Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,741,935 | C→G | 14.0% | intergenic (‑23/+61) | PP_1538 ← / ← PP_1539 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,741,935 | 0 | C | G | 14.0% | 104.8 / 8.6 | 42 | intergenic (‑23/+61) | PP_1538/PP_1539 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/17); new base G (4/2); total (23/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.19e-01 |
TGACTGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCC > NC_002947/1741795‑1742076 | tGACTGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGt < 8:137734/149‑1 (MQ=255) aCTGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCGATATGGCGGCaaag < 6:186580/148‑4 (MQ=255) aCTGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGa < 3:207771/149‑1 (MQ=255) aaGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGaa > 7:66360/1‑146 (MQ=255) ccTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAggg > 3:130252/1‑149 (MQ=255) gCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGtt > 3:166829/1‑148 (MQ=255) ccTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTACGTCCTTCGAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGtt > 2:193857/2‑148 (MQ=255) cGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCggg > 3:103778/1‑142 (MQ=255) cGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCggg < 4:103778/142‑1 (MQ=255) ggTGACTGTCTTCCGTCCTTGCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACTGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATACCTTCGACTTTGCCGCCAAACCGCGGCAGTGAATCGAGTGGAGAGGGTTTACAGCGGGGTGGGGTAc < 1:193857/149‑1 (MQ=255) gTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTa > 2:117379/1‑147 (MQ=255) ggACTGTCTTCCGGCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAg < 5:241273/148‑1 (MQ=255) cTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGCGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGAt < 6:97241/148‑1 (MQ=255) tCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGc > 3:74116/1‑149 (MQ=255) ttCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGctc > 1:154560/1‑149 (MQ=255) tCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGctct > 1:33874/1‑149 (MQ=255) ccGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGctct < 8:66360/148‑1 (MQ=255) gTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTggg > 2:94650/1‑149 (MQ=255) gTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTggg < 2:154560/149‑1 (MQ=255) 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gCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCActc < 4:153897/148‑1 (MQ=255) cTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTa > 5:211192/1‑149 (MQ=255) gagaCATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTAcc < 4:74116/148‑1 (MQ=255) cATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTg > 1:281980/1‑149 (MQ=255) cGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTcc < 5:206829/147‑1 (MQ=255) cGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCg < 2:281980/148‑1 (MQ=255) ttcactGCCGCGATATGGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTc > 5:71151/6‑149 (MQ=255) cactGCCGCGATATGGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCg > 2:276750/4‑148 (MQ=255) actGCCGCGATATGGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCTGTCCGTCGaa > 2:114314/3‑149 (MQ=255) actGCCGCGATATGGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGaa > 3:38759/3‑149 (MQ=255) cgcgATATGGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTc < 6:71151/149‑1 (MQ=255) cgccATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTc > 4:213602/1‑149 (MQ=255) gccATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTcc < 6:230287/149‑1 (MQ=255) | TGACTGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCC > NC_002947/1741795‑1742076 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |