Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,338,785 | A→G | 13.1% | D193G (GAC→GGC) | PP_2055 → | isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,338,785 | 0 | A | G | 13.1% | 89.6 / 5.9 | 38 | D193G (GAC→GGC) | PP_2055 | isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/16); new base G (2/3); total (19/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
GCCGCACGGCGATCGATGGGGTACCGGGCACTGCCGCCCCGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGAACGCCTGGAAGCGTTGCGGCTGAAGGCCGGAAAGGCCATGGGCCTGGGCGAT > NC_002947/2338641‑2338933 | gCCGCACGGCGATCGATGGGGTACCGGGCACTGCCGCCCCGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATg < 6:147667/149‑1 (MQ=255) ccGCACGGCGATCGATGGGGTACCGGGCACTGCCGCCCCGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCGCCACGGGCAAGGCCCAGGTCGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATgg < 6:12236/149‑1 (MQ=255) cgatccatGGGGTACCGGGCACTGCCGCCCCGGTGCATCTGAAATTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGAAAGCTGTACCCCACGGGCAAGGCCAAGGACTTGAATGATGACGTCCCGGAGACCTGCATCAAAAAGGCCATccc > 4:102899/1‑148 (MQ=255) atcgatGGGGTACCGGGCACTGCCGCCCCGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCgat > 1:143382/1‑149 (MQ=255) tcgatGGGGTACCGGGCACTGCCGCCCCGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCgat > 8:191411/1‑148 (MQ=255) gatGGGGTACCGGGCACTGCCGCCCCGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCgatga < 5:72182/148‑1 (MQ=255) atGGGGTACCGGGCACTGCCGCCCCGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGTATCGGCATGGCCATGTCgatgcag < 1:81578/149‑4 (MQ=255) atGGGGTACCGGGCACTGCCGCCCCGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGGCATGGCCATGTCgatgcag < 5:305009/149‑4 (MQ=255) atGGGGTACCGGGCACTGCCGCCCCGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGatgatg > 8:230113/1‑149 (MQ=255) ccGGGCTCTGCCGCCCCGGTTCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAATGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTTCCGGTGACCTGCATCGACTTGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGa < 3:102899/149‑1 (MQ=255) cGGGCACTGCCGCCCCGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGGATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAg < 2:84058/149‑1 (MQ=255) cTGCCGCCCCGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGgccagc < 7:148114/149‑1 (MQ=255) tGCCGCCCCGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGgccagc > 3:152110/1‑148 (MQ=255) ccGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTggg < 7:230113/149‑1 (MQ=255) cGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGgt > 5:108193/1‑149 (MQ=255) tCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCg > 5:58741/1‑149 (MQ=255) cTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCg > 8:228668/1‑148 (MQ=255) tCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGa > 8:143102/1‑148 (MQ=255) cTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAAc < 6:108193/149‑1 (MQ=255) agcaAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGa > 4:128904/1‑149 (MQ=255) aaGCCCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGAGGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGc < 3:12985/149‑1 (MQ=255) cGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCgg > 5:61213/1‑131 (MQ=255) cGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCgg < 6:61213/131‑1 (MQ=255) cGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCaa > 7:34696/1‑147 (MQ=255) ccACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGaa > 7:56562/1‑149 (MQ=255) ccACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGaa > 7:234015/1‑149 (MQ=255) ctcGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGAAc < 2:143382/147‑1 (MQ=255) gACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGAACGCCTGGAAGCGTTGCg < 8:34696/149‑1 (MQ=255) attgatGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGAACGCCTGGAAGCGTTGCGGCTg > 5:7950/1‑147 (MQ=255) ttgatGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGAACGCCTGGAAGCGTTGCGGCTGAAg < 7:143102/149‑1 (MQ=255) aCCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGAACGCCTGGAAGCGTTGCGGCTGAAGGCCGGAAAGGCCATgg < 8:56562/148‑1 (MQ=255) cTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGAACGCCTGGAAGCGTTGCGGCTGAAGGc > 1:110471/1‑132 (MQ=255) cTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGAACGCCTGGAAGCGTTGCGGCTGAAGGc < 2:110471/132‑1 (MQ=255) cTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGAACGCCTGGAAGCGTTGCGGCTGAAGGCCGGAAAGGCCATGGGcc > 5:152643/1‑149 (MQ=255) tcATCGGCATGGCCATGTCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGAACGCCTGGAAGCGTTGCGGCTGAAGGCCGGAAAGGCCATGGGCCTg > 8:195365/2‑149 (MQ=255) aTCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGAACGCCTGGAAGCGTTGCGGCTGAAGGCCGGAAAGGCCATGGGCCTggg < 7:228668/149‑1 (MQ=255) tCGGCATGGCCATGTCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGaa > 7:204672/1‑101 (MQ=255) tCGGCATGGCCATGTCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGaa < 8:204672/101‑1 (MQ=255) aCATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGAACGCCTGGAAGCGTTGCGGCTGAAGGCCGGAAAGGCCATGGGCCTGGGCGAt < 6:58741/149‑1 (MQ=255) aCATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGAACGCCTGGAAGCGTTGCGGCTGAAGGCCGGAAAGGCCATGGGCCTGGGCGAt > 4:105032/1‑149 (MQ=255) | GCCGCACGGCGATCGATGGGGTACCGGGCACTGCCGCCCCGGTGCATCTGACCTTCCTCGACGCGGTCGGCAGCAAGACCGGCAAGCTGTTCCCCACGGGCAAGGCCCAGGACGTGATTGATGGCGTGCCGGTGACCTGCATCGACATGGCCATGCCGATGATGGTTGTGGAGGCCAGCCAGTTGGGTGTCAGCGGCTCGGAAACCCCGGCTCAGCTGGACGCCAACAGCGCGCTGCTCGAACGCCTGGAAGCGTTGCGGCTGAAGGCCGGAAAGGCCATGGGCCTGGGCGAT > NC_002947/2338641‑2338933 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |