Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,449,507 | A→T | 10.5% | L59M (TTG→ATG) | yhaV ← | toxin antitoxin system SohB(PrlF)‑YhaV toxin endoribonuclease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,449,507 | 0 | A | T | 10.5% | 150.8 / 6.5 | 57 | L59M (TTG→ATG) | yhaV | toxin antitoxin system SohB(PrlF)‑YhaV toxin endoribonuclease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/26); new base T (3/3); total (27/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCTGGGGGTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGAACAGCGGGTGGGCAATTACAGTCCATCCATGAATAACC > NC_002947/1449366‑1449655 | tgctgGGGGTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCATCcggcgg > 1:153582/1‑149 (MQ=255) gggggTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATgg > 8:220682/1‑149 (MQ=255) gtgtGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCATCCGGCGGTTggcgtt < 2:153582/149‑3 (MQ=255) gtgtGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATggcggc < 2:251826/149‑1 (MQ=255) tAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCATCCGGCGGTTggcgtt < 7:256278/143‑3 (MQ=255) tAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCATCCGGCGGTTggcgtt > 8:256278/1‑141 (MQ=255) gaagaaCAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTaa < 8:16002/149‑1 (MQ=255) gaccaacCGGTACTGATGGAAGATCTTTGCTCTGAAACAGTGCTTTTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCTGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTaaat < 6:160803/145‑2 (MQ=255) gTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCttt < 1:124033/149‑1 (MQ=255) tACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTaaa < 3:187684/137‑1 (MQ=255) tACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTaaa > 4:187684/1‑137 (MQ=255) ctgGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCTCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGTATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGt < 3:197696/147‑1 (MQ=255) ctgGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCATCCGGCGGTTggcgttcga < 7:292770/123‑6 (MQ=255) ctgGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTCCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCATCCGGCGGTTggcgttcga > 8:292770/1‑118 (MQ=255) gaagaaCTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑tt > 4:146655/1‑135 (MQ=255) gaagaaCTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑tt < 3:146655/135‑1 (MQ=255) aaCTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGc > 5:193326/1‑117 (MQ=255) aaCTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGc < 6:193326/117‑1 (MQ=255) tctGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCtt > 2:112861/1‑149 (MQ=255) tctGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCtt > 7:86766/1‑149 (MQ=255) aaCCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTc < 5:151269/149‑1 (MQ=255) aGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGt > 8:239615/1‑149 (MQ=255) cTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGa < 8:86766/148‑1 (MQ=255) tgGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGcc < 8:82794/94‑1 (MQ=255) gTCACCGCCAAGTGTTGCACCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGGCGGGTCTTGAGGGATTACATAGAACGCCAACCGCCGGATGGAGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAAACCGTTGGGTCTTTTTCCCGTAGAGCCTCGa > 4:73742/1‑149 (MQ=255) aCCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACtt > 4:216279/1‑149 (MQ=255) aCCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACt < 1:1005/148‑1 (MQ=255) cGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTCCATCGAACGCCAACCGCCTGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGTGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGa < 3:73742/149‑1 (MQ=255) cGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACtt > 3:92299/1‑147 (MQ=255) cGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGCTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACtt > 1:251085/1‑147 (MQ=255) ccAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTTCATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAgc > 6:97975/1‑149 (MQ=255) aaGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAgcgc > 5:201043/1‑149 (MQ=255) aaGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAgcgc < 7:220682/149‑1 (MQ=255) tgtTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTa < 2:251085/149‑1 (MQ=255) ccccTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGTGATTACATCGAACGCCACCCGCCGGAGGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAgcgc < 5:240695/148‑1 (MQ=255) cccTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGt > 2:55287/1‑149 (MQ=255) ccTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTc < 1:55287/149‑1 (MQ=255) cGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGttt < 6:201043/149‑1 (MQ=255) ggTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTg > 4:272944/1‑149 (MQ=255) ttCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGc > 5:244665/1‑147 (MQ=255) tCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCt > 7:10555/1‑99 (MQ=255) tCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCt < 8:10555/99‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGGCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAg < 8:256312/148‑1 (MQ=255) gggTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAgg < 1:112861/148‑1 (MQ=255) ggTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGaa < 4:92299/149‑1 (MQ=255) ggTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGAACAGc < 3:272944/148‑1 (MQ=255) tCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGAACAGCggg > 3:255589/1‑149 (MQ=255) gTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTAGATTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGAACAGCGGGTgg > 1:87620/1‑149 (MQ=255) ggATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGAACAGCGGGTGGGCAATTACa < 6:244665/149‑1 (MQ=255) aTTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGc < 3:67638/89‑1 (MQ=255) aTTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGc > 4:67638/1‑89 (MQ=255) cATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGAACAGCGGGTGGGCAATTACAGtccat > 2:158118/1‑149 (MQ=255) cATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGAACAGCGGGTGGGCAATTACAGtccat < 4:255589/149‑1 (MQ=255) cGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGAACAGCGGGTGGGCAATTACAGtccatcca > 8:165204/1‑149 (MQ=255) aaCGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGAACAGCGGGTGGGCaa < 3:35428/133‑1 (MQ=255) aaCGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGAACAGCGGGTGGGCaa > 4:35428/1‑133 (MQ=255) gCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGAACAGCGGGTGGGCAATTACAGTCCATCCATGaa > 7:25250/1‑148 (MQ=255) aaCCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGAACAGCGGGTGGGCAATTACAGTCCATCCATGAATAAc < 5:97975/149‑1 (MQ=255) aCCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGAACAGCGGGTGGGCAATTACAGTCCATCCATGAATAAcc < 7:239615/149‑1 (MQ=255) | TGCTGGGGGTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTAAAGGTA‑TTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCCAGTTTGGCCAGGAACAGCGGGTGGGCAATTACAGTCCATCCATGAATAACC > NC_002947/1449366‑1449655 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |