| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,327,121 | C→T | 48.9% | intergenic (+97/‑196) | PP_16SE → / → PP_23SE | 16S ribosomal RNA/23S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,327,121 | 0 | C | T | 48.9% | 31.1 / 121.1 | 90 | intergenic (+97/‑196) | PP_16SE/PP_23SE | 16S ribosomal RNA/23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/20); new base T (26/18); total (52/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-02 | |||||||||||
GTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTA > NC_002947/1326979‑1327228 | gTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGaa > 3:150598/1‑149 (MQ=32) aaCAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATg > 1:128447/1‑149 (MQ=32) cAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGtt < 5:146454/149‑1 (MQ=32) ggTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGAt > 8:263564/1‑149 (MQ=32) gTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGAtt > 6:141568/1‑149 (MQ=17) tAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGAttt > 6:149766/1‑149 (MQ=17) ccGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTTGTATCGAATGTTGATTT‑CTg < 6:152949/149‑1 (MQ=17) cGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTg > 8:110623/1‑148 (MQ=17) gTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGc > 6:157211/1‑149 (MQ=17) ggggAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCttt < 8:225445/149‑1 (MQ=17) ggggAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCtt < 2:220761/148‑1 (MQ=32) gggAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCtttt < 5:141568/149‑1 (MQ=17) gggAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCtttt > 5:94788/1‑149 (MQ=32) cGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATc < 5:182085/148‑1 (MQ=17) cGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCg < 1:38314/149‑1 (MQ=17) ggATCACATCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTAATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCtt > 7:95072/1‑149 (MQ=12) gATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCt < 5:157211/147‑1 (MQ=17) gATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCtt > 2:84520/1‑148 (MQ=32) aTCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCttt > 8:288335/1‑148 (MQ=32) tCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAATACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTaa < 2:305715/149‑1 (MQ=17) aCCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTaagg > 1:109100/1‑147 (MQ=17) cctcctTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTaaaaa > 1:3668/1‑149 (MQ=17) cctcctTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTaaaaa > 4:148256/1‑149 (MQ=17) ctcctTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCt < 1:191790/141‑1 (MQ=17) ctcctTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCt > 2:191790/1‑141 (MQ=17) ctcctTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAAt < 2:35887/149‑1 (MQ=32) tcctTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCTTTCTTTAAAAAtt > 3:194999/1‑149 (MQ=17) tAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGa > 7:62644/1‑149 (MQ=17) aaTCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGa > 2:70785/1‑148 (MQ=17) tCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTTACTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTaaaaa < 1:179951/141‑1 (MQ=17) tCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTaaaaa > 2:179951/1‑140 (MQ=32) gagctcATCAGCAGGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtgt > 6:213351/6‑149 (MQ=12) acgacATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtgt > 2:286325/1‑148 (MQ=32) acgacATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATAtgt > 2:234347/1‑148 (MQ=32) acATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTgata < 6:94788/149‑1 (MQ=32) cATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTgatag < 3:148256/149‑1 (MQ=17) aTCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTga > 3:122874/1‑145 (MQ=17) aTCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTga > 3:118250/1‑145 (MQ=17) aTCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTga > 5:182092/1‑145 (MQ=32) tgctgATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTc > 1:37253/1‑108 (MQ=32) tgctgATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTc < 2:37253/108‑1 (MQ=32) tgctgATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGAc > 7:198607/1‑149 (MQ=32) gctgATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGAAAGATATAGACt > 1:198461/1‑149 (MQ=17) gctgATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACt < 5:213351/149‑1 (MQ=32) ctgATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACt > 5:138913/1‑148 (MQ=17) ctgATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGAc < 5:82052/147‑1 (MQ=32) ctgATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACt < 6:260719/148‑1 (MQ=32) ctgATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACt < 8:95834/148‑1 (MQ=32) gatgaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGaa > 7:130027/1‑149 (MQ=17) gatgaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCtt < 4:56325/115‑1 (MQ=32) gatgaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCtt > 3:56325/1‑115 (MQ=32) tgaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAaca > 7:178067/1‑149 (MQ=32) gaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCtttt < 3:32378/98‑1 (MQ=18) gaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAaca > 8:289243/1‑148 (MQ=17) gaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGAATT‑CTGGCtttt > 4:32378/1‑98 (MQ=16) gaGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAacac > 1:69346/1‑149 (MQ=32) aGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAacac < 2:109100/148‑1 (MQ=17) aGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGCCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAacac < 2:69346/148‑1 (MQ=17) cTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTCTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAg < 1:234347/149‑1 (MQ=17) tCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAAGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAg > 1:246344/1‑149 (MQ=17) ccACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGtt > 3:183117/1‑148 (MQ=17) ccACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGtt > 6:260086/1‑148 (MQ=32) cacaCGGATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGAtata > 4:78562/1‑132 (MQ=17) cacaCGGATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGAtata < 3:78562/132‑1 (MQ=17) acacGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTc > 7:252124/1‑148 (MQ=17) acacGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCa > 4:100323/1‑149 (MQ=17) acacGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCa > 2:203495/1‑149 (MQ=17) acacGAATTGCTAGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGttt > 3:239366/1‑147 (MQ=17) acGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCAct > 6:220262/1‑149 (MQ=32) cGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActg < 8:130027/149‑1 (MQ=17) cGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActg < 7:289243/149‑1 (MQ=17) gAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActgc > 5:243112/1‑149 (MQ=17) aaTTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑ATCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACAcc < 7:247263/137‑1 (MQ=17) aaTTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACAcc > 8:247263/1‑137 (MQ=32) aaTTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActgct < 2:128447/149‑1 (MQ=32) aTTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActgctg < 1:286325/149‑1 (MQ=32) gCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTGTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggt < 1:84520/148‑1 (MQ=17) gCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCCGTTTCACTGCtggt < 7:263564/148‑1 (MQ=17) cTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg > 8:260733/1‑148 (MQ=17) cTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg > 4:155404/1‑148 (MQ=17) gATTCGTTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGAt > 4:18618/1‑148 (MQ=17) aTTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGAt > 7:103089/1‑147 (MQ=32) ttCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCa < 4:183117/148‑1 (MQ=17) cATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGAATGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGc > 7:207166/1‑149 (MQ=17) aTTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCt < 2:3668/149‑1 (MQ=17) tCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAg < 1:70785/148‑1 (MQ=17) gAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTa < 4:122874/149‑1 (MQ=11) gAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGTATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTa < 4:118250/149‑1 (MQ=11) gAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAAtt > 8:185531/1‑88 (MQ=31) gAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAAtt < 7:185531/88‑1 (MQ=31) | GTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATG‑AGCATTCGCATCGAATGTTGATTT‑CTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTA > NC_002947/1326979‑1327228 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |