Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,580,995 | C→A | 100% | K134N (AAG→AAT) | ttgB ← | efflux pump membrane protein TtgB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,580,995 | 0 | C | A | 100.0% | 183.0 / NA | 55 | K134N (AAG→AAT) | ttgB | efflux pump membrane protein TtgB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (24/31); total (24/31) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGC > NC_002947/1580850‑1581137 | cGTACTGCGCACCGAACCCCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGttattc < 2:176077/149‑1 (MQ=255) cgcACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCt < 5:195852/148‑1 (MQ=255) aCCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTgg < 7:217615/149‑1 (MQ=255) cGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGt > 7:287781/1‑148 (MQ=255) gAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGa < 3:240029/149‑1 (MQ=255) acCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGGGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGAcgcg > 8:165164/1‑149 (MQ=255) acCTGGAAGTCACCTACACCAGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGAcgcg < 4:182871/149‑1 (MQ=255) cTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGa > 7:21578/1‑149 (MQ=255) gAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCAACGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGa < 1:245876/147‑1 (MQ=255) aaGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATAcc < 2:79143/149‑1 (MQ=255) aGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCt < 7:271479/149‑1 (MQ=255) aCCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgct > 5:227907/1‑149 (MQ=255) cTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgctgc > 8:268063/1‑149 (MQ=255) cacaCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGAt > 7:117444/1‑136 (MQ=255) cacCCGCGGTACGCGAGATCGGGTGCTGCATGTTGGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGAt < 8:117444/136‑1 (MQ=255) ccGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACt > 2:162215/1‑149 (MQ=255) cgcgGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACt > 4:125363/1‑148 (MQ=255) cgGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTcc < 5:292508/149‑1 (MQ=255) cgAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCgg > 8:75936/1‑147 (MQ=255) cgAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGgca < 7:75936/149‑1 (MQ=255) cgAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGgca < 1:162215/149‑1 (MQ=255) tCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgc > 7:41456/1‑125 (MQ=255) tCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgc < 8:41456/125‑1 (MQ=255) cGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGCAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAACAGCg > 8:276671/1‑149 (MQ=255) ggTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCggg < 8:287781/149‑1 (MQ=255) tCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGt > 4:232334/1‑149 (MQ=255) cTGCATGTTCGAGACGATATTGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTg < 6:63312/148‑1 (MQ=255) tGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCAGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTTCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCTCTTCCTGCGgc < 1:306767/135‑1 (MQ=255) cATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGc > 5:22672/1‑147 (MQ=255) aTGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGGGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCTGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAg < 7:165164/149‑1 (MQ=255) tCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAgg < 1:145280/146‑1 (MQ=255) tCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAgg > 2:145280/1‑146 (MQ=255) gagaCGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTg > 7:92156/1‑138 (MQ=255) gagaCGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTg < 8:92156/138‑1 (MQ=255) atatAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGtt < 6:227907/149‑1 (MQ=255) atatAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGtt < 3:93194/149‑1 (MQ=255) taGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTct < 5:178354/148‑1 (MQ=255) gTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTctgta > 5:145380/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgctgctgc > 3:202511/1‑98 (MQ=255) ccAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgctgctgc < 4:202511/98‑1 (MQ=255) ccAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCACCGGCGTGGCCAGGATCAGCTTGTTctgtacctg > 4:95968/1‑148 (MQ=255) aGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTctgtacctgtac < 6:22672/149‑1 (MQ=255) cTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCgg > 7:16532/1‑149 (MQ=255) aTGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCggg < 3:95968/149‑1 (MQ=255) cGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGATGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCt < 7:276671/147‑1 (MQ=255) cGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCt < 3:232334/147‑1 (MQ=255) aCCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGaa < 6:145380/149‑1 (MQ=255) cAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCTGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCATCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACATGTACCTTCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAgg < 3:125363/149‑1 (MQ=255) cAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAgg > 8:54935/1‑149 (MQ=255) gCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTTCCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTgg < 7:268063/149‑1 (MQ=255) gATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCgg > 7:146311/1‑149 (MQ=255) aTCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGt < 8:16532/149‑1 (MQ=255) cagcagGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATgg > 2:59684/1‑149 (MQ=255) gAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTc > 3:141057/1‑145 (MQ=255) gAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTc < 4:141057/145‑1 (MQ=255) gAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCAtgc > 6:89685/1‑149 (MQ=255) | CGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTC‑ATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGC > NC_002947/1580850‑1581137 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |