Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 555,768 | C→A | 10.7% | H29N (CAC→AAC) | rplN → | 50S ribosomal protein L14 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 555,768 | 0 | C | A | 10.7% | 158.7 / 9.2 | 56 | H29N (CAC→AAC) | rplN | 50S ribosomal protein L14 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/25); new base A (4/2); total (29/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.03e-01 |
GGCACTGGTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGTTC > NC_002947/555621‑555907 | ggCACTGGTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCa < 3:120528/149‑1 (MQ=255) cTGGTTGAAGTCCTCGAACGTGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCAccgc < 4:71154/149‑1 (MQ=255) cTGGTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCAccgc < 3:297880/149‑1 (MQ=255) gTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTGCGAAccgccg < 1:6453/148‑1 (MQ=255) gAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTa < 3:193410/148‑1 (MQ=255) aGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGc > 8:97831/1‑149 (MQ=255) gTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCAccgc > 5:188740/1‑140 (MQ=255) gTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCAccgc < 6:188740/140‑1 (MQ=255) gcgcTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCCATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTg < 5:40103/149‑1 (MQ=255) gTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGAcat > 8:174799/1‑148 (MQ=255) gTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGATCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACAtcatca > 4:103804/1‑147 (MQ=255) agggctaagggTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAAc > 2:118463/1‑149 (MQ=255) agggctaagggTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGACAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAAc > 4:193607/1‑149 (MQ=255) ctaagggTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGt > 7:128179/1‑148 (MQ=255) 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ttttATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCtgc < 4:183418/149‑1 (MQ=255) tATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCcgcgc < 4:68764/148‑1 (MQ=255) aTTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGt > 1:71281/1‑147 (MQ=255) ttCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAg > 5:191443/1‑149 (MQ=255) aGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTc < 1:118463/149‑1 (MQ=255) aCTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCa > 1:217006/1‑148 (MQ=255) aaTCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCaaaaaa < 8:128179/149‑1 (MQ=255) ccATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGTTCAAAAAAGGc > 6:76320/1‑149 (MQ=255) aTGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGcc > 5:126844/1‑148 (MQ=255) aTGCTCGATATGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAg > 7:121257/1‑145 (MQ=255) aTGCTCGATATGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAg < 8:121257/145‑1 (MQ=255) aTGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGtgatg < 6:191443/149‑1 (MQ=255) tgtgGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGtgatga < 2:217006/149‑1 (MQ=255) ggCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCg > 5:303017/1‑149 (MQ=255) cGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTTGCACCGCCGTTACGCAGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTg > 2:95884/1‑149 (MQ=255) 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aGGTACACGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCt < 8:240185/149‑1 (MQ=255) ggTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACAGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTAGAGCt > 8:273764/1‑148 (MQ=255) gtaacggcggTGCGAACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGAc > 5:166049/5‑149 (MQ=255) aacggcggTGCGAACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACgg > 3:277103/3‑149 (MQ=255) tCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTAACCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGt > 3:237601/1‑149 (MQ=255) acggcggTGCGAACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGt > 4:140563/2‑149 (MQ=255) acggcggTGCGAACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGt > 2:11418/2‑149 (MQ=255) ggcggTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGt < 3:103804/147‑1 (MQ=255) ggcggTGCGAACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGTTc < 1:11418/149‑1 (MQ=255) ggTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCg < 8:286222/100‑1 (MQ=255) ggTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCg > 7:286222/1‑100 (MQ=255) | GGCACTGGTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGTTC > NC_002947/555621‑555907 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |