Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,628,994 | G→C | 8.4% | M168I (ATG→ATC) ‡ | mucB → | sigma factor AlgU regulator MucB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,628,994 | 0 | G | C | 8.4% | 134.2 / 2.3 | 47 | M168I (ATG→ATC) ‡ | mucB | sigma factor AlgU regulator MucB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/25); new base C (2/2); total (20/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.13e-01 |
TGGGTTGGTACGATTTGAGTGTGGCAGGCAAGTCACGGGTCGCCGGGCGCGATGCCGTGATCATTACGCTCACGCCACGCGACCAGCATCGCTATGCGTTCGAATTGCACCTGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGC > NC_002947/1628846‑1629137 | tGGGTTGGTACGATTTGAGTGTGGCAGGCAAGTCACGGGTCGCCGGGCGCGATGCCGTGATCATTACGCTCACGCCACGCGACCAGCATCGCTATGCGTTCGAATTGCACCTGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATg < 2:298786/149‑1 (MQ=255) tACGATTTGAGTGTGGCAGGCAAGTCACGGGTCACAGGGCGCGATGACGTGATAATTACGCTCACGCCACGCGACCAGAATCGCTATGCGTTCGAATTGCAACTGGACCGTCACTAGGTTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACg > 7:45903/1‑148 (MQ=255) cGATTTGAGTGTGGCAGGCAAGTCACGGGTCGCCGGGCGCGATGCCGTGATCATTACGCTCACGCCACGCGACCAGCATCGCTATGCGTTCGAATTGCACCTGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGAc < 1:149729/148‑1 (MQ=255) gAGTGTGGCAGGCAAGTCACGGGTCGCCGGGCGCGATGCCGTGATCATTACGCTCACGCCACGCGACCAGCATCGCTATGCGTTCGAATTGCACCTGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAgggg < 6:139041/148‑1 (MQ=255) gtgtGGCAGGCAAGTCACGGGTCGCCGGGCGCGATGCCGTGATCATTACGCTCACGCCACGCGACCAGCATCGCTATGCGTTCGAATTGCACCTGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGATGATGCTCAACGACAAGGGGCAg < 2:208020/149‑1 (MQ=255) tgGCAGGCAAGTCACGGGTCGCCGGGCGCGATGCCGTGATCATTACGCTCACGCCACGCGACCAGCATCGCTATGCGTTCGAATTGCACCTGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTg > 1:148717/1‑149 (MQ=255) tgGCAGGCAAGTCACGGGTCGCCGGGCGCGATGCCGTGATCATTACGCTCACGCCACGCGACCAGCATCGCTATGCGTTCGAATTGCACCTGGACCGTCACTCGGGATTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTg > 7:71021/1‑149 (MQ=255) gcaggcaAGTCACGGGTCGCCGGGCGCGATGCCGTGATCATTACGCTCACGCCACGCGACCAGCATCGCTATGCGTTCGAATTGCACCTGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCt < 8:246663/149‑1 (MQ=255) aggcaAGTCACGGGTCGCCGGGCGCGATGCCGTGATCATTACGCTCACGCCACGCGACCAGCATCGCTATGCGTTCGAATTGCACCTGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTg > 7:96039/1‑148 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCGAATTGCACCTGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGctgcctg > 2:201135/1‑149 (MQ=255) agtGCACCGGGACCGTCACTCTGGTTTGCCGCTGCGTGCGTTGATGCTCAACGACAAGGGTCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGAGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGc < 8:96039/147‑1 (MQ=255) ttGCACCTGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGc > 3:168615/1‑148 (MQ=255) ttGCACCTGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGc > 7:243733/1‑148 (MQ=255) cTGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTg > 3:61670/1‑147 (MQ=255) tGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACg < 2:172438/111‑1 (MQ=255) tGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACg > 1:172438/1‑111 (MQ=255) gACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTgcag < 2:146949/147‑1 (MQ=255) ggTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCgg < 4:61670/149‑1 (MQ=255) ggTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCgg > 1:156822/1‑149 (MQ=255) tttGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGgca < 8:283729/149‑1 (MQ=255) 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cttgtcgttGAGCATCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAatga < 1:94328/143‑1 (MQ=255) cgttcgttGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATAc > 6:74074/1‑65 (MQ=255) cgttcgttGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATAc < 5:74074/65‑1 (MQ=255) gttcgttGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGTCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGcc < 1:201135/149‑1 (MQ=255) ttcgttGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCAATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCg > 8:194058/1‑149 (MQ=255) gttGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTgc < 4:179144/116‑1 (MQ=255) ttGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTcgc > 3:169817/1‑149 (MQ=255) | TGGGTTGGTACGATTTGAGTGTGGCAGGCAAGTCACGGGTCGCCGGGCGCGATGCCGTGATCATTACGCTCACGCCACGCGACCAGCATCGCTATGCGTTCGAATTGCACCTGGACCGTCACTCGGGTTTGCCGCTGCGTTCGTTGATGCTCAACGACAAGGGGCAGTTGCTGGAACGCTTCCAGATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGC > NC_002947/1628846‑1629137 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |