Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,997,967 | G→C | 7.1% | A139G (GCC→GGC) | rfbD ← | dTDP‑4‑dehydrorhamnose reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,997,967 | 0 | G | C | 7.1% | 171.1 / 4.0 | 56 | A139G (GCC→GGC) | rfbD | dTDP‑4‑dehydrorhamnose reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/27); new base C (2/2); total (27/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 |
TGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAGCTGCTGTTTCACGTGC > NC_002947/1997821‑1998115 | tGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGAGCAGCATGGTCTTGGCAATTTTGTGCCCGCGCGCAGAANACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCGTGGCGCAGCTGGCGAGAATggaa > 1:250726/1‑147 (MQ=255) tGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGCATGCCATTCt > 5:226492/1‑149 (MQ=255) gcCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGc > 3:90766/1‑149 (MQ=255) ccAAATTGGTCTGCAACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGcc > 5:97506/1‑149 (MQ=255) aaaTTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGCATGCCATTCTCGccag < 6:226492/149‑3 (MQ=255) aTTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTcc < 3:184009/149‑1 (MQ=255) ttGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGCATGCCATTCTCGccagcgg < 7:184839/149‑6 (MQ=255) ttGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCa < 6:219014/149‑1 (MQ=255) tCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCtt > 3:108832/1‑149 (MQ=255) cTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTg > 4:52876/1‑149 (MQ=255) aCCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCg > 1:274501/1‑149 (MQ=255) ccACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTcc < 4:232788/147‑1 (MQ=255) aCGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGcc < 2:301803/149‑1 (MQ=255) tCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCg > 3:169047/1‑146 (MQ=255) aaCGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGAc > 8:207844/1‑149 (MQ=255) aaCGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGAc > 6:60763/1‑149 (MQ=255) aCGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCt > 6:172752/1‑113 (MQ=255) aCGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCt < 5:172752/113‑1 (MQ=255) aCGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGaaa < 4:90766/146‑1 (MQ=255) aCGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAg < 4:169047/147‑1 (MQ=255) gCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTc > 4:26033/1‑118 (MQ=255) gCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTc < 3:26033/118‑1 (MQ=255) cTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGc < 4:242755/149‑1 (MQ=255) gccgccAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGt < 5:60763/149‑1 (MQ=255) gccAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAgg > 6:63410/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGgcg < 3:123905/149‑1 (MQ=255) caTGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTtcct > 4:160515/1‑149 (MQ=255) caTGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTtcct > 5:197386/1‑149 (MQ=255) caTGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGACTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCAGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTtcct > 5:24461/1‑149 (MQ=255) aaaaTTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGt < 6:250982/132‑1 (MQ=255) aaaaTTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGt > 5:250982/1‑132 (MQ=255) cccGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGActgccgctgc < 5:63410/149‑1 (MQ=255) ccGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACAGAAAGGGTGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGActgccgctgcc < 2:250726/149‑1 (MQ=255) cccgcgcgGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAACGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGActgccgctgccg > 8:156109/3‑149 (MQ=255) cgcgcAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGt > 1:263603/1‑148 (MQ=255) gcaTACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATAc < 3:160515/149‑1 (MQ=255) gcaTACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATAc < 6:97506/149‑1 (MQ=255) caTACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACa < 7:156109/149‑1 (MQ=255) cccAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCg < 7:207844/149‑1 (MQ=255) cAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGt < 6:197386/149‑1 (MQ=255) gTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATa < 4:108832/149‑1 (MQ=255) cgcAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGt > 3:33686/1‑148 (MQ=255) gcAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTg > 5:170034/1‑148 (MQ=255) cAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGaa > 8:150237/1‑149 (MQ=255) aCGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCATCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCa < 5:297745/149‑1 (MQ=255) cGGCCTTGGCGGCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAg < 4:33686/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGActgccgctg > 5:292745/1‑109 (MQ=255) ggCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGActgccgctg < 6:292745/109‑1 (MQ=255) ccTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGgcg > 8:170890/1‑149 (MQ=255) gccgcTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAg > 7:178914/1‑149 (MQ=255) tggaaggCGAGCATGCCATTCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAgc > 7:104412/6‑149 (MQ=255) gcTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTTACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAgctg < 3:52876/149‑1 (MQ=255) gcTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAgctg < 7:150237/149‑1 (MQ=255) gcTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAgctg < 6:24461/149‑1 (MQ=255) gagaATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAAc < 7:261420/127‑1 (MQ=255) gagaATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAAc > 8:261420/1‑127 (MQ=255) gagaATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAGCTGCTGttt > 3:268701/1‑149 (MQ=255) gCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAGCTGCTGTTTCACGTGc < 4:268701/149‑1 (MQ=255) | TGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAGCTGCTGTTTCACGTGC > NC_002947/1997821‑1998115 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |