Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,277,495 | G→T | 8.2% | A362D (GCT→GAT) | PP_2007 ← | P‑47‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,277,495 | 0 | G | T | 8.2% | 151.4 / 3.8 | 49 | A362D (GCT→GAT) | PP_2007 | P‑47‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/24); new base T (2/2); total (23/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 |
CACGTAGTTGATGACAAGGGCCTCGGCGAGGTAGCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCGGACGATTGCTTGACGAAGTTGATGGTGTTGCCATCGAGCACCAGCTTCATCCTCAGCCAGCCGT > NC_002947/2277350‑2277642 | cacGTAGTTGATGACAAGGGCCTCGGCGAGGTAGCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAgcgg > 2:170541/1‑149 (MQ=255) gTTGATGACAAGGGCCTCGGCGAGGTAGCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGcgacga > 4:253470/1‑149 (MQ=255) tgaCAAGGGCCTCGGCGAGGTAGCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTgg < 1:133745/149‑1 (MQ=255) gaCAAGGGCCTCGGCGAGGTAGCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACATCGTCGCCGCtgtgat > 5:205132/1‑147 (MQ=255) gaCAAGGGCCTCGGCGAGGTAGCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGAtgtg < 1:40424/147‑1 (MQ=255) gaCAAGGGCCTCGGCGAGGTAGCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGAtgtg > 2:40424/1‑147 (MQ=255) gaCAAGGGCCTCGGCGAGGTAGCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTgg < 3:21556/148‑1 (MQ=255) cAAGGGCCTCGGCGAGGTAGCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACATCGTCGCCGCtgtgatct > 8:46270/1‑145 (MQ=255) aaGGGCCTCGGCGAGGTAGCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACATCGTCGCCGCtgtgatctc < 7:46270/149‑6 (MQ=255) aaGGGCCTCGGCGAGGTAGCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACATCGTCGCCGCtgtgatctc < 6:205132/149‑6 (MQ=255) gggCCTCGGCGAGGTAGCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATc < 3:68055/149‑1 (MQ=255) ccTCGGCGAGGTAGCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAgg < 5:110359/149‑1 (MQ=255) gCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGc > 2:62933/1‑148 (MQ=255) aGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAg‑ccagg > 7:159501/1‑149 (MQ=255) tGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGt < 8:159501/148‑1 (MQ=255) ggTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATc < 1:20115/115‑1 (MQ=255) ggTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATc > 2:20115/1‑115 (MQ=255) ggTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTAc > 3:166347/1‑148 (MQ=255) gtgtCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTAc > 8:18064/1‑147 (MQ=255) gTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGaa > 7:140080/1‑149 (MQ=255) gTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGaa > 5:110376/1‑149 (MQ=255) gCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAata < 8:140080/148‑1 (MQ=255) tCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATgg < 7:2374/117‑1 (MQ=255) tCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATgg > 8:2374/1‑117 (MQ=255) tCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGAGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATg > 8:5476/1‑148 (MQ=255) cAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCAc > 4:50110/1‑149 (MQ=255) gACACGGAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAGCCCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACtt < 1:170541/149‑1 (MQ=255) acacGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTGCACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTc < 1:62933/149‑1 (MQ=255) gCAATCGATGGTGTGGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTc > 7:262867/1‑149 (MQ=255) aTCGATGGTGTCGGCCTTGACCGTGCCGCCTCGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTAc < 1:309121/124‑1 (MQ=255) tCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGGTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGATAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGaa < 8:186354/149‑1 (MQ=255) tCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTg > 6:141349/1‑147 (MQ=255) gATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGt < 8:262867/149‑1 (MQ=255) aTGGTGTCAGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTAcc < 2:60561/121‑1 (MQ=255) ggTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCg > 2:69293/1‑148 (MQ=255) gCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCGGACGATTg < 1:69293/149‑1 (MQ=255) ccTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCGGACGATTGc < 6:110376/149‑1 (MQ=255) gACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCGGACGATTGCTTg < 2:267496/148‑1 (MQ=255) aCCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCGGACGATTGCTTGa < 4:166347/148‑1 (MQ=255) ccACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCGGACGATTGCTTGACGAAGTTGAt < 7:18064/149‑1 (MQ=255) ccACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCGGACGATTGCTTGACGAAGTTGAt < 4:218136/149‑1 (MQ=255) cACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCGGACGATTGCTTGACGAAGTTGATg > 8:61044/1‑149 (MQ=255) cgcgGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGTAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCGGACGATTGCTTGACGAAGTTGATGgtgt < 3:253470/149‑1 (MQ=255) gcTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCga < 7:56587/63‑1 (MQ=255) gcTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCga > 8:56587/1‑63 (MQ=255) ggTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCGGACGATTGCTTGACGAAGTTGATGGTGTTGCCAt > 2:119277/1‑135 (MQ=255) ggTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCGGACGATTGCTTGACGAAGTTGATGGTGTTGCCAt < 1:119277/135‑1 (MQ=255) gTCATCGGAGATCACAGCGGCGACCATGTGGGTCATCAGGCAG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCGATCTGAAATCGCACGATTGCTTGACGAACTTGATGGTGTTGCCATCGAGAACAAGCttaa > 8:106436/1‑147 (MQ=255) cGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCGGACGATTGCTTGACGAAGTTGATGGTGTTGCCATCGAGCACCAGCTTCATCCt > 5:123129/1‑148 (MQ=255) aGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCGGACGATTGCTTGACGAAGTTGATGGTGTTGCCATCGAGCACCAGCTTCATCCTCAGCCAGCCGt > 5:88738/1‑149 (MQ=255) | CACGTAGTTGATGACAAGGGCCTCGGCGAGGTAGCTCGACGAAGCGGTATGGGTGTCGTTGCTCCAGGACACGCAATCGATGGTGTCGGCCTTGACCGAGCCGCCACGCGCGGCGATGGCGCTGATCAGGTCATCGGAGATCACAGCGGCGACGATGTGGGTGATCAGGCTG‑ACGATGGGCGAGAG‑CCAGGCCAGGTACCAGGGAATATGCACTTCCTTTCTGAAGTCGGACGATTGCTTGACGAAGTTGATGGTGTTGCCATCGAGCACCAGCTTCATCCTCAGCCAGCCGT > NC_002947/2277350‑2277642 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |