Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 612,844 | G→C | 8.4% | Y446* (TAC→TAG) | dxs ← | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 612,844 | 0 | G | C | 8.4% | 170.3 / 4.6 | 57 | Y446* (TAC→TAG) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/29); new base C (2/3); total (25/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.84e-01 |
CGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCACGTCGTGGATCAGCTGGTCGTAGGCACGCTGCAGGAAGGTGGAGT > NC_002947/612702‑612986 | cGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGt > 1:180232/1‑144 (MQ=255) cGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGt < 2:180232/144‑1 (MQ=255) cGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGa < 5:141058/148‑1 (MQ=255) tGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAgg > 1:293207/1‑149 (MQ=255) ggCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGt < 4:206088/148‑1 (MQ=255) gcgcATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAg > 4:291597/1‑149 (MQ=255) gcATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGCTACGACCTGTCGTACCt < 2:143336/149‑1 (MQ=255) aTTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGc < 3:291597/149‑1 (MQ=255) aTTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGc > 7:289090/1‑149 (MQ=255) aTTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGCTACGACCTGTCGTACCTGc < 5:10835/149‑1 (MQ=255) tCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCg > 8:64249/1‑149 (MQ=255) gggCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGc > 3:7770/1‑149 (MQ=255) gCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGt > 3:121444/1‑149 (MQ=255) cGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTgg < 4:121444/149‑1 (MQ=255) gTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGt > 5:248823/1‑149 (MQ=255) gggTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTc < 1:257907/149‑1 (MQ=255) tACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTTCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTc < 6:248823/149‑1 (MQ=255) gTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCg > 3:214916/1‑149 (MQ=255) cAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGAc < 2:293207/148‑1 (MQ=255) cggcccggccGTTCTACACCAGGCCGGTGCTGAGCATCTATACCAGTTCGAACTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGAAGCAGCCCAGCAACGACAGGTCCAACCTGACGGcct > 2:128917/1‑121 (MQ=255) cGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAgg < 4:7770/149‑1 (MQ=255) gTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTGATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTGGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCTACCAGGCCGGCGcgat < 3:132976/149‑1 (MQ=255) gTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGgcgc < 1:245265/146‑1 (MQ=255) gTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGgcgc > 2:245265/1‑146 (MQ=255) ttGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGcgatc < 7:64249/149‑1 (MQ=255) ttGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGGCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGcgatc < 5:122863/149‑1 (MQ=255) aCAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATg > 5:128447/1‑149 (MQ=255) gTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGAATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCg > 2:124748/1‑148 (MQ=255) cGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCTCCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAg > 3:181281/1‑148 (MQ=255) ggTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCTGGGATGAAGCGAAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGAGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCa > 4:61564/1‑149 (MQ=255) aGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGTGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCg < 4:214916/147‑1 (MQ=255) aTCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGtt < 8:289090/149‑1 (MQ=255) ttGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGAc < 3:90358/107‑1 (MQ=255) ttGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGAc > 4:90358/1‑107 (MQ=255) ttGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTg > 6:234910/1‑149 (MQ=255) gcgcAGTTCGTTCTCGTCGCTTGTGGTGATCCCCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACTGGGCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTg < 3:233191/147‑1 (MQ=255) cgcAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCTCCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCAc < 4:181281/149‑1 (MQ=255) aGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAAc > 6:9507/1‑126 (MQ=255) aGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAAc < 5:9507/126‑1 (MQ=255) gttcTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCAcgt > 1:106320/1‑149 (MQ=255) ctcGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGCTACGACCTGTCGTACCTg > 4:64461/1‑64 (MQ=37) ctcGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGCTACGACCTGTCGTACCTg < 3:64461/64‑1 (MQ=37) tcgtcgCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACa > 7:59819/1‑118 (MQ=255) tcgtcgCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACa < 8:59819/118‑1 (MQ=255) gtcgCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCAcgtcgt < 1:124748/146‑1 (MQ=255) gtcgCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCACGTCGTg < 1:103692/147‑1 (MQ=255) tGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCACGTCGTGGATCAGc < 8:85210/149‑1 (MQ=255) ggggTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCACGTCGTGGATCAGCTg < 5:234910/149‑1 (MQ=255) atcaCCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCACGTCGTGGATCAGCTGGTCGTa < 5:93922/149‑1 (MQ=255) aCCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCACGTCGTGGATCAGCTGGTCGTAGGc > 3:61402/1‑149 (MQ=255) cAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCACGTCGTGGATCAGCTGGTCGTAGGCAc > 3:170729/1‑149 (MQ=255) gCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGTCAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCACGTCGTGGATCAGCTGGTCGTAGGCACGc < 2:239257/149‑1 (MQ=255) ccGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCACGTCGTGGATCAGCTGGTCGTAGGCACGCTGCAg > 6:198187/1‑148 (MQ=255) cGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCACGTCGTGGATCAGCTgg < 7:158324/130‑1 (MQ=255) cGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCACGTCGTGGATCAGCTgg > 8:158324/1‑130 (MQ=255) gCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCACGTCGTGGATCAGCTGGTCGTAGGCACGCTGCAGGAAGGTg < 4:170729/148‑1 (MQ=255) gcgcAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCACGTCGTGGATCAGCTGGTCGTAGGCACGCTGCAGGAAGGTGGAGt < 5:198187/149‑1 (MQ=255) | CGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCGCGATCGATGGCGAACAGCACGTCGAGGTTCTGCACCGCCACGTCGTGGATCAGCTGGTCGTAGGCACGCTGCAGGAAGGTGGAGT > NC_002947/612702‑612986 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |