Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,299,400 | T→A | 8.2% | E241V (GAG→GTG) ‡ | sbcC ← | exonuclease subunit SbcC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,299,400 | 0 | T | A | 8.2% | 137.0 / 2.9 | 49 | E241V (GAG→GTG) ‡ | sbcC | exonuclease subunit SbcC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/23); new base A (2/2); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
TTGCCAGTCCAGTTCGGCGGCCTGCAGCGTGGTGCTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCGGGTGTAGATCGCGGTGTTG > NC_002947/2299255‑2299546 | ttGCCAGTCCAGTTCGGCGGCCTGCAGCGTGGTGCTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTcc < 5:90514/148‑1 (MQ=255) ttGCCAGTCCAGTTCGGCGGCCTGCAGCGTGGTGCTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCa < 2:52436/149‑1 (MQ=255) gCCAGTCCAGTTCGGCGGCCTGCAGCGTGGTGCTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGATCTGCTGTTGCGCCTGCTCCAgg > 2:264214/1‑149 (MQ=255) agtccagtTCGGTGGCCTGCAGCGTGGTGCTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGgcgc < 1:1237/149‑1 (MQ=255) tccagtTCGGCGGCCTGCAGCGTGGTGCTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGgc > 1:296204/1‑145 (MQ=255) tccagtTCGGCGGCCTGCAGCGTGGTGCTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGgc < 2:296204/145‑1 (MQ=255) agtTCGGCGGCCTGCAGCGTGGTGCTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTc > 3:56833/1‑149 (MQ=255) cggcCTGCAGCGTGGTGCTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGATCTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCg < 1:264214/149‑1 (MQ=255) cggcCTGCAGCGTGGTGCTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCg < 8:49745/149‑1 (MQ=255) gCAGCGTGGTGCTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACgg > 7:292726/1‑149 (MQ=255) gCTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAg > 6:197478/1‑149 (MQ=255) gCTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGCCAg > 6:56721/1‑149 (MQ=255) cTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGc < 4:56833/149‑1 (MQ=255) gCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCAt < 7:248227/149‑1 (MQ=255) gtgtTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAg > 1:65512/1‑147 (MQ=255) aaGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGCCAGCCATCTACTGCCGAtggctgcc < 5:56721/147‑3 (MQ=255) aaGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGCCAGCCATCTACTGCCGAtggctgcc < 2:83812/147‑3 (MQ=255) gCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGt > 7:137978/1‑149 (MQ=255) cattcaGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCg > 6:135446/1‑149 (MQ=255) cattcaGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCg > 2:83363/1‑149 (MQ=255) attcaGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGt > 4:298051/1‑149 (MQ=255) ttcaGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGtt < 4:3948/149‑1 (MQ=255) aGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTtgtg > 1:276005/1‑149 (MQ=255) aGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTtgt < 5:197478/148‑1 (MQ=255) gttgcTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGAtggct > 4:75744/1‑115 (MQ=255) ttgcTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCttt < 1:120802/126‑1 (MQ=255) ctgctCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCtt > 1:85421/1‑149 (MQ=255) cAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTcgcgcg > 7:74575/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGTGcc > 2:2642/1‑149 (MQ=255) gcTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGAt < 8:79157/93‑1 (MQ=255) gcTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGAt > 7:79157/1‑93 (MQ=255) gCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAg < 8:137978/148‑1 (MQ=255) tCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGcc < 2:276005/149‑1 (MQ=255) aaCTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCggg < 5:135446/148‑1 (MQ=255) aaCTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCggg < 1:83363/148‑1 (MQ=255) aaCTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCGGgt < 3:298051/149‑1 (MQ=255) aCTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGCGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCGGgtg > 3:292914/1‑149 (MQ=255) ctgctgTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCGGgtgt > 1:134780/1‑149 (MQ=255) ttGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCggg > 5:228782/1‑140 (MQ=255) ttGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCggg < 6:228782/140‑1 (MQ=255) cagcgcCTGGAGCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCGGgtgt < 2:50142/141‑1 (MQ=255) cagcgcCTGGAGCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCGGgtgt < 2:45744/141‑1 (MQ=255) cagcgcCTGGAGCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCGGgtgt > 1:50142/3‑143 (MQ=255) cagcgcCTGGAGCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCGGgtgt > 1:45744/3‑143 (MQ=255) cgcCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCGGGTGTAGATcgcg < 2:41740/148‑1 (MQ=255) gcCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCGAGTGTATATCGCGgt > 1:121730/1‑149 (MQ=255) tGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGtt < 4:157135/80‑1 (MQ=255) tGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGtt > 3:157135/1‑80 (MQ=255) cTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCGGGTGTAGATCGCGGTGTTg < 2:85421/148‑1 (MQ=255) | TTGCCAGTCCAGTTCGGCGGCCTGCAGCGTGGTGCTGGCTTCGGTGTGTTGGGCCTGAAGCTGGCGTTGTTCATTCAGCCAGTTGCGTTGCTGCTCCAGCTGGCGCTCGCCGGCCTGGTCGGCCTTGAACTGCTGTTGCGCCTGCTCCAGGCGCTGGTCGAGCTCGGCACGGGCCTCGGCAGCCATCGGCAGTAGATGGCTGGCGCGTTCTTTCAGGGCGTTGTGCGCCTCGCCGGCTTCGCGCGCCTTGCTGAAGGCACGCTGGCCCAGGCGGGTGTAGATCGCGGTGTTG > NC_002947/2299255‑2299546 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |