Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,184,813 | C→T | 7.5% | G6G (GGC→GGT) | purL → | phosphoribosylformylglycinamidine synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,184,813 | 0 | C | T | 7.5% | 153.8 / 2.8 | 53 | G6G (GGC→GGT) | purL | phosphoribosylformylglycinamidine synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/22); new base T (2/2); total (29/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
TGAAAACTGACCCCGAAGTCCGGTTCCGCCGCCCGGCAGGCGTGGCTTAGAGCAGGTGCCGAAAGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAGCTGACCGCCGACCAGCAGCAGGTGCTG > NC_002947/1184669‑1184957 | tGAAAACTGACCCCGAAGTCCGGTTCCGCCGCCCGGCAGGCGTGGCTTAGAGCAGGTGCCGAAAGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTc > 6:274755/1‑149 (MQ=255) aaCTGACCCCGAAGTCCGGTTCCGCCGCCCGGCAGGCGTGGCTTAGAGCAGGTGCCGAAAGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGc > 7:93897/1‑149 (MQ=255) tCCGGTTCCGCCGCCCGGCAGGCGTGGCTTAGAGCAGGTGCCGAAAGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCCTTc < 2:110428/149‑1 (MQ=255) gCAGGCGTGGCTTATAGCAGGTGCCGAAAGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTc < 3:192563/149‑1 (MQ=255) cAGGCGTGGCTTAGAGCAGGTGCCGAAAGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCg < 8:93897/149‑1 (MQ=255) gCGTGGCTTAGAGCAGGTGCCGAAAGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTTCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGc < 8:179098/149‑1 (MQ=255) tGGCTTAGAGCAGGTGCCGAAAGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCt > 1:241249/1‑114 (MQ=255) tGGCTTAGAGCAGGTGCCGAAAGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCt < 2:241249/114‑1 (MQ=255) cTTAGAGCAGGTGCCGAAAGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACt > 3:122411/1‑147 (MQ=255) gCAGGTGCCGAAAGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAg > 1:171315/1‑148 (MQ=255) aGGTGCCGAAAGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACTATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGaaa < 7:136020/149‑1 (MQ=255) aaaGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGc < 5:274755/149‑1 (MQ=255) aaaGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGc > 4:183497/1‑149 (MQ=255) ccATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGt > 4:31414/1‑148 (MQ=255) caaTCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACGCCCCTTCCTGAGCCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCCTCGCTCCTGACCTTTCTCCCTTGCTCCACGGTAAAATACTCGAGCACCTGAGCCAGAAGGTCGCCGCTGt > 2:60132/3‑148 (MQ=255) cATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGtt > 4:182990/1‑148 (MQ=255) aTCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTAc > 3:42822/1‑149 (MQ=255) cGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCt < 4:75610/79‑1 (MQ=255) tAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGc > 7:249474/1‑149 (MQ=255) cACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAAtt < 2:171315/148‑1 (MQ=255) aCGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGAAGATGTTGATCCTGCGCGGTGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTACCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTg > 5:220952/1‑149 (MQ=255) ggCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTAc > 2:204631/1‑127 (MQ=255) ggCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTAc < 1:204631/127‑1 (MQ=255) ggCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGcc > 7:28458/1‑149 (MQ=255) tctAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACt > 2:306037/1‑149 (MQ=255) aGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGc < 3:182990/149‑1 (MQ=255) aGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGc > 2:1517/1‑149 (MQ=255) acacCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGTGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGa > 4:207986/1‑149 (MQ=255) cacCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGAt < 4:122411/149‑1 (MQ=255) cccTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTc > 3:88695/1‑149 (MQ=255) cccTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTc > 8:217334/1‑149 (MQ=255) cccTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTc > 3:2155/1‑149 (MQ=255) ccTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTc > 6:238021/1‑148 (MQ=255) cTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGa > 7:198082/1‑149 (MQ=255) ccTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGTGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGAc < 3:207986/147‑1 (MQ=255) cTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGc < 1:1517/149‑1 (MQ=255) cTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGc < 7:217334/149‑1 (MQ=255) gAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGa > 5:22317/1‑149 (MQ=255) aGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCg < 3:31414/147‑1 (MQ=255) aGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAg < 4:42822/149‑1 (MQ=255) tGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGTGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGTTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAGCTGa < 6:220952/149‑1 (MQ=255) tCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAGCTGAcc < 4:88695/149‑1 (MQ=255) ccGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAGCTGAccgc > 2:63860/1‑149 (MQ=255) cgacgaTGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAGCTGAccgcc > 5:304986/1‑149 (MQ=255) cgaTGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAGCTGACCGCCGAc < 8:198082/149‑1 (MQ=255) gTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAGCTGACCGCCGACcag > 3:46003/1‑148 (MQ=255) ttGATCCTGCGCTGCGGTGCTGCGCTTTCTGCCTTTGGCAACGGTAAATTACTCGAGGAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGGTGTTAGTGGTTTGTATGCCGATTTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGTCTAGCTGACCGCCGACcagc < 1:60132/148‑1 (MQ=255) ttGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAGCTGACCGCCGACcagc < 4:46003/148‑1 (MQ=255) gATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAGCTGACCGCCGACcagcag > 2:194361/1‑148 (MQ=255) aTCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAg > 6:240111/1‑129 (MQ=255) aTCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAg < 5:240111/129‑1 (MQ=255) tCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGTCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAGCTGACCGCCGACcagcagcag > 6:198225/1‑149 (MQ=255) cTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAGCTGACCGCCGACCAGCAGCAGGt < 6:22317/149‑1 (MQ=255) gcggcgCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCCCCGATGTCGACGGCGAGCTGACCGCCGACCAGCAGCAGGTGCTg > 6:21843/1‑149 (MQ=255) | TGAAAACTGACCCCGAAGTCCGGTTCCGCCGCCCGGCAGGCGTGGCTTAGAGCAGGTGCCGAAAGCCATCGAATTAGGCTAGAATGCACGGCCTCTAAGCACACCCCTTCCTGAGGCTGTCCCGACGATGTTGATCCTGCGCGGCGCTCCTGCCCTTTCTGCCTTTCGCCACGGTAAATTACTCGAGCAACTGAGCCAGAAAGTCCCCGCTGTTACTGGTTTGTATGCCGAATTTGCCCACTTCGCCGATGTCGACGGCGAGCTGACCGCCGACCAGCAGCAGGTGCTG > NC_002947/1184669‑1184957 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |