| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,591,982 | C→A | 13.9% | intergenic (‑89/‑114) | PP_1395 ← / → PP_1396 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,591,982 | 0 | C | A | 13.9% | 221.9 / 21.7 | 83 | intergenic (‑89/‑114) | PP_1395/PP_1396 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/39); new base A (5/7); total (37/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
CTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCGGTCACCCACCTTGC > NC_002947/1591834‑1592127 | cTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGcc > 4:263422/1‑149 (MQ=255) ccAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCAGTGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCgcgc > 1:234444/1‑149 (MQ=255) ccAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCt < 6:127165/149‑1 (MQ=255) cTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAg > 1:32590/1‑149 (MQ=255) cTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAg < 2:241100/149‑1 (MQ=255) cTCCAGGAGCTGCAGTTCCAGGCTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATACTGCCGCGCTGCAg > 5:164040/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCAgcgc > 5:133200/1‑142 (MQ=255) ccAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCAgcgc < 6:133200/142‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCAGCGCGGCAGGa > 1:35996/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGATTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGAt < 1:259653/149‑1 (MQ=255) agggggtGCAGTTCCATGGTCGGTTGTGT‑GGAGGTGGCGGTTGTCA‑TGTTGTCTTTCCTTTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGAt < 7:171816/142‑1 (MQ=255) aGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCAGCGCGGCAGGATc < 1:286073/149‑1 (MQ=255) aGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTC‑GATTGCCT‑GATCCTGCAGCGCGGCAGGATc < 5:3974/149‑1 (MQ=255) ggCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTC‑GATTGCCT‑GATCCTGCAGCGCGGCAGGATCa < 6:198404/149‑1 (MQ=255) gcgcTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAg > 3:149731/1‑149 (MQ=255) gcgcTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGAT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGAAGGATCAg > 1:59442/1‑149 (MQ=255) cgcTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TTATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAACCCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAgg < 5:210024/149‑1 (MQ=255) cgcTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAgg < 6:75455/149‑1 (MQ=255) cgcTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAgg < 8:177912/149‑1 (MQ=255) cTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GTTTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCa < 2:234444/149‑1 (MQ=255) tGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCaa < 2:192325/149‑1 (MQ=255) cAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATc > 7:220567/1‑149 (MQ=255) aGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCTGGTGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCATCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCTCGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATc < 1:184237/149‑1 (MQ=255) aGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATc > 2:245698/1‑148 (MQ=255) ttCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGa > 8:49508/1‑148 (MQ=255) cAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGCCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑g < 2:296413/149‑1 (MQ=255) ggTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAg < 2:32590/149‑1 (MQ=255) tcggttcggt‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTa < 8:220567/149‑1 (MQ=255) ggttcgat‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAAt < 2:59442/149‑1 (MQ=255) gttcggt‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATg < 7:49508/149‑1 (MQ=255) ttcggt‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATgg > 5:254389/1‑149 (MQ=255) cggt‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCAGCGCGGCAGGATCAGGCAATCCACAT‑GCAgctttcga < 2:35996/148‑8 (MQ=37) cGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAAcgcg > 8:253716/1‑149 (MQ=255) ggtggtCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAAcgcgccgcgc < 8:230236/149‑1 (MQ=255) gtCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCggg < 7:202324/148‑1 (MQ=255) gtCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGt < 2:69071/149‑1 (MQ=255) gatgGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAgcg > 1:187253/1‑149 (MQ=255) gCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCt > 7:168042/1‑148 (MQ=255) ttCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑cc > 7:181688/1‑149 (MQ=255) tctGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCACTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTgg > 5:52683/1‑149 (MQ=255) tgctgACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTgg > 2:75019/1‑147 (MQ=255) aCCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTg > 5:53422/1‑149 (MQ=255) gACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCt > 1:109263/1‑149 (MQ=255) aCGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTC‑GATTGCCT‑GATCCTGCAGCGCGGCAGGATCAgg > 5:254765/1‑83 (MQ=25) aCGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTC‑GATTGCCT‑GATCCTGCAGCGCGGCAGGATCAgg < 6:254765/83‑1 (MQ=25) aGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAAt > 8:155550/1‑78 (MQ=255) aGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAAt < 7:155550/78‑1 (MQ=255) ttttGGCAAACCCCGGCGCTACTCGAAATCTGCATGTG‑GAATGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGGACGATCATGCAATAGAAATCTCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGc < 1:245698/148‑1 (MQ=255) tttGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCt < 1:75019/149‑1 (MQ=255) gggCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGAAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGc < 6:164040/148‑1 (MQ=255) ggCTAAGACGGGCGCTAGTCGAATGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCTCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCt < 8:288220/148‑1 (MQ=255) ggCAAAGACGGGCTCTAGTCGAAAGATTCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATTGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCt < 8:284206/148‑1 (MQ=255) ggCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGc > 2:34638/1‑123 (MQ=255) ggCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGc < 1:34638/123‑1 (MQ=255) ggCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTgg > 8:124974/1‑130 (MQ=255) ggCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTgg < 7:124974/130‑1 (MQ=255) ggCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCtt > 6:92529/1‑149 (MQ=255) gCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCtt > 1:77495/1‑148 (MQ=255) gCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCtt > 1:241116/1‑148 (MQ=255) cAAAGACGGGCGCTAGTTGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTc > 8:33608/1‑148 (MQ=255) cAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGAGATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCtt > 1:35551/1‑148 (MQ=255) cAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCa < 5:92529/149‑1 (MQ=255) aaaGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCaa < 4:149731/149‑1 (MQ=255) aaaGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCaa < 2:109263/149‑1 (MQ=255) aGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAgg < 7:253716/149‑1 (MQ=255) aCGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTCCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGACTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCAGGCTTTTCCGTCCGCCTGCCTCAAg > 4:269905/1‑146 (MQ=255) 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tcaaaaGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAAt > 5:125307/4‑148 (MQ=255) gAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTa < 8:154519/71‑1 (MQ=255) gAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTa > 7:154519/1‑71 (MQ=255) cATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTaa < 8:168042/147‑1 (MQ=255) tgtg‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAaacaa > 3:174060/1‑149 (MQ=255) tg‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAaacaac < 2:241116/148‑1 (MQ=255) g‑gATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCg > 4:287217/1‑149 (MQ=255) gATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCg < 4:174060/148‑1 (MQ=255) aTTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGAtt < 7:254309/124‑1 (MQ=255) aTTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGAtt > 8:254309/1‑124 (MQ=255) cTGCAGCGCGGCAGGATCAGGCAATCCACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCGGTCACCCCCCTTg > 8:166248/1‑149 (MQ=255) tGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCGGTCACCCACCTTGc > 5:56254/1‑149 (MQ=255) | CTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGT‑GGACGTGGCGGTGGTCA‑TGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTG‑GATTGCCT‑GATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAT‑GCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAA‑CCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCGGTCACCCACCTTGC > NC_002947/1591834‑1592127 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |