Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 914,163 | A→T | 8.5% | K292* (AAA→TAA) | fruA → | PTS fructose transporter subunit IIBC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 914,163 | 0 | A | T | 8.5% | 135.6 / 3.0 | 47 | K292* (AAA→TAA) | fruA | PTS fructose transporter subunit IIBC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/23); new base T (2/2); total (22/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
TTGCTGACCGGCGTCTCGTTCATGCTTCCGATGGTGGTGGCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTGGGGGCCGGCTTCATCGGTGGCATTGTCGCCGGTTTCCTCGCCG > NC_002947/914016‑914307 | ttGCTGACCGGCGTCTCGTTCATGCTTCCGATGGTGGTGGCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGCTTGGCGGTGAGGCTGCCTTCa > 8:94324/1‑148 (MQ=255) cTGACCGGCGTCTCGTTCATGCTTCCGATGGTGGTGGCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACt > 4:80338/1‑149 (MQ=255) ccGGCGTGTGGTTCATGCTGCCGATGGGGGTGGCCGGCGGCCTGGGGATTGCGTTGTCGTTCGGGTTCGCTAGCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGGGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCGGCCTTCAAACTGATg < 6:151291/149‑1 (MQ=255) tctcGTTCATGCTTCCGATGGTGGTGGCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCg < 3:272740/149‑1 (MQ=255) gTTCATGCTTCCGATGGTGGTGGCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTAc > 3:206033/1‑149 (MQ=255) cATGCTTCCGATGGTGGTGGCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTg < 3:54904/148‑1 (MQ=255) aTGCTTCCGATGGTGGTGGCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTgg < 5:9200/148‑1 (MQ=255) aTGCTTCCGATGGTGGTGGCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGGATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGATCCGCTACTGGc < 4:86732/149‑1 (MQ=255) cGATGGTGGTGGCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCta > 5:181702/1‑148 (MQ=255) gATGGTGGTGGCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCtata > 5:225727/1‑149 (MQ=255) tggtggCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGcc < 6:199277/149‑1 (MQ=255) gtggCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCt < 6:289993/148‑1 (MQ=255) gtggCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTg > 2:255687/1‑149 (MQ=255) ggCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGt < 4:206033/149‑1 (MQ=255) cggcggCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTa > 5:128825/1‑149 (MQ=255) ctgctgATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGa > 6:230391/1‑149 (MQ=255) ctgATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCTAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCg > 6:197462/1‑149 (MQ=255) ctgATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCTAACTGATGGTTCCGCTACAGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCg > 6:201887/1‑149 (MQ=255) gTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGc < 6:16918/149‑1 (MQ=255) ttGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCt < 2:135237/149‑1 (MQ=255) gTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTg < 1:255687/148‑1 (MQ=255) gttcgtGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGccc > 2:305559/1‑149 (MQ=255) gtgtTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCgg < 6:110713/148‑1 (MQ=255) gtTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCgggaa > 6:256292/1‑147 (MQ=255) cGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGcc > 6:312818/1‑121 (MQ=255) cGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGcc < 5:312818/121‑1 (MQ=255) ggTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGa < 6:181702/148‑1 (MQ=255) aTCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGc < 4:225745/141‑1 (MQ=255) aTCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGc > 3:225745/1‑141 (MQ=255) gAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATcggcgg < 2:252744/149‑1 (MQ=255) gCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCt > 5:172778/1‑149 (MQ=255) gCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCa > 8:121111/1‑148 (MQ=255) aCCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTggg > 3:223074/1‑149 (MQ=255) aCCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTggg < 5:230391/149‑1 (MQ=255) aCCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTggg > 7:28591/1‑149 (MQ=255) aCCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTggg > 8:225542/1‑149 (MQ=255) ccTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTgggg < 7:225542/149‑1 (MQ=255) gCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTGGGGGcc < 8:234396/148‑1 (MQ=255) cggcgTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCTGCCTGTTGGCCAGCACCTTGGGGGCCGGCTTc < 4:223074/149‑1 (MQ=255) gATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTGGGGGCCGGCTTCATCGGt < 7:94324/148‑1 (MQ=255) aTGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCGGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTGGGGGCCGGCTTCATCGGTg < 6:128825/148‑1 (MQ=255) tGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTGGGGGCCGGCTTCATCGGTgg > 1:15831/1‑148 (MQ=255) cAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCTAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCTGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTGGGGGCCGGCTTCATCGGTGGCa < 5:197462/148‑1 (MQ=255) cAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCTAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTGGGGGCCGGCTTCATCGGTGGCa < 5:201887/148‑1 (MQ=255) tGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTGGGGGCCGGCTTCATCGGTGGCATTGTCg > 8:50041/1‑149 (MQ=255) cTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTGGGGGCCGGCTTCATCGGTGGCATTGTCGCCGGTTTCCTc > 2:285575/1‑149 (MQ=255) ccTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCGCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTGGGGGCCGGCTTCATCGGTGGCATTGTCGCCGGTTTCCTCGcc < 7:121111/149‑1 (MQ=255) cTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTGGGGGCCGGCTTCATCGGTGGCATTGTCGCCGGTTTCCTCGCCg > 7:197732/1‑149 (MQ=255) | TTGCTGACCGGCGTCTCGTTCATGCTTCCGATGGTGGTGGCCGGCGGCCTGCTGATTGCGTTGTCGTTCGTGTTCGGTATCGAGGCCTACAAAGAGGCGGGCACCTTGCCGGCGGCGTTGATGCAGATTGGCGGTGAGGCTGCCTTCAAACTGATGGTTCCGCTACTGGCAGGCTATATCGCCTGGTCTATCGCCGACCGCCCCGGGCTGGCCCCGGGCATGATCGGCGGCCTGTTGGCCAGCACCTTGGGGGCCGGCTTCATCGGTGGCATTGTCGCCGGTTTCCTCGCCG > NC_002947/914016‑914307 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |