Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 821,621 | A→G | 9.1% | E331G (GAA→GGA) | PP_0707 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 821,621 | 0 | A | G | 9.1% | 117.5 / 2.8 | 44 | E331G (GAA→GGA) | PP_0707 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/21); new base G (2/2); total (21/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
AAAGCAATGCGCGATTGGGTTCGGATATCACCAGCCTGACCAATCACATTCTTACCCTGGTGGTGTTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGCTGACGGTGGCCGTCAACGGGCTGACCGCGCTGGTGGTG > NC_002947/821474‑821763 | aaaGCAATGCGCGATTGGGTTCTGATATCACCATCCTGACCAATCACATTCTTACCCTGGTGGTGTTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGaa < 3:32610/149‑1 (MQ=255) aaTGCGCGATTGGGTTCGGATATCACCAGCCTGACCAATCACATTCTTACCCTGGTGGTGTTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGc < 2:45000/149‑1 (MQ=255) aaTGCGCGATTGGGTTCGGATATCACCAGCCTGACCAATCACATTCTTACCCTGGTGGTGTTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGc < 4:142115/149‑1 (MQ=255) aaTGCGCGATTGGGTTCGGATATCACCAGCCTGACCAATCACATTCTTACCCTGGTGGTGTTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGc < 2:49352/149‑1 (MQ=255) aaTGCGCGATTGGGTTCGGATATCACCAGCCTGACCAATCACATTCTTACCCTGGTGGTGTTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGc < 2:96480/149‑1 (MQ=255) aaTGCGCGATTGGGTTCGGATATCACCAGCCTGACCAATCACATTCTTACCCTGGTGGTGTTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGc > 6:8987/1‑149 (MQ=255) ttGGGTTCGGATATCACCAGCCTGACCAATCACATTCTTACCCTGGTGGTGTTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCgct > 1:190015/1‑149 (MQ=255) gATATCACCAGCCTGACCAATCACATTCTTACCCTGGTGGTGTTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTGCTGGCGGTTGCCGGCGATGCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGtt < 1:192675/149‑1 (MQ=255) atatCACCAGCCTGACCAATCACATTCTTACCCTGGTGGTGTTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTc < 1:81282/149‑1 (MQ=255) atCACCAGCCTGACCAATCACATTCTTACCCTGGTGGTGTTCAGTGGCCTTCATCACAGGCCTGGCCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTcc > 1:218044/1‑149 (MQ=255) aCCAGCCTGACCAATCACATTCTTACCCTGGTGGTGTGCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGaa < 5:8987/149‑1 (MQ=255) ttACCCTGGTGGTGTTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATg > 8:258872/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGGTGTTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCa < 2:218044/149‑1 (MQ=255) gtgtTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGtt > 3:167313/1‑110 (MQ=255) gtgtTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGtt < 4:167313/110‑1 (MQ=255) gtgtTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCAtgatga < 2:190015/148‑1 (MQ=255) tgtTGAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCTTGATGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGACGGCTATCCACGACTAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGAcc < 2:60124/149‑1 (MQ=255) aGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATg > 2:213325/1‑147 (MQ=255) ccTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAgcg > 6:100989/1‑148 (MQ=255) ccTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAgcg > 7:4234/1‑148 (MQ=255) cTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCa > 1:18021/1‑149 (MQ=255) aGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCg < 7:258872/149‑1 (MQ=255) cTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATg > 7:178172/1‑129 (MQ=255) cTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATg < 8:178172/129‑1 (MQ=255) cTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGAt > 2:297486/1‑149 (MQ=255) gcgcCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGc > 1:297066/1‑148 (MQ=255) tgatgctgCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGa > 1:186998/1‑132 (MQ=255) tgatgctgCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGa < 2:186998/132‑1 (MQ=255) atgctgCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGCt > 2:92263/1‑149 (MQ=255) gaGCGTCGGTGCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGCTGACgg < 2:297066/147‑1 (MQ=255) aGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGCTGACGGTg < 1:92263/149‑1 (MQ=255) gCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGCTGACGGTgg > 1:92627/1‑149 (MQ=255) gtccgtccTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCAt < 8:86706/109‑1 (MQ=255) gtccgtccTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCAt > 7:86706/1‑109 (MQ=255) cgtccTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGCTGACgg < 7:274793/141‑1 (MQ=255) cgtccTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGCTGACgg > 8:274793/1‑141 (MQ=255) cTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGgc > 6:77098/1‑129 (MQ=255) cTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGgc < 5:77098/129‑1 (MQ=255) gCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGTTGACGGCCACCGTCAGCgcca < 7:27401/149‑4 (MQ=255) gtggCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGCTGACGGTGGCCGTCAACGGGCTGa < 4:82228/146‑1 (MQ=255) gATCCACGACGGAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGCTGACGGTGGCCGTCAACggg < 6:37942/136‑1 (MQ=255) gATCCACGACGGAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGCTGACGGTGGCCGTCAACggg < 2:80592/136‑1 (MQ=255) gATCCACGACGGAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGCTGACGGTGGCCGTCAACggg > 5:37942/1‑136 (MQ=255) gATCCACGACGGAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGCTGACGGTGGCCGTCAACggg > 1:80592/1‑136 (MQ=255) acgacgAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGCTGACGGTGGCCGTCAACGGGCTGACCGCGCtggtggtg > 2:197315/1‑149 (MQ=255) | AAAGCAATGCGCGATTGGGTTCGGATATCACCAGCCTGACCAATCACATTCTTACCCTGGTGGTGTTCAGT‑GCCTTCATCACAGGCCTGGGCCGCGCCATGCTGATGCTGCAGCGTCCGTCCTGGCGGTTGCCGGCGATCCACGACGAAGTCGCCAGTGCGCTGGGCTGGTTCCCGAAGGTGCTGGCATTGGCACTGATGGTCATGATGACCATGGAGCGCATGAACAGCGTGATCGGTGCCAGCCTGGCGCTGACGGTGGCCGTCAACGGGCTGACCGCGCTGGTGGTG > NC_002947/821474‑821763 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |