Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 828,921 | C→G | 7.7% | T178S (ACT→AGT) | kefB‑I → | CPA2 family Kef‑type potassium/proton antiporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 828,921 | 0 | C | G | 7.7% | 152.8 / 4.1 | 52 | T178S (ACT→AGT) | kefB‑I | CPA2 family Kef‑type potassium/proton antiporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/22); new base G (2/2); total (27/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 |
TGGCTTGCAGGTACTGGCCGAGCGCAAGGACCTGGGCAAACCTCATGGCCGCATGGCCGTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGGCCTGCCTGAACTGTCGACCGCCACGGCCTTGCT > NC_002947/828784‑829065 | tGGCTTGCAGGTACTGGTCGAGCGCAAGGACCTGGGCAAACCTCATGGCCGCATGGCCGTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGAcatc < 2:230512/148‑4 (MQ=255) tGGCTTGCAGGTACTGGCCGAGCGCAAGGACCTGGGCAAACCTCATGGCCGCATGGCCGTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCAGTGCTGAcat < 7:261802/147‑3 (MQ=255) cAGGTACTGGCCGAGCGCAAGGACCTGGGCAAACCTCATGGCCGCATGGCCGTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTg < 5:172730/149‑1 (MQ=255) ggTACTGGCCGAGCGCAAGGACCTGGGCAAACCTCATGGCCGCATGGCCGTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGc > 4:150943/1‑149 (MQ=255) gCCGAGCGCAAGGACCTGGGCAAACCTCATGGCCGCATGGCCGTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTgct > 4:198800/1‑149 (MQ=255) gcgcAAGGACCTGGGCAAACCTCATGGCCGCATGGCCGTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTgctggctg < 1:52850/149‑1 (MQ=255) gcAAGGACCTGGGCAAACCTCATGGCCGCATGGCCGTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCtgtg < 1:106776/149‑1 (MQ=255) aCCTGGGCAAACCTCATGGCCGCATGGCCGTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTc < 6:255720/149‑1 (MQ=255) cTGGGCAAACCTCATGGCCGCATGGCCGTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCgg > 5:118946/1‑149 (MQ=255) cTGGGCAAACCTCATGGCCGCATGGCCGTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCATGCTGGCTGTGGTTGTCgg > 2:236956/1‑149 (MQ=255) gCAAACCTCATGGCCGCATGGCCGTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCAtt < 4:7723/149‑1 (MQ=255) aCCTAATGGCCGCATGGCCGTGGCCATCCTTGTGTTCCAGTAAATTTCCCCCATTCCCTTTTTTTGCGTGGTGGCCGTGCTCGGGGGTTTATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGgt < 1:87323/149‑1 (MQ=255) atggccgcatggccgTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCt > 2:62583/1‑148 (MQ=255) ggccgcatggccgTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGAt > 6:299280/1‑149 (MQ=255) ccgTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑c > 4:76771/1‑149 (MQ=255) cgTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑cc < 6:118946/149‑1 (MQ=255) gCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTa > 8:85090/1‑149 (MQ=255) cATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATc > 4:298813/1‑149 (MQ=255) aTCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGtgtg < 5:43061/126‑1 (MQ=255) aTCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGtgtg > 6:43061/1‑126 (MQ=255) tgctgTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATctgct > 5:278306/1‑148 (MQ=255) cAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGa > 5:280811/1‑148 (MQ=255) aCATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTc < 3:298813/149‑1 (MQ=255) aTTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCaa < 6:280811/149‑1 (MQ=255) aTTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCaa < 7:85090/149‑1 (MQ=255) gccgccATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGt < 6:278306/148‑1 (MQ=255) gccgccATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGt < 3:150943/148‑1 (MQ=255) gccATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGata > 1:22402/1‑138 (MQ=255) gccATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGata < 2:22402/138‑1 (MQ=255) cccTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTggg > 6:95259/1‑149 (MQ=255) ccTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGatat > 1:221583/1‑132 (MQ=255) ccTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGatat < 2:221583/132‑1 (MQ=255) ccTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGt > 2:157990/1‑149 (MQ=255) gATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCgg > 8:34393/1‑149 (MQ=255) aTTGCCGTGGTGCCGCTGGTCGGTGG‑GGTTGTCATCAATTCTGTAGTAGGGGCCTGGCCCTTGCTGGGTGGGGTTGTCGGCATTGGGGGGCTGATTGTTTTTGGTCCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCgg < 1:62583/149‑1 (MQ=255) ttGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGgc < 1:157990/149‑1 (MQ=255) ccGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATCGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGgcct < 3:198800/148‑1 (MQ=255) ccGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCATGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGgcctg < 1:236956/149‑1 (MQ=255) ggtgCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGgcctgcct > 3:256106/1‑148 (MQ=255) ggtgCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGgcctgcct > 7:124170/1‑148 (MQ=255) gctgctCGGTGG‑CGATCTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGGCCTGCCTGAACTGt > 4:62530/1‑149 (MQ=255) tgctCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGGCCTGCCTGAACTGTc > 2:238084/1‑148 (MQ=255) ctCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGACATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCg < 2:102309/89‑1 (MQ=255) gTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGt > 7:105115/1‑86 (MQ=255) gTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGt < 8:105115/86‑1 (MQ=255) gTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGGCCTGCCTGAAc < 4:133817/138‑1 (MQ=255) gTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGGCCTGCCTGAAc > 3:133817/1‑138 (MQ=255) cttcgTCAGCAGTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGGCCTGCCTGAACTGTCGACCGACACgg > 7:123124/5‑149 (MQ=255) ttcgTCAGCAGTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGGCCTGCCTGAACTGTCGACCGCCACGGc > 7:253819/4‑149 (MQ=255) cAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGGCCTGCCTGAACTGTCGACCGCCACGAccagc > 6:92448/1‑145 (MQ=255) aGCAGTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGGCCTGCCTGAACTGTCGACCGCCACGGCCTTGc < 8:123124/148‑1 (MQ=255) aGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGGCCTGCCTGAACTGTCGACCGCCACGGCCTTGCt > 4:174169/1‑149 (MQ=255) | TGGCTTGCAGGTACTGGCCGAGCGCAAGGACCTGGGCAAACCTCATGGCCGCATGGCCGTGGCCATCCTGCTGTTCCAGGACATTGCCGCCATTCCCTTGATTGCCGTGGTGCCGCTGCTCGGTGG‑CGATGTCAGCACTGCTGACGAAGGTGCCTGGCCCTTGCTGGCTGTGGTTGTCGGCATTGGTGTGCTGATTGTTTTTGG‑CCGTTATCTGCTGACCCCGATATTCAAGTGGACGGTGGGTTCGGGCCTGCCTGAACTGTCGACCGCCACGGCCTTGCT > NC_002947/828784‑829065 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |