| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 566,888 | G→A | 13.5% | L870L (CTG→TTG) | uvrA ← | uvrABC excinuclease protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 566,888 | 0 | G | A | 13.5% | 146.1 / 12.4 | 59 | L870L (CTG→TTG) | uvrA | uvrABC excinuclease protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/24); new base A (3/5); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.28e-01 | |||||||||||
GGCAATGATCTGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTGGTCGCTGATTGCCCCAGT > NC_002947/566748‑567033 | tgCAATGATCTTCCCACACTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCATGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGa < 3:42578/148‑1 (MQ=255)ggCAATGATCTGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGa > 3:99731/1‑149 (MQ=255) gCAATGATCTGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAACTGCTGGac < 6:224974/149‑2 (MQ=255) aTCTGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCgg > 4:155649/1‑148 (MQ=255) aTCTGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAACTGCTGGacgtatt < 2:257370/148‑7 (MQ=255) tGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCa > 6:33361/1‑147 (MQ=255) cccACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCaaa < 6:12808/147‑1 (MQ=255) ccTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATAACGGCAAAGTGCAgg > 7:74937/1‑149 (MQ=255) gAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCggt > 5:182933/1‑149 (MQ=255) aCCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCggtgg > 2:50635/1‑149 (MQ=255) gCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAACTGCTGGacgtat > 4:171839/1‑122 (MQ=255) gCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAACTGCTGGacgtat < 3:171839/127‑6 (MQ=255) gCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAACTGCTGGac < 3:122148/123‑2 (MQ=255) gCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAACTGCTGGac > 4:122148/1‑122 (MQ=255) cccTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAgg > 4:143665/1‑149 (MQ=255) 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ccAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGt < 3:299408/140‑1 (MQ=255) ccAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACCTTATTGCCGTGGTCCAGCAGGCGATGCAATACTTCCAGCAGTTGCTGGATATCGTCAAAGTGCAGTCCGGTGGTAGGTTCGTCGAg > 2:206688/1‑148 (MQ=255) ccACGTCAATCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCATGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAgg < 8:74937/149‑1 (MQ=255) gccagTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAg > 5:306502/1‑146 (MQ=255) gccagTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAg < 6:306502/146‑1 (MQ=255) tCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGcc > 6:33639/1‑149 (MQ=255) ttGATCCCAACGAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAAGACGTCAAGCAGTTGCGGGATATAGGGAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTTCAGGTATcgag > 4:45991/1‑147 (MQ=255) gATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCt > 1:186257/1‑149 (MQ=255) aTCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCt < 3:143665/148‑1 (MQ=255) acaTCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTgg < 4:47253/148‑1 (MQ=255) acaTCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTgg > 3:47253/1‑148 (MQ=255) ccAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAgg > 6:179377/1‑113 (MQ=255) ccAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAgg < 5:179377/113‑1 (MQ=255) aGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTc > 3:173812/1‑149 (MQ=255) ttATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTcgcg < 7:62374/149‑1 (MQ=255) aTGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTcgcgc < 4:99731/148‑1 (MQ=255) tGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGa < 5:33639/149‑1 (MQ=255) gATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGc < 5:104695/148‑1 (MQ=255) caccacGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACTTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTAccc > 6:116335/1‑149 (MQ=255) accacGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCg > 5:210160/1‑149 (MQ=255) acGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTg < 8:276591/149‑1 (MQ=255) 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cgcAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACaa < 4:173812/149‑1 (MQ=255) ggCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTg < 1:50635/149‑1 (MQ=255) gATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTGGTc < 3:155649/149‑1 (MQ=255) gATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTGGTc > 6:133947/1‑149 (MQ=255) gCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACGGCCGGACAACGTGGTCGCt > 5:232808/1‑149 (MQ=255) cgatatCCAGCAACTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTGGTCGCTGAt > 3:275237/6‑149 (MQ=255) tACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTGGTCGCTGAtt < 3:161534/149‑1 (MQ=255) gatatCCAGCAACTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTGGTCGCTGAtt < 4:275237/145‑1 (MQ=255) cGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTGGTCGCTGATTGc < 5:133947/149‑1 (MQ=255) gTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGTACGGTGTTAGGTTAGTCGAGGATGTACAAGTTCTTGAAGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGACGGAGAACGTGCTCGCTGATTGca > 2:202403/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTGGTCGCTGATTGccc > 5:152503/1‑148 (MQ=255) gcagTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTGGTCGCTGATTGCCCCAGt > 1:227413/1‑149 (MQ=255) | GGCAATGATCTGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTGGTCGCTGATTGCCCCAGT > NC_002947/566748‑567033 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |