| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,354,153 | A→T | 7.5% | P408P (CCT→CCA) | nrdA ← | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,354,153 | 0 | A | T | 7.5% | 195.3 / 2.8 | 65 | P408P (CCT→CCA) | nrdA | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/25); new base T (3/2); total (38/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
AGGTTTCCAGGTAGGCACATACAGCGCCTTTGCGCTTGCCACCCTGGTTG‑ACCGCAACGGCGGTGTCGTTGACCACTTTCAGGAACGGTACGACGCCCTGCGACTTGCCGTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGG > NC_002947/1354008‑1354301 | aGGTTTCCAGCTAGGCACATACAGCGCCTTTGCGCTTGCCACCCTGGTTG‑ACCGCAACGTCGGTGTCGTTGACCACTTTCAGGAACGGTACGACGCCCTGCGACTTGCCGTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAggg < 4:41233/149‑1 (MQ=255) ccAGGTAGGCACATACAGCGCCTTTGCGCTTGCCACCCTGGTTG‑ACCGCAACGGCGGTGTCGTTGACCACTTTCAGGAACGGTACGACGCCCTGCGACTTGCCGTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAg > 1:100597/1‑149 (MQ=255) ggTAGGCACATACAGCGCCTTTGCGCTTGCCACCCTGGTTG‑ACCGCAACGGCGGTGTCGTTGACCACTTTCAGGAACGGTACGACGCCCTGCGACTTGCCGTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCg < 3:298146/149‑1 (MQ=255) 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gTTG‑ACCGCAACGGCGGTGTCGTTGACCACTTTCAGGAACGGTACGACGCCCTGCGACTTGCCGTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCg < 6:108839/148‑1 (MQ=255) gCAACGGCGGTGTCGTTGACCACTTTCAGGAACGGTACGACGCCCTGCGACTTGCCGTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTg < 3:270542/149‑1 (MQ=255) tCGTTGACCACTTTCAGGAACGGTACGACGCCCTGCGACTTGCCGTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGt < 2:36355/148‑1 (MQ=255) gTTGACCAATTTCCTGAACGGTACTCCTCCCTTCTACTTGCCGTTGGTGCCCTTGATGTACGAGCCCAGTGCGCTCACATGGGTCCAGTCGTTGCCAAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAg < 8:148582/148‑1 (MQ=255) gACCACTTTCAGGAACGGTACGACGCCCTGCGACTTGCCGTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGc > 5:26173/1‑149 (MQ=255) 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7:216103/149‑1 (MQ=255) caGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAgg < 3:178611/149‑1 (MQ=255) aGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACGGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAggg > 6:249717/1‑149 (MQ=255) aGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAggg > 1:132085/1‑149 (MQ=255) | AGGTTTCCAGGTAGGCACATACAGCGCCTTTGCGCTTGCCACCCTGGTTG‑ACCGCAACGGCGGTGTCGTTGACCACTTTCAGGAACGGTACGACGCCCTGCGACTTGCCGTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGG > NC_002947/1354008‑1354301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |