Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,629,213 | C→T | 6.9% | N241N (AAC→AAT) | mucB → | sigma factor AlgU regulator MucB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,629,213 | 0 | C | T | 6.9% | 168.0 / 2.4 | 58 | N241N (AAC→AAT) | mucB | sigma factor AlgU regulator MucB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/27); new base T (2/2); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.13e-01 |
GACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCAGTCTCGCGTCGCCTGAATACACCCAAG > NC_002947/1629070‑1629357 | gACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTc < 1:292852/149‑1 (MQ=255) gACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTc > 6:113575/1‑149 (MQ=255) aCTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCg < 7:250453/149‑1 (MQ=255) ttGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGt > 3:3300/1‑149 (MQ=255) gcgcCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGt < 7:253973/147‑1 (MQ=255) cAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCagcagc > 3:14802/1‑149 (MQ=255) ggTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTGCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTGCACAGCTCGGTACGCCGGGATGGCAAGCACAACAGTGGGGTCAGCAGGCt > 4:183738/1‑149 (MQ=255) ctgcctgcAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGAt < 5:113575/148‑1 (MQ=255) cctgcAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCTGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTa < 8:3815/148‑1 (MQ=255) tgcAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATga > 5:141511/1‑149 (MQ=255) gcAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCAGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCAACCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCAAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATgac > 2:37620/1‑149 (MQ=255) aGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATgacgac > 7:118676/1‑149 (MQ=255) gCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGacgacg < 3:91751/149‑1 (MQ=255) agcaTGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGgcg > 8:20714/1‑149 (MQ=255) caTGTGGCAGCCTGCACCAATGATGCCGTCGCTGGTTCGAGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTAAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCAAAGCACAACAGTTAGCTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCAGgagcc > 6:69674/1‑148 (MQ=255) gCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTc > 4:153423/1‑149 (MQ=255) cAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGTTTGGCGTTCTGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGATTGTCAACAGCTCGTTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTTATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCg < 7:163306/149‑1 (MQ=255) cAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCg < 4:14802/149‑1 (MQ=255) aGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCgg < 6:141511/149‑1 (MQ=255) agcaATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGATCAACAGCTCGGTACGCCGCGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCAt > 5:135989/1‑149 (MQ=255) gcaATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATc < 3:153423/149‑1 (MQ=255) aaTGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATc > 8:254602/1‑147 (MQ=255) aaTGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGa < 8:118676/149‑1 (MQ=255) atgatgCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAg < 7:254602/149‑1 (MQ=255) tgatgCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAATAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGgt > 6:212010/1‑138 (MQ=255) tgatgCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAATAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGgt > 6:207425/1‑138 (MQ=255) tgatgCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAATAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGgt < 5:207425/138‑1 (MQ=255) tgatgCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAATAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGgt < 5:212010/138‑1 (MQ=255) gcgGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCg < 1:6914/148‑1 (MQ=255) gcgGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGATCAACAGCTCGGTACGCCGCGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCg < 6:135989/148‑1 (MQ=255) agTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACTACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATggcgg < 5:253748/148‑1 (MQ=255) ggACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAAGAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCGcc < 3:183738/148‑1 (MQ=255) gCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATgc < 7:20714/149‑1 (MQ=255) gCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATgc > 7:219283/1‑149 (MQ=255) gCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGCCGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCa > 4:7189/1‑149 (MQ=255) ccACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCAc < 8:219283/149‑1 (MQ=255) cGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGc > 5:267168/1‑149 (MQ=255) gTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGc > 2:85861/1‑147 (MQ=255) tttCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAg < 6:267168/149‑1 (MQ=255) ccGAGCTGTTGACCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGc > 3:201062/2‑149 (MQ=255) ccGAGCTGTTGACCAGCTCGGTACACCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGc > 4:32066/2‑149 (MQ=255) aGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGttttt > 8:289262/1‑87 (MQ=255) aGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGttttt < 7:289262/87‑1 (MQ=255) aGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGccc > 2:144745/1‑148 (MQ=255) ggTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCt > 8:251736/1‑149 (MQ=255) aaCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATggcg < 1:118646/112‑1 (MQ=255) aaCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATggcg > 2:118646/1‑112 (MQ=255) aaCAGCTCGGTACGCAGTGATCCCAAGCACAACAGTTCTGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGAGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGc < 5:69674/149‑1 (MQ=255) cTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCAGtct > 6:13302/1‑149 (MQ=255) ggTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCAGtctc < 4:201062/147‑1 (MQ=255) ggTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCAGtctc < 3:107668/147‑1 (MQ=255) ggTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCAGTCTcgc > 4:98832/1‑149 (MQ=255) gCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCAGTCTCGCGTCGc < 4:108737/149‑1 (MQ=255) gTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCAGt > 4:258391/1‑136 (MQ=255) gTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCAGt < 3:258391/136‑1 (MQ=255) aTCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCAGTCTCGCGTCGCCTGaa < 5:13302/148‑1 (MQ=255) tCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCAGTCTCGCGTCGCCTGAATa > 1:69362/1‑149 (MQ=255) ccAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCAGTCTCGCGTCGCCTGAATaca > 6:267454/1‑149 (MQ=255) acaacaGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCAGTCTCGCGTCGCCTGAATACACCCAAg < 3:32066/149‑1 (MQ=255) | GACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCAGTCTCGCGTCGCCTGAATACACCCAAG > NC_002947/1629070‑1629357 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |