| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 563,005 | C→A | 7.1% | P30T (CCT→ACT) ‡ | rpoA → | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 563,005 | 0 | C | A | 7.1% | 221.9 / 4.2 | 77 | P30T (CCT→ACT) ‡ | rpoA | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/37); new base A (4/2); total (38/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
ATCAACGAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAGGAAGAC > NC_002947/562857‑563148 | aTCAACGAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGc > 4:145058/1‑149 (MQ=255) aaCGAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCctc > 8:119884/1‑149 (MQ=255) aCGAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCctct > 4:160529/1‑149 (MQ=255) gAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGATCGAGCCtctc > 4:167042/1‑148 (MQ=255) aaCCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCAAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCACCGACACATTGAAGTGCAGGTAGACAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACTCTCGATCATCTCGAGc > 4:201129/1‑149 (MQ=255) ccTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGt < 5:2989/149‑1 (MQ=255) cTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑g < 1:108666/149‑1 (MQ=255) cTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑g < 3:160529/149‑1 (MQ=255) cTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑g > 2:5292/1‑149 (MQ=255) aTTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGtt < 1:164287/149‑1 (MQ=255) tCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCgg > 3:146146/1‑149 (MQ=255) aGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGc < 3:78310/127‑1 (MQ=255) aGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGc > 4:78310/1‑127 (MQ=255) ctctACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATa > 7:212138/1‑149 (MQ=255) ctACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAGATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATAcc > 7:159331/1‑149 (MQ=255) tACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATAccc > 1:282991/1‑149 (MQ=255) cTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCGCATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCt < 7:77787/148‑1 (MQ=255) cTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTg < 8:212138/149‑1 (MQ=255) tCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTgg > 2:278525/1‑149 (MQ=255) tCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTgg > 2:250430/1‑149 (MQ=255) cAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTgg < 3:145058/147‑1 (MQ=255) cAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGc < 2:99929/149‑1 (MQ=255) aGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCaa < 6:191193/149‑1 (MQ=255) aGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAAcgcg < 4:146146/149‑1 (MQ=255) gAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGTTGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGcgcc < 1:250430/149‑1 (MQ=255) gAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGcgcc > 3:11862/1‑149 (MQ=255) caaaaTAGTTGAATCCATGAAGAATTCGGTAAATCAGTACCTGACTACCCCCCACATTGAAGTGCAGGAAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATAACGATCTAGCATCTCGACCGA‑GTATACGGCAATACCCTGCTCAACGAGAAGcgcc > 8:223477/2‑149 (MQ=255) gttcATCCATGCAGATTTCGTTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGCACCGCGCCAAAATTACGCTCGAGACTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCAGACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATccag > 6:270962/4‑147 (MQ=255) gTGCATCCATGCAGATTTCGGTACATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCtg < 8:159331/149‑1 (MQ=255) gCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAAAGCGCTGCGCCGCATCCtgtt > 1:99909/1‑149 (MQ=255) catgcatgCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCtgtt < 5:248655/148‑1 (MQ=255) cATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCtgtt < 7:119884/148‑1 (MQ=255) aTCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCtgttgt > 5:45161/1‑149 (MQ=255) aTCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCtgttgt > 7:14690/1‑149 (MQ=255) tCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGtc < 4:41773/149‑1 (MQ=255) cATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGtcct < 1:278525/149‑1 (MQ=255) aGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTTAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATg > 7:235940/1‑149 (MQ=255) ttCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTTAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCt < 8:235940/148‑1 (MQ=255) ttCGGTAAATGAGTTCCTGACTCACCTCCACATTGATTTGCAGGTTGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTGGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCt < 3:201129/148‑1 (MQ=255) ggTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGc > 4:156532/1‑148 (MQ=255) ggTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGc < 3:156532/148‑1 (MQ=255) aaTGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCAAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCtgtg < 6:45161/148‑1 (MQ=255) aTGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCa < 4:11862/149‑1 (MQ=255) aGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCagta < 3:167042/149‑1 (MQ=255) gTTCCTTACTCCACGCCACATTTCTGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCTCGCCAAAATTACGCTGGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCGTGGCTGTGCagtag < 7:223477/149‑1 (MQ=255) ccTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTc > 6:150994/1‑148 (MQ=255) cTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTc > 4:145142/1‑147 (MQ=255) cccGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTg < 4:244969/126‑1 (MQ=255) cccGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTg > 3:244969/1‑126 (MQ=255) acaTTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGAt > 1:132874/1‑149 (MQ=255) caTTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATg < 3:145142/149‑1 (MQ=255) agtcagtcCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGAGTACTcatggag > 8:112497/1‑142 (MQ=255) tcagtcCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTAc > 1:172292/1‑149 (MQ=255) agtcCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTc > 4:141459/1‑149 (MQ=255) tcCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCcg < 5:150994/149‑1 (MQ=255) tcCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGAGTACTCATGGAGTACGcca < 7:112497/149‑2 (MQ=255) cGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCcgc > 2:233291/1‑148 (MQ=255) gcgcCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCg > 1:192727/1‑148 (MQ=255) cgcCAAAATTAGGCTCGAGCCTCTCGTGCGT‑TGTTTGGGCCATTCCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTTTCCTCCATGCCTGTCTGTGCAGTAGTCGAGGCCTAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAg < 5:270962/149‑1 (MQ=255) cgcCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAg < 5:259532/149‑1 (MQ=255) cgcCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAg < 4:6663/149‑1 (MQ=255) cgcCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAg < 7:279810/149‑1 (MQ=255) cgcCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAg < 2:192727/149‑1 (MQ=255) ccAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTAGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGgt > 2:113290/1‑149 (MQ=255) cgaaaccaCGCTCGAGAGGCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCCTCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGgtg > 7:207931/8‑149 (MQ=255) cAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCtgt > 4:49677/1‑91 (MQ=255) cAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCtgt < 3:49677/91‑1 (MQ=255) cAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATc > 7:123583/1‑112 (MQ=255) cAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATc < 8:123583/112‑1 (MQ=255) cAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGgtg < 3:141459/149‑1 (MQ=255) aaaaTTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGgtgt < 2:282991/149‑1 (MQ=255) aaaTTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGgtgt > 4:139607/1‑148 (MQ=255) ttACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAg > 6:204193/1‑149 (MQ=255) caCGCTCGAGAGGCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGc > 2:307949/2‑112 (MQ=255) caCGCTCGAGAGGCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGc < 1:307949/111‑1 (MQ=255) aCGCTCGAGAGGCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTGCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAg < 6:197816/147‑1 (MQ=255) aCGCTCGAGAGGCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCAGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAg > 5:197816/1‑147 (MQ=255) gCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGa < 6:122846/120‑1 (MQ=255) gCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGa > 5:122846/1‑120 (MQ=255) cGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTTGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTACGCGATCGAAGGGGTTCAGGAAGAc > 8:269999/1‑148 (MQ=255) | ATCAACGAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGT‑GGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAGGAAGAC > NC_002947/562857‑563148 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |