 (MQ=255) cGCAGGGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGgccgc > 2:268750/1‑149 (MQ=255) ggtggtGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCa > 8:268015/1‑149 (MQ=255) tggtgATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACACTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCAtt < 1:47922/149‑1 (MQ=255) aTCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGaa < 5:9175/148‑1 (MQ=255) gtggtggtgCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAgg < 8:15309/147‑1 (MQ=255) gtggtggtgCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAg < 2:228145/146‑1 (MQ=255) cTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGACTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCACATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGaaaacg > 2:259676/1‑136 (MQ=255) 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cGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCgg > 7:253976/1‑148 (MQ=255) aTCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCttt < 8:215962/149‑1 (MQ=255) aTCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCttt > 8:52724/1‑149 (MQ=255) aTCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCttt > 3:276110/1‑149 (MQ=255) aTCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCtt < 7:268015/148‑1 (MQ=255) tCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCtttt > 2:100493/1‑149 (MQ=255) aCAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTg > 6:245674/1‑148 (MQ=255) cAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTg > 2:143550/1‑147 (MQ=255) cAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGCCCCGCACGACGCGGGCCttttccaa < 8:260282/149‑5 (MQ=255) tGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTcg > 6:58000/1‑149 (MQ=255) tCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGa < 7:52724/149‑1 (MQ=255) ggTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTa > 8:251678/1‑147 (MQ=255) ccAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGcgtc > 4:42680/1‑108 (MQ=255) ccAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGcgtc < 3:42680/108‑1 (MQ=255) ccAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAAt > 3:67240/1‑148 (MQ=255) cAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTgg > 8:169268/1‑93 (MQ=255) cAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTgg < 7:169268/93‑1 (MQ=255) gCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCtt > 2:265280/1‑148 (MQ=255) cGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGa < 3:246342/149‑1 (MQ=255) taCCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGAttt > 6:27309/2‑148 (MQ=255) cTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTtctc > 4:232440/1‑149 (MQ=255) tCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCAAGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCg > 8:186693/1‑149 (MQ=255) cATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGa > 2:272784/1‑148 (MQ=255) cTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGc < 1:143550/148‑1 (MQ=255) ttCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGCGGa > 5:300867/1‑148 (MQ=255) ttCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGCGGa < 5:140962/148‑1 (MQ=255) tCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGCGGATAATgc < 6:300867/149‑1 (MQ=255) aTGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCTCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGCGGATAATGCGCGt < 4:276110/148‑1 (MQ=255) ccggcATGGGACAGGCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGCGGATAATGCGCGTCATc > 1:136886/4‑149 (MQ=255) cggcATGGGACAGGCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGCGGATAATGCGCGTCATc > 2:15475/3‑148 (MQ=255) cggcATGGGACAGGCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGCGGATAATGCGCGTCATc > 2:20123/3‑148 (MQ=255) ggcATGGGACAGGCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGCGGATAATGCGCGTCATc > 4:295414/2‑147 (MQ=255) gcATGGGACAGGCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGCGGAt < 6:109006/133‑1 (MQ=255) gcATGGGACAGGCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGCGGAt > 5:109006/1‑133 (MQ=255) cATGGGACAGGCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGCGGATAATGCGCGTCATCGAGt < 2:136886/149‑1 (MQ=255) tGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGCGGATAATGCGCGTCATCGAGttt < 1:265280/149‑1 (MQ=255) | AACGTCTGCCGCATTGCCGTTCATCGTCCGCAGGGTGGTGATCTGGTGGTGGTGCTTTCGGTGATCGACAACCTGGTCAAGGGTGCCTCCGGCCAGGCGGTGCAGAACCTCAACATTCTGTTCGGTCTGGATGAGCGCATGGGCCTGTCCCATGCCGGCTTGCTGCCGTAAGGCCGCCAGCATTGGAAAAGGCCCGCGTCGTGCGGGCCTTTTTGCAGGTCGCGACTAAAGCCGCACAATTCTTGACCGATTTTCTCGGGAAAGCGGATAATGCGCGTCATCGAGTTT > NC_002947/519476‑519763 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |