| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 926,250 | T→G | 7.0% | N126H (AAT→CAT) | PP_0805 ← | outer membrane efflux protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 926,250 | 0 | T | G | 7.0% | 178.3 / 4.2 | 57 | N126H (AAT→CAT) | PP_0805 | outer membrane efflux protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/24); new base G (2/2); total (31/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
TAGGCTGTGTCGCGGGCCAGGTCGTCGACCACCAGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGC‑GGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGC > NC_002947/926102‑926397 | tAGGCTGTGTCGCGGGCCAGGTCGTCGACCACCAGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGC‑GGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTAtt < 6:114641/149‑1 (MQ=255) ggCTGTGTCGCGGGCCAGGTCGTCGACCACCAGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGC‑GGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTAtt > 6:106885/1‑147 (MQ=255) ggCTGTGTCGCGGGCCAGGTCGTCGACCACCAGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGC‑GGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTAtt < 5:106885/147‑1 (MQ=255) gCTGTGTCGCGGGCCAGGTCGTCGACCACCAGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGC‑GGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCg > 7:182609/1‑149 (MQ=255) cTGTGTCGCGGGCCAGGTCGTCGACCACCAGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGC‑GGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCgg < 2:221890/149‑1 (MQ=255) tCGCGGGCCAGGTCGTCGACCACCAGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGC‑GGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATGGCggcgacc > 2:5134/1‑144 (MQ=255) gCCAGGTCGTCGACCACCAGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGC‑GGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCa > 8:245626/1‑147 (MQ=255) ggTCGTCGACCACCAGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGCGGGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGcc > 1:63377/1‑149 (MQ=255) ggTCGTCGACCACCAGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGC‑GGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCg < 3:33645/149‑1 (MQ=255) tcgtcgACCACCAGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGC‑GGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGgt < 8:182609/149‑1 (MQ=255) gtcgACCACCAGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGC‑GGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATGGCGGCGACCGCAATAGccaggc < 5:239988/148‑5 (MQ=255) gtcgACCACCAGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGC‑GGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATGGCGGCGACCGCAATAGccaggc < 1:5134/148‑5 (MQ=255) caccaGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGC‑GGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAAc > 2:124007/1‑149 (MQ=255) 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8:180660/1‑149 (MQ=255) gCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTgg > 6:158794/1‑140 (MQ=255) gCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTgg < 5:158794/140‑1 (MQ=255) ccTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATAcccc < 1:14513/149‑1 (MQ=255) ccTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATAcccc > 5:26864/1‑149 (MQ=255) cTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCg > 7:8106/1‑149 (MQ=255) ggCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGc < 6:26864/147‑1 (MQ=255) ccGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGCTACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACgg < 7:245626/149‑1 (MQ=255) gcgTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGc < 3:283886/149‑1 (MQ=255) cgTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGc > 5:181161/1‑148 (MQ=255) ttGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGc > 8:242017/1‑146 (MQ=255) 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aTAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGt > 8:206896/1‑149 (MQ=255) cATTTGCTTGAGCGACAGGTACAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGa > 6:289825/1‑149 (MQ=255) tttGCTTGAGCGACAGGTACAGGGCCTGGCTATTGCCGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATg < 5:289825/149‑1 (MQ=255) ttGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGAt < 2:211116/113‑1 (MQ=255) ttGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGAt > 1:211116/1‑113 (MQ=255) gAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAg > 5:106599/1‑149 (MQ=255) aGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGAGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCGGCTTGGAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGc > 8:248343/1‑149 (MQ=255) cAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGc > 1:185833/1‑149 (MQ=255) aGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCt > 6:310273/1‑149 (MQ=255) gTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGc > 5:168747/1‑104 (MQ=255) gTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGc < 6:168747/104‑1 (MQ=255) gTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAgg > 8:55345/1‑124 (MQ=255) gTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAgg < 7:55345/124‑1 (MQ=255) ttCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCgg < 7:180660/149‑1 (MQ=255) ttCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCgg < 2:185833/149‑1 (MQ=255) cAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCggg < 7:206896/148‑1 (MQ=255) aGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTg > 2:158241/1‑149 (MQ=255) ggCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGc > 5:268533/1‑148 (MQ=255) ccggCTATGGCGGCGACCGCAATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCAtt > 1:34930/3‑149 (MQ=255) cTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCAtt < 6:268533/149‑1 (MQ=255) aTTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGctg > 3:193729/1‑149 (MQ=255) ttGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGt > 2:168102/1‑136 (MQ=255) ttGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGt < 1:168102/136‑1 (MQ=255) ttGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGctgc < 5:241345/149‑1 (MQ=255) | TAGGCTGTGTCGCGGGCCAGGTCGTCGACCACCAGCAGGATATTGGCCTGGGCCCGGGCGGC‑GGCAGCCTGGGCCGCGTTGACGGCGCTGTCGACCTTGCCGAAGTCATAGAGCATTTGCTTGAGCGACAGGTTCAGGGCCTGGCTATTGCGGTCGCCGCCATAGCCGGTGTCATAACCGGTGCGGATACCGCCGGAAATCTGTGGGTAATACCCCGCACGGGCGACGTTGATGCCTTCGCCCTGCTTGTAAAGGTTGCCGATGGCCTCAGCGATGCTCGGGTGCCATTGCGCTGC > NC_002947/926102‑926397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |