Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,206,695 | G→C | 7.5% | P769R (CCG→CGG) | PP_1058 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,206,695 | 0 | G | C | 7.5% | 193.3 / 4.3 | 63 | P769R (CCG→CGG) | PP_1058 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/31); new base C (3/2); total (30/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.12e-01 |
CGGATGCGGCTGTCACGGGCGCCCTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCACGACCTTGTCACCCTTGAGGTGGGCACGCACGAACGCGTTGAAG > NC_002947/1206548‑1206841 | cGGATGCGGCTGTCACGGGCGCCCTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCgg > 2:194307/1‑149 (MQ=255) cGGCTGTCACGGGCGCCCTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGa < 1:194307/148‑1 (MQ=255) cTGTCACGGGCGCCCTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCtt > 1:102975/1‑149 (MQ=255) tCACGGGCGCCCTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGc < 1:196762/149‑1 (MQ=255) tCACGGGCGCCCTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGc < 5:119292/149‑1 (MQ=255) aCGGGCGCCCTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCg < 2:102975/148‑1 (MQ=255) aCGGGCGCCCTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCg < 6:295535/148‑1 (MQ=255) gggCGCCCTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGAt < 3:70881/148‑1 (MQ=255) gggCGCCCTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGAt > 4:70881/1‑148 (MQ=255) gcgcCCTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGt > 4:73829/1‑148 (MQ=255) cgcCCTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTaa < 8:263654/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGt > 4:265432/1‑144 (MQ=255) ccTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGt < 3:265432/144‑1 (MQ=255) tggtggCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTg > 6:95346/1‑149 (MQ=255) ggcTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTAGATCTCGGTTTAATCAGAATGTATAAAAAAAACCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCggg > 8:44180/1‑148 (MQ=255) tctTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAgg > 7:120749/1‑149 (MQ=255) gAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCg > 2:244582/1‑148 (MQ=255) aaCAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTa > 8:231762/1‑149 (MQ=255) 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gccGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCgg < 1:244582/149‑1 (MQ=255) gccGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCACCCGCTGGACCtgt > 4:117231/1‑110 (MQ=255) gccGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCACCCGCTGGACCtgt < 3:117231/112‑3 (MQ=255) ccGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTg > 2:209352/1‑125 (MQ=255) ccGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTg < 1:209352/125‑1 (MQ=255) tataCCTCCTGGATTTCGAAAAGACTGGCGTAGATCATCTCGGTCAGTGTCGACCTCGGGTGATTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTCGCGATGTACCCCTCGTAGGCCAGGTCGTACAAGCCGGGGcc > 2:244175/1‑149 (MQ=255) cctcctGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTaa < 1:266708/149‑1 (MQ=255) ctcctGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAg < 7:231762/149‑1 (MQ=255) ctGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCt < 6:123114/148‑1 (MQ=255) ttCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGt < 1:248676/122‑1 (MQ=255) ttCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACa < 3:73829/149‑1 (MQ=255) ttCGAAACGACAGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGt > 2:248676/1‑122 (MQ=255) 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1:244175/147‑1 (MQ=255) tCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTg > 5:234627/1‑149 (MQ=255) gtgtCGAGCTCGGGTTCTTCAGCATGTAGACAATCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGcc > 2:19985/1‑148 (MQ=255) tgtCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGcc > 6:292438/1‑147 (MQ=255) gAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAACAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCAc > 3:238638/1‑149 (MQ=255) gTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTACAGCCGGTGGACCTTGGCCATGTAACCCTGGTCGGCCAGGTAGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCACGACCTTGt > 8:85612/1‑149 (MQ=255) ttcttcAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCACGACCTTGt > 5:111927/1‑148 (MQ=255) cagcagGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGc < 6:23739/113‑1 (MQ=255) cagcagGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGc > 5:23739/1‑113 (MQ=255) cagGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCACGACCTTGTCACCCtt > 5:182923/1‑147 (MQ=255) gTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCACGAcc < 7:219108/133‑1 (MQ=255) gTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCACGAcc > 8:219108/1‑133 (MQ=255) tAGCCAAACAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCACGACCTTGTCACCCTTGAGGTg < 4:238638/149‑1 (MQ=255) ccAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCACGACCTTGTCACCCTTGAGGTGGgc < 4:111042/149‑1 (MQ=255) acaGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCACGACCTTGTCACCCTTGAGGTGGGCACGCACGAAc > 3:52303/1‑149 (MQ=255) aaGGTCCACCCGCTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCg < 7:133520/81‑1 (MQ=255) aaGGTCCACCCGCTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCg > 8:133520/2‑82 (MQ=255) ggccAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCACGACCTTGTCACCCTTGAGGTGGGCACGCACGAACGCGt < 8:120749/147‑1 (MQ=255) tCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCACGACCTTGTCACCCTTGAGGTGGGCACGCACGAACGCGtt < 6:111927/149‑1 (MQ=255) ccAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACg > 8:291633/1‑85 (MQ=255) ccAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACg < 7:291633/85‑1 (MQ=255) cAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAg < 8:281347/105‑1 (MQ=255) gCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCACGACCTTGTCACCCTTGAGGTGGGCACGCACGAACGCGTTGAAg < 5:292438/149‑1 (MQ=255) gCGGGTGGACCGTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCCCGACCTTGTCACCCTTGAGGTGGCCACGCACGCACGCGTTGAAg > 4:217516/1‑149 (MQ=255) | CGGATGCGGCTGTCACGGGCGCCCTGGTGGCGGCTCTTGAACAGCCAGCCGTATACCTCCTGGCGTTCGAAACGACTGGCGTTGATCATCTCGGTCAGTGTCGAGCTCGGGTTCTTCAGCAGGTAGCCAAGCAGCCACAGGTCCAGCGGGTGGACCTTGGCGATGTAACCCTGGTCGGGCAGGTCGTACTTGCCGGGGCCGTAAGCTACGTACATCTCGGACAGACGGCCATCGGTCAGTTTGCCCAGCACGACCTTGTCACCCTTGAGGTGGGCACGCACGAACGCGTTGAAG > NC_002947/1206548‑1206841 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |